给事中傅木魁交结魏忠贤的外甥傅应星为兄弟，上书诬告中书汪文言，并且连及左光斗、魏大中。汪文言被投进镇抚司监狱，并将被大行罗织罪名。执掌镇抚司的刘乔接受叶向高的教导，不给汪文言定罪，魏忠贤大怒，将刘乔撤职除名，用私人许显纯来代替他。这时御史李应升就内操的事进谏，给事中霍守典因魏忠贤乞求祠堂匾额而进谏，御史刘廷佐以魏忠贤滥加荫封进谏，给事中沈惟炳以设枷锁进谏，魏忠贤都假传圣旨给予斥责，副都御史杨涟非常愤怒，弹劾魏忠贤二十四大罪。
奏疏上呈后，魏忠贤害怕了，向韩火广请求调解，韩火广不答应，他便跑到朱由校面前哭诉，并辞掉东厂职务。而客氏从旁为他解释，王体乾等人也一起护着他，朱由校懵然不辨真相，便温语安慰他，而在第二天打回杨涟的奏疏，痛加斥责。杨涟既被斥责，魏大中以及给事中陈良训、许誉卿，抚宁侯朱国弼，南京兵部尚书陈道亨，侍郎岳元声等七十余人，纷纷上奏魏忠贤的不法之事。叶向高和礼部尚书翁正春请将魏忠贤遣回私宅，以平息公众的指责，朱由校不许。
魏忠贤很气愤，想将异己者全部杀掉，顾秉谦便偷偷地把魏忠贤所忌恨的人记录下来，交给他，让他逐个将他们贬斥，王体乾又倡议用廷杖，威胁廷臣。不久，工部郎中万燝上书指责魏忠贤，立即被杖死，魏忠贤又借御史林汝翥的事侮辱叶向高，叶向高因此辞职而去，而林汝翥也被杖打，廷臣都很恐惧。
一时间被罢斥的有吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、吏部侍郎陈于廷以及杨涟、左光斗、魏大中等前后数十人，其后又驱逐韩火广和兵部侍郎李邦华。正直之士离开朝廷，就如摇动枯树纷纷落下的叶子一样。魏忠贤于是假传圣旨用旧例转科道官员，以朱童蒙、郭允厚为太仆少卿，吕鹏云、孙杰为大理寺丞，恢复霍维华、郭兴治为给事中，徐景濂、贾继春、杨维垣为御史，而起用徐兆魁、王绍徽、乔应甲、徐绍吉、阮大铖、陈尔翌、张养素、李应荐、李嵩、杨春懋等人作为他的爪牙。
不久，又起用拟被遣戍的崔呈秀为御史。崔呈秀于是编造《天鉴录》、《同志录》等，王绍徽也编造《点将录》，都以邹元标、顾宪成、叶向高、刘一燝等为魁首，并将不依附于魏忠贤的人全部网罗进去，将他们指为东林党人，献给魏忠贤，魏忠贤很高兴，于是这帮小人更加向魏忠贤献媚，联手攻击东林党。
当初，朝臣争论三案以及辛亥、癸亥这两年的京察和熊廷弼一案，魏忠贤本没有参预。其党徒想凭借魏忠贤的权力排挤那些正直之士，便相继归附魏忠贤，自称义子，并且说：“东林党将要害您老人家。”因此，魏忠贤也想自图快意。
御史张讷、倪文焕，给事中李鲁生，工部主事曹钦程等，竞相打击报复好人，而御史梁梦环又重兴汪文言一案，将他下到镇抚司拷打至死。许显纯编录囚犯供辞的文书，词语连及赵南星、杨涟等二十余人，使他们或被撤职或被遣戍。又逮捕杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等六人，将他们牵连进熊廷弼案中，投进监狱，拷打至死。又杀熊廷弼，将他的亲家御史吴裕中杖打至死，又将尚书李宗延、张问达，侍郎公鼐等五十余人撤职逐出，朝中机构为之一空。而特召亓诗教、刘述祖等人为御史，凡是与魏忠贤有私人关系都得越级升迁，于是魏忠贤的党羽遍布朝野。
东厂的缉捕人员四处横行，凡他们缉访过的地方，不管情况是虚是实，都被整得稀烂。外戚李承恩，是宁安大长公主的儿子，家中藏有公主赐给的器物，魏忠贤诬告他盗窃乘舆服饰等禁物，将他判了死罪；中书吴怀贤读杨涟的奏疏时，击掌赞叹，家奴将他告发，结果怀贤被杀死，家也被抄了；武弁蒋应阳为熊廷弼讼冤，立即被诛死。民间偶有言语触犯了魏忠贤，便被捉拿杀戮，甚至被剥皮、割舌，被杀者不可胜数，人们路上相遇，只能以目传意，不敢言语。这年，魏忠贤得加恩三等，庇荫都督同知，又荫封他的族叔魏志德为都督佥事，升傅应星为左都督，并表彰他的母亲，而以魏良卿为佥书锦衣卫，掌南镇抚司事务。
皇帝仪仗队组成，魏忠贤得以庇荫都督佥事，他又派党羽李永贞假冒浙江太监李实上奏，逮捕惩治前应天巡抚周起元以及已辞官归乡的江浙籍人高攀龙、周宗建、缪昌期、周顺昌、黄遵素、李应升等，高攀龙投水而死，周顺昌等人死于狱中。苏州百姓见周顺昌被捕，很不平，便打死了两名校尉，巡抚毛一鹭便逮捕颜佩韦等五人，将他们诛死。刑部尚书徐兆魁治理狱案，凡是魏忠贤所恨的人，便判以重刑，魏忠贤又听从霍维华的意见，命顾秉谦等人编修《三朝要典》，竭力毁谤东林党人。御史徐复阳请拆毁讲学书院，以绝党根。御史卢承钦又请立东林党碑，海内人士都屏息丧气，霍维华于是教魏忠贤在边防冒进邀功。
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