话说大明宣德年间，应天府上元县有个秀才姓沈名谦，表字文和，祖上三代悬壶济世，传至文和这辈却弃医从文。其人眉目疏朗，性喜山水，常负笈游学。这年清明方过，文和携书童墨鸣往姑苏访友，舟行至太湖烟波深处，忽见西北方黑云压顶，舟子惊呼：“龙吸水矣！”但见涡旋接天，白浪如山，一叶扁舟如败絮般卷入旋涡。
文和正惶惧间，忽闻凄楚呜咽之声，定睛望去，竟见漩涡中有青衫老者抱木浮沉。当下顾不得凶险，急令舟子抛缆相救。那老丈得救时已气息奄奄，怀中紧抱个紫檀医箱，鎏金锁头刻着“青囊”二字。文和试其脉象，竟是油尽灯枯之兆，连忙施以祖传金针之术。
老者苏醒后长叹：“老朽秦九襄，本欲携祖传秘术赴金陵救人，岂料天降横祸。今蒙君子搭救，愿以《青囊经》三卷相赠。”遂开医箱取出一函古册，羊皮封面泛着幽蓝光泽。文和推辞道：“小生略通岐黄，岂敢受此重宝？”老者正色道：“医道贵在传承，观君施针手法，乃沈济舟先生后人。昔年先师与沈公在华山论医，曾订下青囊之约...”语未竟忽喷血不止，竟溘然长逝。
文和悲恸不已，依礼将老者葬于太湖西山梅林，守墓三七之期。每夜展卷研读，方知此经载有“移星换斗针”、“观气辨疽术”等失传绝学，更有百余奇方，竟有起死回生之论。期满那夜忽梦老者执手嘱托：“金陵有痘疫将发，可用经中‘百花辟疠汤’解救，然切记医者七戒，尤不可施术求禄...”
翌日启程赴金陵，方入城郭便闻满城悲声。原来痘疫横行，十户九哀。文和忆起梦中嘱咐，当即赁下永宁寺旁废宅，依经方采买药材。说也奇哉，那药方需以寅时荷花露配伍，文和夜宿玄武湖采露时，竟见荷丛中浮着个昏迷女童，额间朱砂痣殷红如血。救醒后问之，乃织造局匠户苏氏之女，名唤蘅娘，年方十二，父母皆亡于痘疫。
文和心生恻隐，遂收为药童。这蘅娘虽年幼，却颖悟非常，煎药分剂毫厘不差。更奇者，每与文和同制辟疠汤，药效便增三分。不过旬日，求医者塞巷填街。这日忽有豪奴开道，八抬大轿停驻医庐前，竟是魏国公府长史前来，言府中郡主染疫危殆。文和立即携蘅娘往诊，见那郡主面紫息微，痘疮尽黑，显是毒入膏肓。
依经载秘法，需以金针度穴辅以紫雪丹。施针时蘅娘忽指郡主右臂疑云：“先生瞧这痘丛中是否隐着青纹？”文和细观果见蛛网状青痕，正是经中所言“蛛丝痧”凶兆，急改换“北斗叩阙”针法。三更时分郡主忽呕黑血升许，继而热退神清。国公大喜，赐金百两，文和却谨记梦中戒训，只取诊资三钱。
谁知这番动静惊动了太医院判王济仁。此人素以“金针王”自诩，闻得文和医术神妙，假意来访。恰逢文和出诊，王院判在药房见那《青囊经》抄本，翻至“逆生死脉”篇时瞳孔骤缩——原来宫中贵妃罹患怪疾，症状与此篇所载一般无二。当夜便有心腹小吏携厚礼来聘，言明请文和入太医院供职。文和婉拒道：“山野之人，岂敢圣前献拙？”
转眼重阳又至，痘疫渐息。这日文和带蘅娘登栖霞山采药，忽于红叶深处遇一道姑，碧玉拂尘扫过蘅娘额间朱砂痣，愕然道：“此女乃‘药檀骨’，百年难遇的医道奇才，然命中带煞，双亲必遭横死...”文和愠怒打断：“仙姑慎言！”道姑却凝望文和面容良久，忽掷签语：“青囊重开日，紫微照影时。欲解生死劫，须寻明月枝。”言罢飘然而去。
腊月里忽有急症患者叩门，称是扬州盐商家眷。文和连夜赴诊，归时却见医庐焚为白地，邻人哭告有官差以“施邪术”为由搜走全部医书。蘅娘因往鸡鸣寺送药侥幸得免。文和愤然往应天府衙理论，反被以“妄议朝政”收监。原来那王院判治不好贵妃怪疾，恐皇帝降罪，便诬陷文和用巫蛊之术。
阴暗牢中，文和正自悲愤，忽闻铁链响动，狱卒引来个蓬头垢面的老囚。那人见文和囚衣下露出金针囊，猛地扑上前抓住针囊暗绣的“沈”字，颤声问：“公子莫非姑苏沈济舟后人？”原来此人竟是三十年前失踪的御医崔文素，与文和祖父乃同门师兄弟。他泣告当年王济仁为夺师传《灵枢秘要》，竟在御药中做手脚诬陷于他。
崔御医夜半咳血将亡，临终前取出贴身珍藏的半片玉玦：“此乃师门信物，另半片在秦师兄处...《青囊经》实有上下两卷，下卷载有‘换髓续命法’，然需药檀骨者为引...”言未尽而气绝。文和悲恸间忽悟道姑签语，那“明月枝”莫非指秦淮明月坊？趁狱卒换班时，将玉玦藏于粥碗递与蘅娘。
且说蘅娘得玉玦后，依文和暗中指点往明月坊寻访。坊间最有名的却是位盲眼琴伎，人称“明月先生”。这女先生抚着玉玦忽然泪下：“秦师兄终究先我而去...”原来她竟是《青囊经》下卷传人，本与秦九襄有白首之约，因试药盲双目，不愿连累师兄而隐市井。当下取出一卷银丝缝合的帛书：“下卷在此，然欲成换髓术，需药檀骨者以心血为引，施术者亦将折寿...”
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