丰臣秀次死讯由福岛正则带去大坂，丰臣秀吉得知之后怒不可遏，暴跳如雷地大吼：“他知不知道我花了多少心思来培养他！这一次又花了多少心思来挽救他！他竟然就这样随意践踏我的好意！
宁宁，你也看到了，我对他已经尽力了，他却用这种方式来回报我！我对他还不够好吗，连关白都让他做，闹出这样大的祸事也全力为他消弭，他却如此辜负我！都是他不好，全是他不好！我一定要让孙七郎知道惹怒我是多么恐怖的事——即便他已经死了！”
北政所苦劝无果，秀吉根本不听她任何劝说，愤怒地向石田三成下令道：“就以谋反定罪，没错，就是谋反！对外就说是我自己发现了秀次谋反的证据，因此趁其筹备期间便识破了他的阴谋！
秀次的头颅……给我置于三条河原暴晒，他的家人、家臣都有涉嫌参与其中，给我全部处死！我要他们全部都为此事付出代价！”
石田三成被秀吉的疯狂惊得心绪不定，但他毕竟久随秀吉，很快定了定神，问道：“若是定论为谋反，但现在又拿不出确凿实据……”
这个问题非常现实，秀次根本没想过谋反，哪来什么证据？秀吉稍微平静了一下，便想用秀次曾经要求诸大名签署宣誓忠诚的连判状来当做预谋反叛的证据。
石田三成头大如斗，无奈苦笑道：“那份连判状虽说是秀次要求诸大名效忠, 可实际上是对太阁殿下效忠的行为, 也是经过太阁殿下授意的，如今用来当做谋反证据……似有不妥。”
秀吉大怒道：“那还能怎么办！还能有什么证据！就把它当做证据好了！难道非要让世人认为是我逼死了他么！我丰臣家的脸面这次丢得还嫌不够多么！”
他这样一说, 事情的性质就不同了，石田三成顿感惶恐，不敢再质疑以此作为“证据”的做法，同时连忙转移话题, 问道：“秀次妻妾众多, 皆来自公卿、大名、阴阳师等之门，若是全部处死，恐将引起人心动荡。臣下斗胆请示太阁殿下……能否有所宽恕？”
秀吉依旧大怒不已，厉声喝道：“石田, 你若是不敢去, 那就不要去了，我亲自去！”石田三成被吼得得一哆嗦，这下真的不敢再多言, 乖乖跪拜领命。
其实石田三成刚才那番话没有半分夸大，秀次的妻妾的确都出自名门。秀次那些因此被牵连连坐的岳父们，几乎都是闻名日本的大人物，其中有公卿右大臣菊亭晴季、山科言经，有连歌师里村绍巴，有阴阳师安倍久修等，他们一个个都为女儿苦求不成，反而被下令流放。
秀次的心腹家臣如出石城主前野长康、松坂城主服部一忠、大庭城主渡濑繁诠(注：原历史上他是横须贺城主, 但此时横须贺在海贸同盟关东舰队手里, 且港口正在建设中，故此人被改封)、大垣城主伊藤盛景等小大名均被勒令剖腹。
不过, 其麾下的年轻武士集团骨干“若江八人众”却被石田三成看重, 在其再三斡旋之下——当然主要是因为他们地位不高——最终得以免死，并出仕于石田家效力。
另外, 五奉行之首浅野长政也跟秀次交往过密, 因此浅野家嫡子浅野幸长被流放能登, 其他与之交往密切的显赫大名如伊达家、黑田家、最上家、小早川家, 也都受到了严厉警告，尤其是秀次的胞弟小早川秀秋, 甚至被没收了他在丹波及龟山的十万石领地。
秀次的一部分家老如山内一丰、田中吉政、德永寿昌等人，原本就是秀吉给秀次配备的辅政班子, 此时自然也毫不犹豫地选择落井下石，转而再向老东家丰臣秀吉投诚，从而获得了秀吉的嘉奖。
文禄四年八月初二，秀次妻妾子嗣全族三十九人，于三条河被全部斩首示众。三条河当日因此“凄厉叫声响彻云霄”。事后秀吉下令焚毁聚乐第，试图抹去有关秀次存在的一切痕迹。
秀吉如此疯狂的行为，自然也引得众多大名心中生起刻骨寒意。数日后，黑田如水前来看望秀吉，此时秀吉正在为秀次事件而独自痛哭。
他见黑田如水前来, 立刻指着他道：“我是多想把孙七郎培养成出类拔萃的男子汉啊，他却为何一句也不跟我说明就自行切腹？这到底是为什么？你, 还有又四郎，还有丰臣家的家臣们，所有人都对此一言不发、冷眼旁观, 你们又是为什么！”
黑田如水微微躬身，答道：“太阁殿下与关白殿下之误解并非不能化解，只是您二人身份过于尊贵, 常人能说的话到了你们二位身上反而不能说了。正因缺乏坦诚从而减弱了信任，任何一方的一举一动都会招致另一方的猜忌，从而使事态进一步恶化。
至于家臣们，也是因此为太阁家事而不敢多言，请太阁殿下切勿再次责罚。只要太阁殿下能有所怀念，心下祈祷，关白殿下泉下有知，也必会感恩戴德。如今的结局对关白殿下而言，其实也未尝不是一种解脱，还请太阁殿下保重。”
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