由于武重的回国，九州的宫方再次活跃起来，第二年建武四年，武重在寺尾野城起兵。对此，阿苏惟澄响应，丰后的大友贞顺、筑后的黑木、河崎氏等也起兵。之前武敏屡次起兵，结果都没有成功，这是因为武敏是庶子，在家族和宫方诸氏面前缺乏分量。另一方面，武重既是菊池的惣领，又被任命为肥后守，可以说自然具备了作为宫方统帅的大义。
九州探题一色范氏注视着武重的行动，亲自率兵进攻肥后。武重与惟澄联合，将其迎回益城郡犬冢原，讨伐范氏之弟赖行等武家部将，取得胜利。接着向竹迫进攻邻接的合志幸隆，幸隆得到武家的援助，战况不利。
另一方面，尊氏让少弐赖尚回到九州支援范氏，延元三年(1338)，武家方攻打武重。与此相对，武重进攻筑后，三月战于石垣山，十月再次进攻筑后，此后消息不明。大概是在这个时候生病，在延元三年年底去世的。
武重的弟弟继承了家业，由武敏监护。武敏去世后，木野武茂似乎担任监护，但兴国五年(1344)正月之后，在史料上看不到武士武茂的踪影。取而代之的是武光。
惣领武士受到武家方面的压迫，无法统率一族，似乎没有作为惣领的自信，想从兄弟一族中选任“灵巧的人物”而放弃了统治权。这与惣领制的崩溃是相通的，作为九州宫方中心的菊池一族面临着巨大的危机。
这里登场的是丰田十郎武光，武光是武重、武敏等人的弟弟，相当于武士之兄。建武时期就住在益城的丰田庄，名叫丰田十郎。兴国四年(1343)在阿苏(惠良)惟澄的协助下，在田口城与河尻幸俊及道歉磨势力作战并大破，在菊池一门崭露头角。他凭借自己的力量，以庶子之身，继承武士之位，成为菊池氏的长子。
兴国五年，武光夺回了合志幸隆占据的菊池本城，正平三年(1348)，迎接征西将军宫怀良亲王到肥后本城，进军筑后，趁着足利、一色、少弐氏等武家的内讧，在九州兴风作浪。
不久，幕府内部足利尊氏与弟弟直义对立，产生了观应之乱。与此相关，直义的养子直冬进入九州，九州在武家方和宫方对立的基础上，直冬成为第三势力。与探题一色范氏不相容的少弐赖尚支援直冬，直冬的势力骤然扩大。范氏向幕府寻求支援，但由于直义方占优势，幕府不仅没有派出援军，还任命直冬为九州探题。穷途潦倒的范氏与宫方联合，从东西两面夹击太宰府的直冬。然而，这股混乱随着直义的失败，正平七年直义在镰仓被杀而结束。失去靠山的直冬声望一落千丈，直冬逃往中国。
探题一色范氏攻击了少弐赖尚，赖尚向菊池武光请求支援。翌年正平八年，武光支援赖尚在太宰府南面的针摺原与一色军交战，给予其毁灭性打击。由于针摺原之战的胜利，九州宫方面的势力大幅扩张。正平十年，怀良亲王率领菊池武澄、五条良氏、少弐赖资等人转战肥前、丰后，迫使大友氏泰投降。接着攻下博多，将一色范氏驱逐到长门。于是，以少弐、大友、岛津氏等九州三人众为首的九州有势力的武士悉数归服怀良亲王。
然而，武光之后，菊池氏再没有出现庶子家分家的现象。在持续不断的军事活动中，庶子由惣领武光指挥，新的统治与被统治体制得以成立。然后，菊池氏确立了新的惣领体制，所领、所职集中在惣领，确立了由嫡子继承的嫡子单独继承制。
与菊池氏联手成功击退一色氏的少弐氏转向武家，引诱菊池武光前往筑后、筑前，与大友氏共同夹击。武光察觉到这一点，主动进军筑前、筑后。于是，正平十四年，武光奉怀良亲王于筑后川南岸高良山布阵。与此相对，赖尚动员儿子直资一族、筑前、筑后武家、肥前松浦、龙造寺、深堀等人，在筑后川的北味坂庄布阵。
战斗由武光打响，他总是先下手为强，向少弐氏施压。在被称为大保原合战(筑后川之战)的战斗中，宫方和武家方决战九州，武光通过夜袭击破了武家方。
通过这次胜利，武光统一了筑前，正平十六年控制了大宰府，同二十年设置了征西府。就这样，武光带领南朝在九州建立鼎盛时期。
幕府看到九州的形势后，任命斯波氏经、涉川义行为九州探题，但无法与南朝征西府对抗。然后，应安四年(1371)，任命今川了俊为九州探题，负责收拾事态。对此武光与嫡子武政一起对抗，不过，由于了俊卓越的作战，失去太宰府逃往高良山。
此后，怀良亲王和菊池武光与今川了俊持续对峙，逐渐陷入劣势。在这样的文中二年(1373年)，菊池武光结束了波澜壮阔的一生。
武光死后，武政继位，但武政没有父亲武光那样的力量，九州宫方势力日渐衰退。第二年，武政也病死了。武光、武政的相继死亡给菊池氏带来了巨大的打击。
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