随着崇祯安排好引建奴入关相关事项和大同等地的军事改革的同时，南边也传来了关于海盗的消息。。
郑芝龙的后续密奏，如同剥茧抽丝，将那股神秘而凶残的海盗面目，逐渐揭露于朝廷眼前。其麾下善于水战的旧部与精锐探子，不惜重金、冒死深入琉球、对马乃至九州沿海的隐秘港口，结合被劫船队幸存者的零散记忆、被焚船只残骸上发现的特殊器物痕迹（如某些箭簇的形制、一块未燃尽的带有独特家纹的船板碎片），以及魏忠贤通过海外华商网络搜集来的、关于近期九州诸藩异常物资流动的零星情报，拼凑出了一个令人心惊的轮廓。
“臣郑芝龙再奏：经月余详查，多方印证，一月劫掠我皇明贸易公司船队之巨寇，其根基已可确认，乃盘踞于日本九州、四国及濑户内海之‘八幡海贼’！” 郑芝龙的奏报措辞激烈，带着血仇未雪的愤懑，“此股海贼非寻常零散倭寇，实为纠合九州强藩暗中支持之武士、浪人、破产渔户而成之大股悍匪！其巢穴隐于九州西海岸外诸多岛屿及濑户内海险要之处，船只不下五六十艘，其中可载炮之大船逾二十艘，胁从亡命之徒数千！”
他进一步指出关键：“据查，此‘八幡海贼’与九州岛津氏、毛利氏（虽失权但仍有潜在势力）过往甚密。贼中头目，多有此两家脱藩或失地武士，甚至浪人组头。劫掠所得，部分用于贼众挥霍，亦有相当份额疑似流入此等强藩，以充其养士、购械之资。更有迹象表明，江户幕府对此虽未公开支持，但亦持默许纵容之态，盖因可借此消耗九州不驯强藩精力，亦可骚扰我大明，使其无暇他顾。”
奏报最后，郑芝龙再次请战：“此獠不除，东南永无宁日！臣请陛下圣断，发天兵征讨，捣其巢穴，雪我国耻！臣愿为前锋，万死不辞！”
这份奏报被迅速下发至内阁及军机处。三月中旬的一次扩大朝会上，海疆危机成为了压倒一切的议题。
乾清宫内，气氛凝重。龙椅上的朱由检面无表情，听着堂下众臣的激烈辩论。
以英国公经维贤为首、部分经历过嘉靖倭患的东南籍官员为首的主战派，情绪激昂：
“陛下！郑芝龙查证已明，此非小股流寇，乃有组织、有靠山之国贼！劫我皇商，焚我船只，杀我军民，此乃对大明赤裸裸的宣战！若不以雷霆之势剿灭，国威何存？海商何安？必须战！且要速战、狠战，以振天威！” 范景文声音洪亮，他新掌兵部，亟需展现魄力。
“昔日嘉靖年间倭乱，荼毒东南十余省，教训惨痛！今倭寇复起，且有强藩为援，其志不小。必当迎头痛击，将其扼杀于萌芽，否则必成燎原之势！” 一位须发皆白的老御史捶胸顿足。
然而，以户部尚书毕自严、部分持重老臣为代表的谨慎派，则忧心忡忡：
“陛下三思！今岁各地灾异仍频，黄河又有不稳迹象。西南虽定，然大军赏赐、安置、善后所费甚巨。北方边镇整训、京营扩充、火器制造，在在需钱。国库虽因抄没逆产稍充，然实难支撑一场跨海远征之大耗！倭国远悬海外，舟师劳师远征，胜负难料，若战事迁延，则财政必溃！” 毕自严掌管钱袋子，深知艰难，他的担忧务实而沉重。
“海战非同陆战，风波险恶，胜负难测。且倭国局势复杂，幕府与强藩矛盾重重。若我大军直捣九州，是否反会促使幕府与强藩暂时联手？或引发更大变故？是否可先行严厉诘责、外交施压，观其反应？” 一位通晓日本情势的礼部郎中提出外交途径。
内阁首辅施凤来、军机大臣范景文、李标等人则更多从全局权衡。施凤来沉吟道：“战，则需毕其功于一役，耗费必巨，且海上风险不可控。不战，则海疆不宁，商路断绝，朝廷颜面尽失，东南民心士气亦将受损。确系两难。”
朱由检静听各方争论，待声音稍歇，方才缓缓开口：“诸卿所言，皆有道理。倭寇劫掠，血债必须血偿。然天朝行事，须有章法，不可效蛮夷之举。” 他目光扫过众人，“朕意，先礼后兵。”
他解释道：“其一，大明乃礼仪之邦，上国风范。倭寇虽恶，然其背后确有藩主乃至幕府身影。我若不言而战，虽快意一时，却易授人以‘不教而诛’之口实，亦可能使日本国内舆情转向支持彼辈。故，当先遣使严词诘问，令其交出首恶、赔偿损失、约束海盗，并具结保证不再犯境。此为正道，亦为‘礼’。”
“其二，”他话锋一转，眼神锐利，“此‘礼’亦是‘兵’之先声。使节出发同时，命郑芝龙、戚盘宗、袁可立三部水师，即刻进入最高战备，检修舰船，囤积弹药粮秣，征召熟练水手舵工。科学院加速舰炮改良与战船修造。魏忠贤的情报网需全力运转，务必摸清‘八幡海贼’主要巢穴、船只分布、补给路线。此乃‘兵’之预备。”
“若倭国当局识相，严惩凶徒，约束海盗，赔偿损失，则我可暂息兵戈，以观后效，专注内修。然，”朱由检语气陡然转冷，“若其虚与委蛇，推诿搪塞，甚或包庇纵容……则我水师已箭在弦上，正义之旗已立，伐罪之师有名！届时雷霆一击，非为侵略，实为自卫反击，靖海安民！”
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