所以说凡事多有两面性，看似合情合理的事情，其实并不合理，考功司是吏部直接负责京察的部门，主要负责京察的具体工作，科道主要负责京察前一系列准备工作，及京察后的拾遗工作，对官员的考察结果最终“以听上裁”，由皇帝决定被察官员的去留。
南京官员的考察“俱该南京吏部、都察院会同考察，径自具题”，南京京官的考察不由北京部、院职掌，全权由南京部、院负责。
这里需要对内阁进行特别说明。从制度规定来看，阁臣并没有考察官员的职权，但在皇帝有意无意的特许之下，阁臣常常干预京察的过程和结果。
京察制度看似公平，实质有许多可以操作的空间，其一，在京察之前，阁臣认为主察官员对自身不利时，可私下题请他官主持京察。
其二，阁臣票拟四品以上京官的自陈疏，如首辅沈一贯曾言：“今日蒙发各官自陈本，令臣票拟。”其三，阁臣对考察结果不满时，可通过密揭的形式向皇帝暗进谗言，一定程度上可改变对官员的考察结果。其四，京察拾遗时，阁臣可利用自身权威，暗示科道官对与自身利益不同的官员进行弹劾。
可以说阁臣利用京察打击异己的行为，严重违背了京察的公平，破坏了京察制度澄清吏治的初衷。当初朱元璋取消了宰相制，内阁制度的设立使得明朝无有善治，京察中斗争不已，其中不乏阁臣从中作梗。反过来看章子俊这一次的闰察，也不算是什么严重错误了，又不是章子俊提出来要大计考核，内阁才是最后拍板的黑手。
这一次的大计，前前后后降斥官员达三千多人，杂职二千多人，不入流的衙役官员五千多人，《明史·职官志》如是记载：“凡文官之品九，品有正、从，为级一十八，不及九品曰未入流。”
未入流的官员是指十八级之外的官员，未入流的数量十分可观，京师各衙门以及外省府、州、县三级机构中，就设有很多未入流的职务。比如翰林院孔目、各部院的库使、地方的盐茶大使，厅州库大使，州县税课司大使，驿丞，闸官，府州县的一些僧道官，县典史，各州学正等等。不管是在哪一级单位，未入流者虽然没有品级，但其岗位都是有明文规定的，也就是说，不能将未入流看作是“非职官”，而且也并非没有品级。在地方官中，未入流与从九品官之间的差别并不大，也都有各自分管的事务，更没有隶属关系，这就像现在的科员与实习科员一样。
主持这种事非常容易得罪人，虽然只是底下报上来，章子俊只是批示一下，不管是好还是坏，全要算在章子俊的头上，直到王恕致仕，章子俊火急火燎回京复命交差，赶在王恕致仕前一天总算把手续办完，此时在王恕府邸大门外，车马轿顶已经排了三里长，这些全是京城内大小不等的官员，说是来给尚书大人送行，其实是想利用最后的时光，让王恕办点私事，内中不乏有四品五品高官以及王恕的众多门生。
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