建安十三年十月，吕蒙跟随周瑜、程普，在赤壁大破曹『操』，曹『操』引败军北归，留曹仁等驻守江陵。孙权命周瑜、程普统兵数万，与曹仁隔江相持。相持不久，周瑜欲夺取江陵，先派甘宁袭取上游的夷陵城，意图对江陵形成侧背威胁。于是，曹仁分兵围攻甘宁，欲夺回夷陵。甘宁向周瑜求援，诸将担心兵少，如救援夷陵，则造成江陵空虚。吕蒙对周瑜、程普说道：“留下凌公绩，我与您一道，前去救急解围，按情势不会要太多的时间，我保证凌公绩能固守十天。”接着又献策，劝周瑜派三百人用木柴把本来险峻的山路截断，当敌人逃跑时，我方就可获得他们的马匹。周瑜采纳了他的建议，亲率主力驰援夷陵，大破曹军于夷陵城下，所杀过半。曹军乘夜逃走，途经木柴堵塞的险路，无奈，骑马者皆弃马徒行。周瑜、吕蒙驱兵追赶截击，获得战马三百匹，以致军威大振。随即回师渡江，进军北岸，构筑营垒，向江陵发起进攻。此时，孙权为策应周瑜攻势，派兵包围合肥。曹仁由于孤军无援，在近一年的交战中屡战失利，损失惨重，遂被迫放弃江陵城，退往襄阳。周瑜占领江陵，被孙权任命为南郡太守，控制了长江中游地带。吕蒙再度因功迁为偏将军，兼任寻阳令。
周瑜病死，鲁肃接任。鲁肃到陆口，途经吕蒙驻地。鲁肃为一代儒将，认为吕蒙是武夫出身，有些轻视他。孙权对鲁肃说道：“吕将军功名日益显赫，不能用老眼光看待他，您应当去拜访他。”于是鲁肃孤身一人，到大营拜访吕蒙，吕蒙设酒相待。酒到酣处，吕蒙问鲁肃道：“您受重任，与关羽邻接，将要采取何种策略，以防止意想不到的事情发生呢？”鲁肃仓猝回答说：“临时看情况办。”吕蒙说：“现在孙、刘虽然是一家，但关羽实在是个如熊虎一样的将领，怎么不预定计谋呢？”于是，吕蒙详尽地分析当时的利害。鲁肃闻后大惊，越席而起，靠近吕蒙，亲切地拍着他的背，赞叹道：“吕子明啊，我真没想到您的才能谋略竟达到了如此程度。”还说：“以你如今的才略，已经不再是吴下阿蒙了！”吕蒙说：“士别三日，即更刮目相待，兄长知道这件事太晚了啊！”从此，二人结为好友，过从甚密。
建安十八年正月，曹『操』亲率十万大军进攻孙权，进至濡须口，攻破孙权军江西营寨，生擒都督公孙阳。吕蒙随孙权统领七万部众抗御曹『操』，多次献奇计，劝孙权在夹水口建立船坞，防范敌兵，精到细密。后曹『操』遥望孙权的军队，见阵容威严，布防严密，慨叹说：“生子当如孙仲谋。”遂不敢轻易冒进。适值长江春讯将至，孙权写信劝曹『操』尽速撤兵，曹『操』也审时度势，主动撤军而回。
建安十九年，曹『操』为充实军粮，派庐江太守朱光在皖城地区屯兵耕地，种植稻谷。又派间谍招降鄱阳一带的强盗头目，作为内应。吕蒙认为“皖县田地肥沃，如果粮食丰收，他们的兵员就会添增，这样一连几年，曹『操』的优势就显『露』出来了，应该早点拿下皖县。”孙权采纳了他的意见，率军沿江而上，进攻皖城。朱光收聚部众据城坚守。孙权问计于诸将，诸将欲修筑土山，添置攻城器具。吕蒙道：“制造攻城设备和堆土成山，须多日才能完工。到那时，敌人城防已经巩固，援兵必定到来，我们将不能夺得皖城。况且我军乘雨多水大而来，如果旷日久留，大水必定渐渐退走，我们回兵的道路会遇到困难，我以为那是很危险的。现在看来，此城不会十分坚固，我三军士气高昂，四面齐攻，很快就可攻克，然后趁大水未退而回军，这才是大获全胜的策略。”孙权采纳了这一建议，吕蒙举荐将军甘宁为升城督，率领精锐士卒，从拂晓发起猛攻。吕蒙擂鼓助威，甘宁身先士卒，吕蒙以精锐紧随登城，仅一顿饭时间，就将城攻破，生擒朱光，俘获数万人。驻守合肥的曹魏大将张辽得知皖城告急，急忙率兵驰援，至夹石一带风闻皖城已失，只好无奈退兵。此战吕蒙功劳最大，孙权重加奖赏，任命他为庐江太守，所俘获的人马也都分给了吕蒙，还特赐他寻阳屯田六百户，官属三十人。
赤壁大战之后，刘备占据荆州，派关羽镇守。孙权屡次索要，刘备拒不归还。建安二十年，孙权派吕蒙率两万兵士去攻取长沙、零陵、桂阳三郡。吕蒙传檄长沙、桂阳，二郡望风归附，惟零陵太守郝普守城不降。刘备闻后，见形势危迫，匆忙从蜀郡赶到公安，令关羽发兵争夺三郡。
孙权当时驻军在陆口，指挥诸军作战。孙权一面派鲁肃率万人屯驻益阳抵抗关羽，一面传递紧急文书给吕蒙，让他放弃零陵，立即回师增援鲁肃。当初吕蒙平定长沙，率兵赶赴零陵，路过酃县时，顺路找到了零陵守将郝普的旧友邓玄之，把他带在军中，想让他诱降郝普。吕蒙得信后，他并未公布，而是连夜招集将领，布置方略，说天亮就要攻城。
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