沈有容立此大功返回福建，等待他的却是“总府方索宝，而本将又复忌功”，要没有朱运昌在上面给他顶着，恐怕又不免得咎，但最后的结果竟是“捷闻，文武将吏悉叙功，有容赍白金而已”，只得了六两赏金。这时，朱运昌却因病去世了，沈有容十分伤心，七次具文乞归，但新任巡抚徐学聚坚持不允，沈有容只好继续在福建沿海，奔驰于危涛之间。
荷兰东印度公司成立，派韦麻郎率领一支舰队前往中国。他们的舰队首先停泊在大泥，本来想与暹罗国王的朝贡使团一同去中国碰碰运气，但没想到朝贡使团还未出发，暹罗国王却死了。但韦麻郎却在此地结识了李锦、潘秀、郭震三名中国奸商，也不算没有收获。福建政府派遣了詹献忠等人，去让韦麻郎归国，但他们因为贪图荷兰人的钱财，竟带了许多货物去卖，并且沿海也有许多商人私自去做生意，荷兰人得到了好处，通商的愿望更加迫切了，所以韦麻郎又派通事林玉去贿赂税监高宷。
林玉虽被福建官府抓获了，但高宷已经得到了消息，就派遣了心腹周之范去见韦麻郎“说以三万金与宷，即许贡市”，韦麻郎“赠饷甚侈”，同意了高宷的要求，并派遣通事与头目九人要去福州与高宷详细商谈，但因为风候不对，未能成行。高宷还与他的死党福建总兵朱文达密谋说：“市幸而成，为利不赀。第诸司佐佑，唯公图之！”朱文达于是对福建巡抚徐学聚说：“红夷勇鸷绝伦，战器事事精利，合闽舟师不足撄其锋，不如许之。”但徐学聚头脑清醒，坚持不许，将驱逐荷兰的事交给了参将施德政与都司沈有容。
沈有容听说荷兰强占澎湖，要求通市时，就说：“夷意岂在市？不过悬重赂饵我，幸而售，将鼾睡卧侧，踵香山澳故事，睥睨中土尔。”力主不可通市。受命之后，沈有容认为对待荷兰这件事“剿而得胜，徒杀无罪，不足明中国广大；不胜，则轻罢百姓力，贻朝廷羞，不如谕之”。所以他先释放了林玉，想要用为反间，然后架一艘小船直接去了澎湖。
沈有容见到韦麻郎后，说：“天朝体统甚肃，上有抚、按二台，中有藩、臬诸司，外有将领、郡邑百执事，纲纪相承，凡事非商定不敢以闻。若欲求互市于闽，互市事至钜，孰敢主之？若等皆良商，独不识此乎？”韦麻郎说：“来者俱言市成，将军言不成，何也？”并说高宷的使者已经来了。沈有容又说：“堂堂中国，岂乏金钱巨万万；尔为鼠辈所诳，钱既不返、市又不成，悔之何及！”韦麻郎叹服，“从来不闻此言。”但他的一个手下却在这时拔出战刀来说：“中国兵船到此，想似要与我等相杀，就与相杀何如？”沈有容厉声说道：“中国甚惯杀贼，第尔等既说为商，故尔优容；尔何言战斗，想是元怀作反之意。尔未睹天朝兵威耶？”荷兰人语塞。韦麻郎一方面答应说马上回去，并招待沈有容留下；另一方面将给与周之范的钱财索回，只让他带给高宷玻璃器具等物，让高宷将乞市文书带奏，天子准许后再说三万金的事。
但沈有容等了几天，韦麻郎依旧没有走的意思，沈有容假意说要离开，韦麻郎立刻赶来相留。沈有容厉声对他说道：“郎不去，恃汝舟大与？壑可藏、力可负、凿可沉、撞可破，而舟何可恃耶？郎不闻沈将军破倭奴东海上，海水尽赤？吾不忍若颈之续其后，故谕而归，汝郎不从吾言，吾去矣，郎请后勿见我，毋贻空自悔也！”林玉也在一旁帮忙劝说。在这时，施德政为配合沈有容，已在料罗卫所集结了五十艘战船，并做好了火攻的准备。福建政府又下了严令：“兵民从海外入者，一钱不得着身；挟钱者治如法。”断了荷兰人的妄想。韦麻郎审时度势，只好离开了澎湖。当时荷兰的战舰“舟长二十余丈、高数丈，双底。木厚二尺有咫，外鋈金锢之。四桅，桅三接”，“左右两樯列铳，铳大十数围，皆铜铸；中具铁弹丸，重数十斤，船遇之立粉”，作战能力十分强。
福建水师的战船却多是商船与渔船改造的，虽有五十艘之多，但未必稳操胜券。所以沈有容能谕退荷兰，是十分难能可贵的。韦麻郎离开之前，特别找了画师为沈有容画像，并用铜铳及铳弹与一些特产赠送，以示敬仰。沈有容只收下了铜铳及铳弹，可能已经有师夷长技的思想了。韦麻郎离开后，三位汉奸皆被斩首。沈有容回厦之后，与友人陈第登临南普陀后山，留下了“骋望极天，徘徊竟日”的题名石刻。
然而这时，高宷竟然已经上疏为荷兰人请求互市，听闻韦麻郎离开这事后，顿足说：“德政乃败吾事！”后来，此疏虽被万历帝驳回，但高宷已经嫉恨上了施德政与沈有容。徐学聚本想立即为沈有容表功，但因为“宷党”朱文达等人的阻挠而未能成功，但澎湖的百姓们却没有忘记沈有容的大功，为其树“沈有容谕退红毛番韦麻郎等”的碑刻，是公认的“澎湖第一碑”。
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