大明三年（459年），因为先前王僧达除了告发颜竣私下诽谤朝廷和皇帝外，还告发颜竣与竟陵王刘诞来往密切，意图对皇上不轨。等到竟陵王刘诞真的谋反了，孝武帝刘骏于是顺势以颜竣与刘诞暗中勾结之罪，召御史中丞庾徽之到殿前站立启奏，启奏完成，诏令：“颜竣有负皇恩，竟然会到达这样的地步。在狱中赐死，由其自毙，可以赦免颜竣的妻子儿女但迁往远方（交州）。”
颜竣于是被逼自尽，宋主刘骏复遥嘱押解官吏，把他家中的男口沈死到江中，颜延之所言，果然尽验。功成不退，往往罹祸。
庐陵内史周朗，每上书言事，语多切直，宋王刘骏怒起，命人将周朗传送宁州，杀毙道旁。
宋主刘骏于大明二年（458年），下诏军户免除军籍成为平民。大明三年（459年），又下诏，对正在服无期徒刑、官吏奴婢中的老弱病残者全都恢复自由。皇帝刘骏还免军户立郡县，如令雍州“免军户为永兴、安宁二县，立建昌郡”，使他们成为正式的编户齐民。
大明三年（459年），宋主刘骏又以扬州所统六郡为王畿。
不久，宋主刘骏又下诏说：“廷尉对于远近疑案，本应作判决，但一遇到疑难案子，动辄要过很长时间，百姓为此困苦，官吏乘机徇私情。从今日起，犯人押到，卷宗文书送到了就通报，我要仔细审理，不积压案件。如果文案繁杂，证据不足，必须亲自审查，以弄清真相。从今以后依旧听诉讼”。
次年，又将南琅邪郡划入王畿区域。从《宋书·孝武帝本纪》提到刘骏的王畿诏令，来看，刘骏是将王畿作为中央派机构直接负责管辖的区域，高于畿外诸州的地位。有学者认为刘骏同时实行王畿制度和分割荆州的政策，是试图在制度与实际两个层面完成以一个中央王畿为核心控御四方的国家形态。也有学者认为刘骏设立王畿和他对明堂建设、山岳祭祀等礼制改革一样，目的是欲建立一个以建康为中心的天下观。
大明四年（460年），宋主刘骏颁发诏令：“节气不顺，染病者众多，想到百姓的疾苦，很伤感。可派使臣安抚慰问，并给他们药物，逝去亲人的家庭，适当给予赈济。”
到了大明五年，雍州刺史海陵王刘休茂，又复谋变，未成即死，刘休茂为宋主刘骏的第十四弟，兄长刘浑被诛，乃出代后任。
司马庾深之行府州事，因刘休茂年少，不令专决，府吏张伯超，得刘休茂所宠，专恣不法，曾经遭到庾深之的呵责，张伯超遂劝刘休茂杀害雍州司马庾深之及典签杨庆、戴双。伪造奏章要求加封车骑大将军等职。并且杀害劝阻的侍读博士荀诜。
参军尹玄度暗中勾结壮士，趁其巡察时发动突袭，将刘休茂，当场擒获，斩首级送到建康，其母蔡美人亦死。
刘义恭进位太宰，希宋主刘骏的意旨，即把竟陵、海陵等作为话柄，申请裁抑诸王，不使出任边州，且令绝宾客，禁甲兵。宋主刘骏意欲准奏，由侍中沈怀文固谏，方将此议搁起，但心中未免怏怏。
沈怀文素来与颜竣、周朗友善，刘竣、周朗受诛，惟沈怀文犹进直言。宋主刘骏尝召与语道：“竣若知有死日，也不敢向朕多嘴了。”
沈怀文不答。
古来直臣正士，明知闇君不能受谏，只因一腔热血，熬受不住，总要出去多言；况且宋主刘骏好色好货，好博好饮，好猜忌群下，好狎侮大臣，种种行止，皆失君道，试想庸中佼佼的沈怀文，怎能隐忍过去？每过旬日，总有一二本奏牍，数十句箴言，宋主刘骏始终逆耳，不愿听从。
沈怀文又曾偕侍臣入宴，宋主刘骏必使列座沈醉，互相嘲谑。独沈怀文素来不喜饮酒，又不喜戏言，宋主刘骏益恨他故意违旨，于是令他出为广陵太守。
大明六年正月，入都觐贺，事毕当还，沈怀文因女儿生病乞请展期，致挂弹章，奉旨免官。
沈怀文请卖去京宅，返归武康原籍，哪知益触了宋主怒意，竟诬告他还家谋变，下诏赐死。
朝中又少了一个直臣，于是正人短气，奸佞扬镳。两戴一巢（指戴法兴、戴明宝、巢尚之三人），内邀恩宠，外受赃赇，家累千金，门外成市。还有青冀刺史颜师伯，入为侍中，生平所长，莫如谀媚，朝夕入直，事事得宋主欢心。好算一个人才。
宋主刘骏常与颜师伯作摴蒲戏（类似飞行棋的赌钱游戏），一掷得雉，自谓必胜，颜师伯独一掷得卢，急得宋主刘骏失色，不意师伯善解上意，慌忙敛子道：“几乎得卢。”遂自愿认输。
待至罢博，颜师伯竟而输钱百万缗，宋主刘骏于是大喜。君臣相博，成何体统！况颜师伯所输之钱，试问从何处得来？
刘骏平时对大臣言谈，好涉戏谑，经常取笑臣子，惟蔡兴宗入朝，容仪严肃，颇为宋主刘骏所忌惮，不敢狎媟，且命与给事中袁粲，同为吏部尚书。
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