后来上官婉儿去巴州看望李贤，行至此地，闻李贤被害，就在“晒经石”上修建亭子（惜毁于战火），题写《由巴南赴静州》一诗于亭上，怀念李贤：“米仓青青米仓碧，残阳如诉亦如泣。瓜藤绵瓞瓜潮落，不似从前在芳时。”
李贤去世后，上官婉儿孤独寂寞甚久，见张昌宗通音乐，貌美少年，免不得被他引动，更兼昌宗姿容秀美，尤觉得欲火难熬，一日，与张昌宗私相调谑，被武则天瞧着，竟拔取金刀，插入上官婉儿前髻，伤及左额，且怒目道：“汝敢近我禁脔，罪当处死。”亏得张昌宗替她跪求，才得赦免。
上官婉儿传中，只记载婉儿忤旨，《控鹤监秘记》中详叙其事，唯语太秽亵，特节录之。
另一说则离奇一些，武则天万岁通天三年的一天，武则天与男宠张昌宗兄弟二人正在吃早餐，上官婉儿也一旁坐下吃饭。突然，武则天一扬手，一把利刀射向上官婉儿的额头。原来，上官婉儿在吃饭时多看了张昌宗两眼，被武则天一气扔出匕首。武氏气愤不过，下令将上官婉儿关了起来。但她心里也矛盾极了：婉儿常为她制诰下令，几乎不用武氏操心；不杀，又咽不了恶气。于是决定代之以黥刑，让她接受教训。以后，上官婉儿遂精心侍奉，更得武则天欢心。
段成式《酉阳杂俎》里有这样一段记载：“今妇人面饰用花子，起自上官昭容，所制以掩黥迹。” 上官昭容即上官婉儿。
段成式之子（或其侄）段公路在《北户录》里叙述得比较详细：“天后（武则天）每对宰臣，令昭容（上官婉儿）卧于案裙下，记所奏事。一日宰相对事，昭容窃窥，上（武则天）觉。退朝，怒甚，取甲刀札于面上，不许拔。昭容遽为乞拔刀子诗。后为花子，以掩痕也。”此说来自于上官婉儿同时代的陈藏器撰写的《本草拾遗》，故较为可信。然而在后人的记载中，关于婉儿为何受黥刑，却更为玄乎。
据民间传闻，女皇武则天粉碎了一起宫廷政变，不料在策划政变的人员名单中，竟有她最重用的上官婉儿。武则天大怒，令将婉儿黥面，她喝道：“昔日你祖父（上官仪）有罪被诛，我念你才华出众，才重用你为御前女官。不料你恩将仇报，竟欲谋杀我。真是气死我了！”
婉儿听了坦然一笑，道：“陛下可曾记得奴婢三次挡驾之事吗？”武则天细想一下，是有几次传旨到御花园摆宴，临起驾都被上官婉儿劝回宫的事情，便点头说确有此事。
上官婉儿道：“陛下可知那御花园中，已经危机四伏？若不是我表面参与谋反，和他们搅和在一起，如何暗中保护您呀？”
武则天似有所悟，点头称是。但皇帝是金口玉言，黥刑还是要执行的。不过，行刑时改用朱砂点额，仅刺了红梅花一朵。
上官婉儿本来就面容姣好，恰在眉间刺上一朵小巧玲珑的红梅花，犹如二龙戏珠，又好似印度美女，煞是好看。以至于后来宫中的年轻女子纷纷效仿，都在额头配以花钿，一个个显得更加楚楚动人
尽信书不如无书。
上官婉儿因额有伤痕，常戴花钿，益形娇媚，嗣是不敢亲近张昌宗。唯深宫曲宴，仍未尝一日相离。可笑那腐气腾腾的王及善，由刺史进任内史，竟劾奏二张兄弟侍宴，失人臣礼，当由武氏调文昌左相，名为优待，实是疏忌。
中丞吉顼，曾经嫉视武懿宗，说他退走相州，毫无胆力。武懿宗忍耐不住，与顼相争，武氏出为调解，吉顼尚龂龂不休，惹得武氏动怒起来，勃然道：“顼在朕前，尚轻视我宗，他日还当了得吗？从前太宗皇帝，有马名狮子骢，性暴难驯，朕尚为宫女，从旁进言道：妾能制服此马，唯须用三物，一铁鞭，二铁挝，三匕首。太宗尝称朕胆壮，今日倔强如汝，亦岂欲污朕匕首吗？”妇道尚柔，武氏犹自鸣得意，亦思太宗若明妇道，宁令汝横行至此？
吉顼听了此言，不觉汗下，拜伏求生。
武则天方才色霁，叱令退出。
诸武遂谮吉顼弟倚势冒官，吉顼竟坐贬为固安尉。陛辞时得蒙召见，吉顼顿首道：“臣永辞阙廷，愿陈一言。”
武则天问他何语，吉顼答道：“合水土为泥，有无冲突。”
女皇武氏道：“有什么冲突？”
吉顼又道：“分半为佛，半为天尊，有冲突否？”
女皇武则天道：“这却难免。”
吉顼复道：“宗室外戚，各有阶级，庶内外咸安，今太子已立，外戚尚封王如旧，他日能勿冲突吗？”
武则天道：“朕亦想念及此，但木已成舟，只好慢慢留意吧。”
吉顼乃拜辞道：“但愿陛下留意，天下幸甚。”言已自去。左监门卫长史侯祥，因吉顼撤差，丐求补缺，百计钻营，尚未见效。女皇武则天又改控鹤监为奉宸府，更增选美少年供差。右补阙朱敬则上疏奏阻，略云：
陛下内宠，有张易之昌宗足矣。近闻长史侯祥等，明自媒衒，丑慢不耻，求为奉宸府供奉，无礼无义，溢于朝听，臣职司谏诤，不敢不奏。
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