然而十三山首领杨三却有别的心思。
他派人前往宁远，向辽东经略索要钱粮。表示钱粮到位后便亲率辽西义士与“刘贼”血战到底，报效朝廷。
王在晋自然不听这一套。
目前宁远、山海关防守尚未稳固，不可轻举妄动，若救回难民，必然无处安置，也没有粮草供养，而且难民中间肯定会夹杂很多开原奸细。
王在晋对十三山使者说：
“刘贼现在只是吞并锦州，并没有立即攻打宁远、山海关，若朝廷轻易收留你等，必然会给刘贼开战的理由。所以，你们自求多福吧。”
崇祯元年二月，广宁战后，右屯卫、锦州、大凌河城、小凌河城、松山、杏山、连山、塔山守将奉王在晋之命，焚烧庐舍，粮储，撤军民于关内。
王在晋将辽西军事，全权交由祖大寿负责。
祖大寿闻知开原军已过辽河，立即进行军事部署，四处调兵遣将。
宁远城内以广武营步兵防守，中左所都司陈兆兰率领本营步兵入城，与都司徐敷奏协防，总兵标下家丁在城上及四门为援。
中军孙绍祖、何可纲、李国辅、黄维正、彭簪古等人督阵，祖大寿亲率家丁在城内缉拿奸细。总兵祖大弼领本营精锐出兴水县堡、瓦窑冲作为援兵。
副将朱梅，游击马广、邓茂林各率所部精锐与祖大弼合营，作为宁远北边外援。
祖大寿又令宁远及金州所属各小堡堡官孟继孔、孙承惠、张存仁、金国凤、孙定辽、赵邦宁，各率骑兵与祖大弼汇合一处。
龙武水营游击姚与贤、乔恒、季士登，都司王锡斧等人简选各船精兵，在觉华岛待命，为宁远南边外援。
中右所由刘永昌、尤岱坚守，前屯卫总兵赵率教领所部三车营步兵防守中千所、前屯卫、中后所，作为宁远的后援。
这样，以宁远为中心，东、西、南、被四面相呼应的防御体系就建立起来了。
祖大寿从祖大弼及各路败军口中了解到辽沈、广宁等地陷落的过程，号召宁远全城军民齐心守城，他让家丁在城中四处张贴布告，其文如下：
“本官定与此城共存亡，城内各将领或守或援，俱当与本城共存亡。结连一处，彼此同心，死中求生，必生无死。若有临战退缩，必于军前斩之，有一人乱行动者杀，城上人下城者即杀！”
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