那些嫉妒沈有容大功的人跳了出来，认为计擒倭寇是不对的，容易引起倭人的报复，朝廷竟然认为桃烟门不过是过境商人，并未将他们当作倭寇处理。沈有容他们不仅没有得到奖赏，反而又冒功之嫌，黄承玄竟也因此事而移镇，沈有容于是拂衣而归。后来，这些倭寇又行作乱，沈有容之功才得以大白，但那已是沈有容回乡几个月之后的事了。
沈有容在海坛待了一小段时间后，金学曾把他调到了浯铜。浯铜此地乃“吃空额”的渊蔽，沈有容赴任后，“痛洗夙弊，鼓舞士卒”，革除了此弊，提升了士卒的士气。正因为如此，福建各个水寨巡逻兵船多有被倭寇劫掠的，只有沈有容一军擒倭寇十八名，斩首十二级。为了防止又有所抬头的倭患，福建兴泉道的王岵云提议招募巡逻兵800人，商船24只分为二哨，令沈有容统帅其中之一。沈有容得到这股生力军后，马上出海巡逻，直到与广东交界的地方，与一股倭寇相遇，“斩首三十二级，夺回南澳捕盗张京兵船一只”，立了大功。但有官员因为沈有容没将此船物归原主，所以陷害他说：这艘船上，那些所谓被倭寇杀的士卒，都是沈有容为了报功自己杀的，如果此罪坐实，那沈有容就不仅是革职查办的问题了。好在金学曾明察，洗刷了沈有容的冤屈。但因为此事的影响，沈有容前五年等于白干了，没能得到升迁。
朱运昌调任福建巡抚，将沈有容调往浯屿，太守程达认为此地距崇武卫所、料罗卫所都很远，无法相互照应，而且厦门也自有水军，所以建议移水寨于石湖。此提议得到了时任巡海道的徐学聚的认同，胆石湖的老百姓却不乐意，他们认为如此一来“兵害恐其无已”，太守程达只好对老百姓说，徙镇此地的是沈有容，老百姓这才平静下来。因为沈有容治军严整，而且他曾为民请命，请当时的税监高寀停止了征收运粮船的税费。福建靠海且多山，粮食产量甚少，多靠从广东进口，粮价本来就很贵，如果再征收重税，那么福建的民生势必会受到致命的影响，所以百姓们都很感激沈有容，还为他立了生祠，沈有容来带兵，自然不会侵犯百姓的利益。
上下达成一致，改建石湖水寨得以进行，沈有容没向政府要一分钱，用的钱全是靠卖掉旧水寨材料与往年立功得到的赏金，费时约一年，水寨得以建成。期间，沈有容还组织士卒为石湖沿海修了一段石筑的长堤，有效地防止了土壤盐碱化的加剧。水寨建成后不久，有7只倭船横行在浙、闽、粤沿海，沿海将士却不能“以一矢相加遗”。这股倭寇由浙江流窜到福建万安卫所，攻打城池，焚烧船只，劫掠了许多民众，并且在西寨停泊了十余日，沈有容得到消息后，率水军在崇武卫所严阵以待。倭寇不敢前来，从乌邱出澎湖列岛，逃亡东蕃。
台湾自古以来就与我国大陆有着密切的联系：三国时东吴大帝孙权就曾派将军卫温到过台湾；隋炀帝曾三次派人到达台湾；南宋时，已在澎湖列岛驻军；元世祖忽必烈曾两次派人到达台湾，设置了澎湖巡检司，管理台澎；在明朝，郑和下西洋时到达台湾；到了明朝中后期，中国大陆人民的足迹遍布台湾南北，已经开始了开发台湾的进程。
这股倭寇到达台湾后，在大员建立了据点，四处劫掠，并向东南沿海前往台湾的商人、渔民收取“报水”，连台湾土着民也深受其害，不敢再在沿海平原打猎，只好迁往内地山区躲避。朱运昌对此十分头痛，“安得豪杰，为我荡寇分忧者？”当然，只有沈有容，因为沈有容“枭捷善战，每临敌先登，意气闲暇；两舟相隔丈许，提刀飞身过之，立斩数人，一舟披靡，而后众将士从之。又加以沉毅多谋，料敌出奇无穷”，这样智勇双全的将领上哪儿去找？
沈有容得到朱运昌的密令之后，先派遣渔民郭延前往侦察，并秘密备战，在郭延侦知这股倭寇的确切消息后，沈有容下令出征。但“时腊月，非出海候，诸将及舵师皆有难色”，沈有容将朱运昌的密令下达，但为了防止奸细告密，他只说：“吾近往耳，聊以惧窃窃通我分地者。”摆出了一副只是例行巡逻的姿态。
于是，沈有容统战船24只前往征剿，可惜天公不作美，船队在过澎湖时遇上了飓风，船队飘散。因为当时天色已晚，沈有容不得不冒险停泊在地势险峻，船不得并行的丁屿门。在这里等候了三天，飘散的船只才归队，但只剩下了14只船，沈有容认为倭船不过7只，我军是他们的一倍，破之足矣，于是又再向台湾前进。到了第二天，与倭寇相遇，“将军率诸将士殊死战，无不一当百；贼大败，尽出辎重投之于海令我军拾，而姑少缓师。我军无一人取其秋毫，战益力，斩馘火攻，须臾而尽。”是役，“斩级十五，而投水焚溺无算，救回漳泉渔民三百余人”，“倭遂去东蕃，海上息肩者十年”。在明军登陆修整的时候，台湾土着民的一个酋长大弥勒“扶老携幼，竞以壶浆、生鹿来犒王师，咸以手加额，德我军之扫荡安辑之也”，并邀请沈有容去它们的寨子做客。随行的学者陈第将一路见闻记载下来，整理成《东蕃记》，是现存最早的台湾史料。沈有容此次军事行动是明廷在台湾显示主权的一次重要行动，当时福建官府因决策失误未能在台湾开府设县，也没有留下驻军。
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