崔浩反驳道：“寺院泛滥，国家的男丁为逃服役的，一个个当和尚，那还了得，早就看佛教不顺眼了，就该杀光光。”
道士寇谦之闻言，于是警告崔浩道：“你必将由毁佛而缩减寿命，遭受刑戮，一同毁灭！”
当时，北魏国太子拓跋晃在平城以监国的身份执事国政。他早年就有佛教信仰，因此坚决反对毁佛行为，于是再三向父皇（北魏太武帝拓跋焘）劝谏，希望停止禁佛，但未被采纳。太子拓跋晃不得已，只好拖延颁布诏书的时间，暗中联络各大寺院的僧尼，让他们提前逃难，救下数万僧尼。各地高僧转移经书、佛像，平城附近的寺庙得以提前藏匿珍贵文物。 ?
尽管公开执行还俗政策，但实际仅要求僧尼还俗而不强制迫害。同时默许百姓在家中秘密信仰，避免大规模杀戮。部分僧人因太子拓跋晃的暗中通风报信得以逃生，而无法转移的寺庙则在事后被毁坏。
作为虔诚佛教徒，北魏太子拓跋晃在权衡利弊后选择阳奉阴违，既维护父亲权威又保全宗教力量。这种行为客观上减少了灭佛运动的残酷性，也为佛教在北魏的后续发展保留了基础。
太平真君九年（公元448年），道士寇谦之预言执行灭佛运动的崔浩不久就会遭受屠杀报应，而北魏太武帝拓跋焘也会被人杀死。然后过了两天，在夜里，他就在尚未完工的静轮天宫里安然而逝世，享年八十三岁。
当时，北魏的太武帝拓跋焘要编国史的目的，本来只是留给皇室后代看的。但是《国记》修毕后，参与其事的着作令史闵湛、郗标建议把《国记》刊刻在石上，以彰直笔，同时刊刻崔浩所注的《五经》。闵湛、郗标巧言令色，平时以谄事崔浩而获得崔浩的欢心。他们的建议被崔浩采纳。
于是，在天坛东三里处，营造了一个《国记》和《五经注》的碑林，方圆一百三十步，用工三百万才告完成。由于《国记》秉笔直书，尽述拓跋氏的历史，详备而无所避讳，其中直书了拓跋氏一些不愿人知的早期历史。而石碑树立在通衢大路旁，引起往来行人议论。鲜卑贵族看到后，无不愤怒，先后到北魏太武帝拓跋焘面前告状，指控崔浩有意“暴扬国恶”。北魏的太武帝拓跋焘于是命令士兵收捕崔浩及秘书郎吏，审查罪状。
崔浩被捕后，承认了自己曾经接受过贿赂。其实他对自己所犯何罪，也不甚明白。
北魏太武帝拓跋焘亲自审讯崔浩的时候，他也感到惶惑而不能应对。北魏太武帝拓跋焘一度想要诛灭崔浩和他的幕僚宗钦、段承根等人，以及他们的部属、僮仆等一百二十八人的五族，共有数千人。经高允力争，这才改变想法。
高允与崔浩同修国史，当然也受到牵连，北魏太子拓跋晃曾经向高允处受学经典，意图营救，便召高允与语道：“我导卿入谒内廷，至尊有问，但依我言，当可免罪。”
高允佯装是为遵嘱，随太子拓跋晃进见北魏主拓跋焘。太子拓跋晃先入内宫，谓高允小心慎密，史书之事俱由崔浩主持，与高允无涉，请贷高允死罪。北魏主拓跋焘乃召高允入问道：“国史统出崔浩手么？”
高允跪答道：“太祖记是前着作郎邓渊所作，先帝记及今上记，臣与浩共着，浩但为总裁，至下笔着述，臣较浩为更多。”
魏主拓跋焘闻言，不禁盛怒，瞋目视向太子拓跋晃，道：“高允之罪比崔浩为大，如何得生？”
太子拓跋晃看见父王发怒，顿时面有惧色，慌忙跪求，说道：“天威严重，允系小臣，迷乱失次，故有此言。臣儿曾向允问明，俱说是由浩所为。”
魏主拓跋焘（北魏太武帝）又问高允道：“东宫所陈，是否确实？”
高允闻言，从容回答道：“臣罪当灭族，不敢虚妄，殿下哀臣，欲丐余生，所以有此设词。”壮哉高允。
魏主拓跋焘闻言，怒意已然少有缓解，复转而看向太子拓跋晃，说道：“这真好算得直臣了！临死不易辞，不失为信，为臣不欺君，不失为贞，国家有此纯臣，奈何加罪！”便谕令起身，站立一旁。
复而召崔浩入宫问讯。崔浩面带惊惶，不敢详细回应问对。
魏主拓跋焘于是令左右之人牵崔浩使出，即命高允草诏，要诛杀崔浩及僚属僮吏，凡百二十八人，皆夷五族。
高允听了北魏太武帝拓跋焘之命令，却持笔不下，魏主拓跋焘一再催促，高允搁笔奏请道：“崔浩若别有余衅，非臣所敢谏诤；但因直笔触犯，罪不至死，怎得灭族！”
北魏主拓跋焘听了，又发起怒，喝令左右之人将高允拿下。太子拓跋晃更为哀求，北魏主拓跋焘乃霁颜道：“非允敢谏，更要致死数千人了。”太子拓跋晃与高允，拜谢而退。
太平真君十一年六月初十日（450年7月5日），北魏太武帝拓跋焘下诏诛杀崔浩。
崔浩被关在囚车里，由士卒押送到平城南郊，押送的几十名士兵在他的头上撒尿。崔浩无法忍受，“呼声嗷嗷”，在路上行走的人都听得清清楚楚。史称“自宰司之被戮，未有如浩者”。同时，“秘书郎吏及长历生”数百人也被定罪杀死；而清河崔氏同族无论远近，包括其姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏都被连坐灭族，史称“国史之狱”。
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