到了十二月，人们对此事逐渐淡忘，崇祯帝趁内阁次辅钱龙锡引疾致仕之机，命周延儒以礼部尚书兼东阁大学士，入阁参预机务。崇祯帝又给周延儒及与他同时入阁的何如宠、钱象坤加太子太保衔，改为文渊阁大学士。周延儒为了扩大自己的势力，极力向崇祯帝推荐自己的姻亲吴宗达以及同僚温体仁入阁。崇祯帝也以为温体仁“孤忠可任”，命温体仁与吴宗达以原官兼东阁大学士，入阁办事。周、温两人联手把持朝政，在幕后主使迫害钱龙锡、打击东林党；又指使锦衣卫官员张道濬等攻击内阁首辅成基命，迫使成基命辞官而去。周延儒就成为内阁首辅，崇祯帝还加他少保衔，进武英殿大学士，加少傅兼太子太傅，改吏部尚书，进建极殿大学士。
温体仁对周延儒表面奉承，暗地谋夺其首辅之位，吏部尚书王永光罢官后，温体仁起用他的同乡亲信闵洪学取而代之，掌控人事权，又起用御史史??、高捷及侍郎唐世济、副都御史张捷等为心腹，处心积虑欲攻倒周延儒。于是，温体仁与周延儒的矛盾逐步激化，他们互相倾轧的第一回合，是围绕春的会试而展开的。周延儒的姻亲陈于泰会试廷对第一，他的老友吴禹玉之子吴伟业则考中会元，同时中试的有名士张溥、夏日瑚等。
这次会试的主试官就是周延儒，按照惯例，内阁首辅因为政务繁重，主试之事应由次辅担任，周延儒以首辅出任主试官的越例行为，使次辅温体仁抓住了一个可以大做文章的把柄。这次会试，周延儒之所以亲自出马，是想收罗名儒作为自己的门生，以扩大自己在朝廷的权力基础，所以秘密嘱咐各分房考官在呈卷前偷看中试封号，从中舞弊。吴伟业的本房师李明睿仰承周延儒之意，把吴伟业的卷子作为第一名，做了些手脚，终于使吴伟业高中会元。这一舞弊行为被温体仁的亲信薛国观故意泄漏于朝廷，御史袁鲸正准备具疏参论，周延儒抢先一步，把吴伟业的卷子送给崇祯帝御览，崇祯帝阅后很满意，批了八个字“正大博雅，足式诡靡”，既然崇祯帝已经表态，御笔钦点吴伟业为会元，人们就不好再说三道四了。
当时，周延儒所提拔的大同巡抚张廷拱、登莱巡抚孙元化等，都被外界认为是向周延儒行贿得官，引起舆论不满。他的子弟家人横行乡里，激起民愤，受到言官的纠弹，他的兄长周素儒冒籍锦衣卫，搞到个千户的职位，他的家人周文郁成了副总兵，都遭到舆论的抨击。这些问题日积月累，终于由言官掀起一个弹劾周延儒的高潮，陕西道御史余应桂、户科给事中冯元飚、山西道试御史卫景瑗、四川道试御史路振飞等纷纷上疏列举周延儒贪赃枉法、专横跋扈之事。但崇祯帝都予以驳回，当周延儒一再上疏辩解并请求罢官时，崇祯帝还温旨慰留。
不久后，吴桥兵变爆发，毛文龙旧部孔有德、耿仲明、李九成等在登州发动叛乱，登莱巡抚孙元化被俘，舆论哗然，人们不约而同地把矛头指向重用孙元化的周延儒。余应桂再次上疏弹劾周延儒是吴桥兵变的罪魁祸首，崇祯帝下旨切责，将余应桂降官三级，以示惩处。恰巧这时，西协监视太监邓希诏与蓟辽总督曹文衡互相攻击，引起言官们反感，工科给事中李春旺强调，邓希诏与曹文衡互相攻讦，语侵辅臣周延儒，这实在是国家治乱盛衰的大漏洞，因此不仅督臣曹文衡可去，阁臣周延儒也不可留。在这一连串言官攻击周延儒的背后，是温体仁在暗中指使，而崇祯帝虽然都驳回对周延儒的弹劾，但对周延儒的信任也有所动摇了。
吏部尚书闵洪学是温体仁一提拔的，每做一事都为温体仁收买人心，而把所有的过错都推到周延儒身上。一时间官僚中捷足先登者无不奔走于温体仁门下。周延儒的亲信对闵洪学恨之入骨，给事中王绩灿与御史周令誉、周堪赓先后上疏攻击闵洪学，而尤以兵部员外郎华允诚最为激烈。华允诚在议论国事“三大可惜、五大可忧”的字里行间，攻击内阁次辅温体仁与吏部尚书闵洪学朋比为奸，驱除异己。崇祯帝一方面下旨剥夺华允诚半年俸禄，另一方面批准吏部尚书闵洪学回籍养病，以各打五十大板的方式堵住双方互相攻击的势头。并且对周延儒、温体仁躲在家中避风头的做法进行批评：“辅臣大半偃卧私第，殊非政体。”周温倾轧的第二回合，双方打了个平手。
其后，周延儒指使翰林院修撰陈于泰打着“陈时政四事”的幌子，指桑骂槐攻击温体仁。温体仁则指使宣府太监王坤弹劾陈于泰盗窃科名，牵连周延儒，周延儒上疏自劾求去，被崇祯帝挽留。另一方面，周延儒的亲信给事中傅朝佑上疏，指责太监王坤“妄干弹劾之权”，而且文词练达，机锋挑激，必有小人背后主使，影射温体仁在幕后操纵。都察院左副都御史王志道也上疏附和周延儒，由于王志道在奏疏中谈到“终不忍开内臣轻议朝政之端，流祸无穷，为万世口实”，引起崇祯帝不悦。
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