数年后，经过多番征战，全国局势基本平息，摄政王多尔衮渐渐骄奢，不免暗中树敌。顺治七年秋，多尔衮携两名高丽小妾到今承德以北的丰宁围场行猎，不想突发咳血症，日渐沉重，竟于11月一命呜呼，享年39岁。有道是人去势亡，有那朝中大臣罗列编织若干罪状上表弹劾，众人更是墙倒齐推，惹动君上雷霆，赫然下喻，内中有云：“……多尔衮逆谋果真，神人共愤，谨告天地太庙社稷，将伊母子并妻，所得封典，悉行追夺……”顺治八年正月，帝亲政。三月大举朝会，商议蒙藏相关事宜。根据廷议，遣使持礼敦请达赖喇嘛来京。
五世达赖召集索南第巴、益西总管及三大寺活佛、堪布等在甘丹颇章宫开会，首先宣读了顺治皇帝的亲笔信。
“大皇帝信中再邀入京，诸位说说该如何答复。”五世达赖问。
在座者互相看看，一时无人答话。原来这几年每次使臣入藏都会捎来皇帝敦请入京的信件和口信，大家觉得满清未入关时尚万里迢迢前去通好，如今已领有全国，更该应邀前往，取得朝廷支持，有利于甘丹颇章政权的稳固。但五世达赖每次都以藏区初定，难以拨冗为由，回谢了邀请，故这次谁也没有发表意见。
最后，索南说了一句：“事关重大，请佛爷决断。”众人纷纷表示赞同。
“那好，现下时已入秋，准备明年春入京朝见。”这一决断大出众人意料，又令在座者互相看看，一时无人答话。
散会了，可在座者谁也未起身，五世达赖笑道：“想必诸位对我刚才所言心存疑虑？”
哲蚌寺根敦活佛说：“这次决断不同以往，我等智浅，敢请佛爷开示。”
“也好。那就先从‘止贡林洛’说起吧。根敦，咱们在寺里学经时，老师经常提到这一事件，有印象吧？三百多年前，卫区才多少人口？一次就屠杀一万多人，把当地人快杀光了。多年来，我没有停止过思考，想从中找出原因。元朝初年，西藏出现了一段混乱时期，止贡事件是其中最严重的一次。”
益西递上茶，大家都在聚精会神地听着。
“那时，蒙古多家王子各有兵马，到底谁主中原，局势尚不明朗。而我卫藏各教派迫不及待各寻施主，萨迦归顺窝阔台，帕竹和雅桑投旭烈兀，止贡和藏古莫靠向忽必烈，达珑则投阿里不哥，且各派左右摇摆，变换不定。止贡事件表面是止贡和萨迦两教派之争，幕后是止贡施主旭烈兀挑战萨迦后台大皇帝忽必烈，结果可想而知。靠山一倒，这个教派也跟着衰弱，有的甚至消亡了。”
顿了一下，又说：“大清建国后本应尽快前往朝拜，可皇帝幼小，权在摄政，总怕万一朝局有变，前功尽弃呀。果然，去年摄政王壮年突亡，被当今皇帝以谋反罪抄家夺爵，与其交好的大臣被杀被罢一大批。而这次来的使臣是皇帝亲派的，信中又有‘亲践帝祚’四字，足见其虽年少却很有心机，我们不需再观望等待了。”
众人听了皆赞佩不已。这次会见势所必然，因为双方都需要将已有的关系明确化、正式化、体制化。五世达赖当日即书写了亲笔信，请使者代呈，信中并说，如大皇帝不方便可另定时间。
16岁的顺治帝接到信后，反复展阅，遥望西南，心潮起伏，他很感谢这位未曾谋面且有几多神秘色彩的黄教领袖对自己的信任与支持，同时也对他的料事前瞻、善把时机、决策果断由衷敬佩。后来，朝中商议应以何等规格迎接时，满汉大臣众说纷纭，一时难决，顺治帝起身，边踱边说：“不要认为一当了皇上就高高在上，什么事都是相互的，我们请他是给他面子，人家肯来也是给我们面子，从前太宗和摄政王都多次相邀而未至，及朕亲政后，召之，达赖喇嘛即启行前来，若请而不迎，恐于理未当。”最终，顺治帝力排众议，决定亲到南苑相迎，创下大清260年皇帝亲出郊迎的唯一一例。
而此刻，他真想尽快见到这位喇嘛，于是提笔回信，同意达赖喇嘛来年开春启程，同时立即动工在城东建寺，外观为汉式，内部设置一如藏庙，以备客人下榻，京人称其为“东黄寺”。
甘丹颇章宫张灯结彩，喜气洋洋，快过年了，明春要进京朝见，准备工作千头万绪，一片忙碌。五世达赖深知此行意义重大，针对黄教部分人的疑虑，于腊月初一特请哲蚌属寺乃琼庙大神预言，代言巫师用金刚杵在铺着白粉的木板上划出一串圆圈，传达的神喻是——一路莲花，此行大吉，黄教兴旺。
黄教内部达成共识后，五世达赖进入宫中地下密殿闭修三日，出来后召集索南、益西、丹增商议。三人到齐后，五世达赖说：“此行往返恐需二三年，政权初立，百废待兴，藏中之事有劳汗王、大公子、第巴多费心了。”
“来时父王表示，各项事务会与第巴大人共商处理，遇有重大问题留待佛爷回来。”
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