六月十六日，联军探部送来特急信报，李傕等攻陷长安。成公英等得到田敏通知聚到督护府和韩遂一同看信报。
五月十日（公元192年6月7日），朝廷大赦天下。
夏四月，百万青州黄巾军杀入兖州，杀任城相郑遂。消息传到长安，王允以荀攸出任任城国国相，但道路阻断，无法就任。于是转任蜀郡太守，据信荀攸前往荆州，等待机会从荆州进入益州。
在长安的大臣觉得，王允做为诛杀董卓的首功之臣，天天得到朝廷嘉赏、听闻大臣称赞，显然飘然起来，似乎对任何人、事毫不在意了。
每当群臣集会，王允很少像以前那样和众臣推心置腹、共商国事，而是正襟危坐，面无和悦之色，摆出一付宰相官架子。
群臣渐渐也不再像从前那样推崇和拥护王允了。
最让士人寒心的是蔡邕之死。
董卓被杀，蔡邕发出一声叹息，王允勃然大怒，严厉指责蔡邕，不容分辩，立即将蔡邕押至廷尉处问罪。
蔡邕有口难辩，为续写汉史，便陈辞谢罪，自愿承受刺剑削足的酷刑以保全余生。士大夫们设法营救蔡邕，毫无效果。
太尉马日磾替蔡邕说情，王允根本不听劝告，蔡邕最后冤死狱中。
之后，文武百官和士大夫对蔡邕的死议论纷纷，王允这才真正明白蔡邕的确罪不及死，后悔莫及。
大臣们觉得王允在如何安排和处理董卓旧部上极不慎重，反复无常。
彼先是想全部赦免董卓的部下，吕布也多次相劝，可继而王允又对群臣解释道：“本来，彼等是没有罪的，只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从董卓差遣，犯了错误。现在如果给彼等突然加上恶逆的罪名，再特定赦免之，恐怕反而使之猜疑恐惧，心理承受不了。所以，赦免彼等无罪不是使之安心的上上之策，还不如让彼等承受惩罚。”
吕布提议把董卓的财物赏赐公卿、将校，以稳人心，王允又不准。
王允平日却看不起吕布，以剑客对待彼。吕布也认为自己有盖世功劳，自吹自擂，当然得不到王允好脸相待。
朝臣都看得出吕布甚为不得意，视王允目光已不似从前那样仰敬了。
五月二十日（公元192年6月17日），朝廷任命征西将军皇甫嵩为车骑将军。
有人向司徒王允建议派皇甫嵩统领董卓旧部，并长期留驻弘农郡陕县进行安抚。
王允坚决反对：“这样绝对不行，关东兵是反董卓的义兵，与我们是同一条路线。现在董卓已死，如果继续把董卓旧部屯驻在险恶之地，虽然安抚了凉州兵，但是关东兵将领会疑心吾等不重视彼。”
内线人说，在选择凉州兵和关东兵的事上，身为并州人的王允绝不会答应成为凉州兵的领袖，意在削夺凉州籍将领兵权，解散大部分凉州兵，重用并州和关东兵将。
董卓被杀，牛辅、董越亦已死去，王允清算董卓余党。当时李傕、郭汜、张济等人心怀不安，都打算解散部队各自逃归家乡，又怕仍得不到赦免。
讨虏校尉贾诩对李傕说：“听长安人议论说欲诛尽凉州人，各位如果弃军单行，则一个小小的亭长就能抓住尔等了。不如率军西进，攻打长安，为董太师报仇。事情如果成功了，则奉国家以正天下；如果不成功，再逃走也不迟。”
李傕等人采纳了贾诩的建议，到处散布说：“朝廷不赦免吾等，吾等应当拼死作战。如果攻克长安，则可以得到天下；攻不下，则抢夺三辅的妇女财物，西归故乡，还可以保命。”部下纷纷响应。
于是同郭汜、张济等人结盟，率军几千人，从豫州颍川郡返回，通过洛阳、河南尹谷城、弘农郡新安县、黾池县、陕县、弘农县、湖县、华阴县、京兆尹郑县，日夜兼程，攻向长安。
李傕、郭汜、张济、贾诩等沿途收集部队，陆续汇入了司隶河南尹成皋县李蒙部、司隶河南尹平阴县刘靖部、黾池县董越旧部、陕县牛辅旧部、陕县董承部、郑县王方部等。并与渭水北岸的左冯翊郡万年县樊稠部和司隶京兆尹蓝田县杨定部取得联系。
董卓死后，王允共约控制了二十万董卓军中的十一万人，留在三辅的约十万五千人。
右扶风太守王宏、左冯翊太守宋翼、京兆尹滕胄各分得一万五千人马。河东太守王宏有五千人马，孤守安邑县。
皇甫嵩分得一万五千人马镇守郿县，防御凉州。吕布、徐荣、胡轸各分得一万五千人马。徐荣、胡轸部驻长安城外渭桥南大营。
李肃征牛辅损失了吕布军五千精锐，李肃被吕布所杀，吕布军只剩一万人，和京兆尹滕胄的五千人马共同镇守长安城。滕胄的另外五千人马分散在长安周边城池。
王允素来不善待凉州人胡轸和杨定。王允听说李傕等来犯后，乃召胡轸、杨定，使之东行带话去质问李傕“关东鼠子欲何为乎？”。于是二人前往，未说降李傕，实召来李傕兵而还。
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