他说道：“阳翟所以失利，两县所以失守，荀贼所以渡河如入无人地，全是因为吾等编伍未成，军纪不严。荀贼部不过两千，为何能连战连胜？无非因其在阳翟县外把他的这两千贼兵训练了几天。吾等拥近十万众，若能加以妥善之整编，少说可得四五万战卒，以此四五万击彼两千，莫说荀贼，便是贼朝廷的援军来也不足惧！”
何曼本就支持他整编，现在受了荀贞的“侮辱”，更不会反对他的提议，说道：“上师所言极是。京师昨曰又送来线报，说贼朝廷的援军不曰就要东入颍川，无论是报荀贼此仇，还是迎击贼朝廷援军，都非得整编全军不可。只是……。”
“只是什么？”
“很快就能打下父城了，如果现在改变会不利攻城。以曼之见，不如等取下父城后再行整编之事。”
“好！我亲自督阵！”
波才发愤图强，和何曼商议定了，把部下的渠帅、小帅全都召来，下了严格的军令：“全军攻城！”本来只攻东城墙一面，现在同时进攻四面城墙。他披甲提剑，驰马行驰，带着一队甲士，在攻城的部队外来回兜转，督促各部倾尽全力进攻。
父城本就摇摇欲坠，难以支撑了，如今又被波才、何曼这一发愤，未到晚上城池已陷。
波才、何曼纵兵入城，先坑杀了五官掾闳某等守城的吏、卒，接着尽屠县中诸姓。因为恼恨父城顽抗多天，为了一挽连败的颓气，又不约束士卒，整整烧杀掠夺了一夜。县中百姓一夜死者上千，尸横於道，血流满城，到处是悲痛大哭的妇孺，街上来往尽为提刀荷锄、负钱挟美的兵卒。闳、冯等大姓在城中的族人、子弟被杀了一个精光，有的房屋被点火烧着，黑烟滚滚，遮掩了半个县城。
略作休整后，波才、何曼分兵两路。
何曼带着上万本部精壮，东出父城，会合了驻扎在巾车乡的数千黄巾军兵卒，挟大胜之威，围攻昆阳，欲再接再厉，把昆阳也打下来。
波才则带着其余六七万的人马留在父城，一边分兵攻打父城周边乡里豪强大族的坞堡庄子，搜略粮食财货，一边全力进行整编。
上次整编，一因急於南下，二因部众多不情愿，故此草草收场，只有波才、何曼两人的嫡系完成了整编。这一次波才下了决心，加上有何曼的全力支持，部众中虽仍有不情愿的，却也难以再构成什么阻力了。
十几个县的道众同时进行整编，波才亲去各县营中督查，有阳奉阴违或迟缓太慢的，或鞭笞、或训斥，雷厉风行，只用了两天，就初步完成了改编，得精壮能战者三万余人，加上何曼带走的上万战卒，共得战卒近五万人，其中精卒五千，骑近千。
五千精卒中有千人是波才原本的嫡系甲士，其余的则是分从各县道众中选出的勇士，为了加强他们的战斗力，波才又下令从全军中搜集铠甲和精良的兵械，全部配给了他们。先前已从各部选拣死士编出了一个“陷阵营”，给了何曼，这批精卒和骑士波才就自己统带，营号名为“敢击”。至此，颍川黄巾先后抽编出了两支精锐，一个陷阵营，一个敢击营。两营之下是各渠帅带的三万战卒，再往下就是淘汰下来的那些妇孺老弱了。
初步改编完后成，定部曲，选将校，波才自为帅，以何曼为副，誓师：先取汝南五县，再灭荀贞贼子。
波才在父城兴师动众地改编，声势不小，早有探骑报与荀贞知晓。
荀攸、戏志才颇是心忧，与荀贞商议，说道：“吾等诱敌未获成功，父城陷落在意料中，而波才在攻下父城后，没有急着南下，只是分了何曼一支兵马去打昆阳，自己却留在父城改编全军，却是出人意料！此贼非庸人也。经此改编，贼兵战力必将会上一台阶，以后的仗不好打了。”
戏志才说道：“吾等南下诱敌之事已上报给了府君，今父城失陷，贼击昆阳，也不知府君会不会命令吾等南救昆阳？若是如此，可要为难了。”
荀贞出阳翟时带了两千人，在襄城先是收编了五百黄巾死士，又得了五百襄城子弟，现有三千来人，尽管得到了扩充，但兵马还是不多。这点人马，守城可也，出奇兵可也，但堂堂阵阵的与数万之众的黄巾军对阵却是不可。尤其在黄巾军经过了改编之后，更是不可了。
荀攸走到帐前，望向西北洛阳的方向，说道：“也不知朝廷平贼的大军派出了没有？”
……
波才全军初步改编完后，波才留了三千人守父城，亲带改编后的部队前去支援何曼。
他带了三万多人，与何曼的万余人合并，近五万人，夜以继曰猛攻昆阳，一天后，昆阳失陷。
波才、何曼尽屠昆阳诸姓，留下两千人守昆阳，裹挟了大批民众，率众向南，复击舞阳。四万多人打一个舞阳，可以预见，舞阳断难坚持太久，早晚也是被攻陷的结局。
荀贞才刚一夜连复两县，不到十天，汝水南岸又连失两县，舞阳告急。
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