。通过任命刘隗为门下省长官，司马睿在中央决策中增强了自己的分量。49
司马睿对中枢人员的安排及中枢机构的调整，起到了压制士族、扩张皇权的作用。49
侨置郡县
“永嘉之乱”后，北方人民与士族大量南迁（参见词条永嘉南渡），多相聚而居，保持原籍贯。自太兴三年（320年）在建邺（今江苏南京）侨立怀德县开始，司马睿开始在辖地内用北方地名设立侨州、侨郡、侨县，安置北方士族。侨州郡县安置的侨人，保持其原来籍贯，另立户籍，给以优复特权，不受当地政府管辖，这对招徕北人和鼓励登录流人于户籍、缓和南北士族矛盾都起了一定的作用。
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社会
中央政府直接掌控的户口数量，很大程度上决定了政府税收情况，同时也影响政府的征兵能力。东晋时，士族长期控制国家人口，大量户口成为封建土地上的佃客，其劳动的成果尽归士族，不为中央政府掌控，这也是导致皇权受制于士族的重要原因。元帝要振兴皇权，就要防止士族荫庇户口。
司马睿在位期间，曾两次发布诏令，来搜括户口。第一次在太兴元年（318年），要求两千石官员隐实户口，发展农业，很显然是为了增加国家编户，增加中央政府的税收；第二次是在太兴四年（321年），诏书反映了司马睿希望将流民编入军队，加强自己军权。此种举措虽被《资治通鉴》认定为“刁协之谋”52
。但刁协是司马睿振兴皇权的得力助手，其所提出“以奴为兵，取将吏客使转运”的建议很明显是秉承司马睿旨意提出的。49
给客制度
为保证搜括户口诏令的顺利执行，司马睿颁布了给客制度。给客制度是在西晋荫客制度基础上，根据东晋社会的实际制定的政策。给客制度除对第一、二品官职荫佃客户数的规定比旧制有所减少外，以下各品皆有大幅度的增加，如第三品由原来的十户增至三十五户，第四品由七户增至三十户，最低的八品、九品也由原来的一户增至十户、五户。给客制度保留了旧制的荫衣食客人数，又增加了荫典计人数的规定。给客制度进一步明确了“客皆注家籍”，“皆无课役”，“其佃谷皆与大家（主人）量分”等规定。给客制度再一次从法律上肯定士族地主私占人口的权力，反映了东晋时期士族地主的强大以及皇权对它的软弱和依赖。当然，这一制度同样反映了地主国家同地主分子在劳动人手方面的激烈争夺。因为司马睿颁布给客制度的主要目的是限制大族对国家人口的过度侵吞，并把他们超过规定的私占人口强征为国家所有。7
通过征客为兵，司马睿得到了大量的兵员，配给刘隗、戴渊两军府的人数各在万人以上。由于这一措施使许多大族蒙受损失，引起他们普遍的怨愤，以致后来王敦进攻建邺时，这些人大多持默许的态度。7
军事
司马睿在位时期，王敦总制荆州，掌握东晋的主要军事力量，并具有顺江东下、直指建邺的战略优势。因此，为振兴皇权，必须设法加强自己的军事实力。为了达到这一目的，他首先任命宗室司马承为湘州刺史，作为帝室的藩屏53
；其次，又派遣自己的心腹出镇地方。太兴四年（321年），司马睿以尚书仆射戴渊为征西将军、都督司兖豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥；丹阳尹刘隗为镇北将军、都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴54
。《资治通鉴》评论这一部署为“名为讨胡，实备王敦也”。55
以上数人，加之豫州的祖逖、梁州的周访（后为甘卓）、广州的陶侃等实权派，对王敦形成了极大的牵制。后来王敦举兵前，也不得不向甘卓说明。王敦举兵后，甘卓没有同他一道出兵，使王敦大感吃惊56
。
历史评价
司马睿的中兴重臣王导在其南渡之初曾指出：“琅邪王仁德虽厚，而名论犹轻。”57
东晋文学家曹毗在《歌中宗元皇帝》称颂道：“运屯百六，天罗解贯。元皇勃兴，网笼江汉。仰齐七政，俯平祸乱。化若风行，泽犹雨散。沦光更耀，金辉复焕。德冠千载，蔚有余粲。”58
北齐史学家魏收在以北朝为正统的《魏书》中对司马睿极尽嘲讽说：“司马睿之窜江表，窃魁帅之名，无君长之实，局天脊地，畏首畏尾，对之李雄，各一方小盗，其孙皓之不若矣。”1
在唐初“公子”（被多数史学家认为是李世民）与虞世南的问答中，“公子”说：“中宗值天下崩离，创立江左，俱为中兴之主，比于前代，功德云何？”虞世南答道：“元帝自居藩邸，少有令闻，及建策南渡，兴亡继绝，委任宏茂，抚绥新旧，故能嗣晋配天，良有以也。然仁恕为怀，刚毅情少，是以王敦纵暴，几危社稷，蹙国舒祸，其周平之匹乎？”59
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