房玄龄等唐代史臣在《晋书·元帝明帝纪》中作出如下总评：“晋氏不虞，自中流外，五胡扛鼎，七庙隳尊，滔天方驾，则民怀其旧德者矣。昔光武以数郡加名，元皇以一州临极，岂武宣余化犹畅于琅邪，文景垂仁传芳于南顿，所谓后乎天时，先诸人事者也。驰章献号，高盖成阴，星斗呈祥，金陵表庆。陶士行拥三州之旅，郢外以安；王茂弘为分陕之计，江东可立。或高旌未拂，而遐心斯偃，回首朝阳，仰希乾栋，帝犹六让不居，七辞而不免也。布帐綀帷，详刑简化，抑扬前轨，光启中兴。古首私家不蓄甲兵，大臣不为威福，王之常制，以训股肱。中宗失驭强臣，自亡齐斧，两京胡羯，风埃相望。虽复六月之驾无闻，而鸿雁之歌方远，享国无几，哀哉！”60
司马睿
宋代史学家司马光认为：“帝恭俭有馀而明断不足，故大业未复而祸乱内兴。”61
宋代理学家范浚说：“昔晋元帝启基江左，出师露次，躬擐甲胄，移檄四方，刻日北征，至以漕饷稽期，诛督运令史，志非不速也；然终不能成尅复功者，惟无图功之谋而已。”62
宋代理学家胡寅就司马睿听从王导戒酒之谏一事评论道：“晋元名论不高，人心未附，始初建国，事以酒废，闻王导一言，铭心自克，其终济大业，百有余年，不亦宜乎？”就辞位期间贬谪周嵩一事评论说：“王之再辞而不许，诚乎？不诚乎？不诚则安用辞，诚则周嵩何罪？史载嵩以直言忤旨，然则王之旨固欲速也，姑以揖让之文，以美观听而已。一斥周嵩，情实立露，此与前者摄甲出次而杀淳于伯同一意解，于假仁亦不能者也。使元帝苟能假仁，用嵩之策，迟以岁月，义问宣、昭，主晋祀者，舍琅琊而谁乎？或曰：孝文自代来，东向让者三，南向让者再，亦伪耶？曰：文帝厚德，礼度可观，岂晋元之比哉？”就司马睿与祖逖的关系评论道：“使元帝有克复旧物之志，仗钺徂征，百六椽中，岂无二三豪俊如逖比者？使之左提右挈，并驱争先，石勒虽善用兵，岂得高枕而卧也？元帝既不能然，于逖有功之时，赏秩未充，反使吴士以虚名重位往统临之，致逖怏快，勋业不终。世未尝无才，人主负之者亦多矣，可胜叹哉！”就司马睿抑制王氏一事评论道：“元帝欲稍抑王氏之权者，正心以正朝廷。动无失德，举无过事，所以自正也。自无不正，人欲叛之心十去四五矣。精择贤材，布在有位，所以正朝廷也。朝廷既正，人欲叛之心十去七八矣。正使奸凶不忌，恃强而反，而众正在我，不正在彼，其胜负之几已判于一堂之上矣。帝乃引刁、刘二人为腹心，是欲却豺虎而投之以肉也。”108
宋人朱松曾劝谏宋高宗赵构道：“自古中兴之君，惟汉之光武勤劳不怠，身济大业，可以为法。晋之元帝、唐之肃宗志趣卑近，功烈不终，可以为戒。”赵构也同意其说法，指出：“光武固无可议，若元帝，仅能保区区之江左，略无规取中原之心；肃宗惑于张后、李辅国之谗，而亏人子之行，此其可戒也。”
宋代学者李闳祖认为：“晋元帝无意复中原，却托言粮运不继，诛督运令史淳于伯而还。行刑者以血拭柱，血为之逆流。天人幽显，不隔丝毫！”63
宋代学者张栻：“为国有大畿，大畿一失，则其弊随起而不可禁。所谓大畿，三纲之所存是也。晋元帝初以怀帝之命来临江左，当时之意，固以时事艰难，分建贤王以为屏翰，庶几增国家之势，折奸宄之心，缓急之际，实赖其纠率义旅，入卫王室，其责任盖不轻矣，而琅邪之入建业，考观其规摹，以原其心度之所安，盖有自为封殖之意，而无慷慨谋国之诚，怀帝卒以蒙尘，迄不闻勤王之举。愍帝之立，增重寄委，制诏深切，而亦自若也。祖逖击楫渡江，聊复以兵应其请，反从而制之，使不得有为，则其意不在中原也审矣。坐视神州板荡，戎马纵横，不以动其心，不过欲因时自利云耳。愍再蒙尘，惧天下之议己，则阳为出师之势，迁延顾望，终归罪于运饷稽缓，斩一无辜令史以塞责。赤青之异亦深切矣，吾谁欺，欺天乎？夫受君父之委托而坐视其祸变，因时事之艰难而觊幸以自利，三纲沦矣。惟其大畿既失，故其所以建国规摹亦复不竞，乱臣贼子如王敦辈不旋踵而起，盖其弊有以致之也。使元帝痛怀、愍之难，笃君臣之义，念家国之仇，率江东英俊，鼓忠义之气，北向讨贼，义正理顺，安知中原无响应者？以区区一祖逖，倔强自立于群豪之间，犹几以自振，况肺腑之亲，总督之任，数路之势，何所不济哉？惟其不以大公为心，而私意蔽之，甚可叹息也。”97
明代大臣孙承恩在《古像赞·晋元帝》中作赞道：“晋失中土，元起江东。皇天眷德，群贤效忠。冲虚性成，恭德纯至。雄武未优，中兴犹愧。”
明末文学家吴应箕：
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