因为刘兴祚的反叛，努尔哈赤将辽东半岛的民众迁往内地，这时明廷有人就建议据守辽东半岛的金州，沈有容上言，“金州孤悬海外，登州、皮岛俱远隔大洋，声援不及，不可守。”但毛文龙依然派张盘进驻金州，但不久便被后金军击败，后金为了防止明军再度前来，焚毁了金州城的城垛与角楼。
袁可立曾下令让沈有容进军广鹿岛，沈有容是袁可立幕下的登镇总兵，曾在平倭和收复台湾及抗清战争中立下过赫赫战功。此次东征为老将出山，正于国家危难之际，登莱巡抚袁可立十分倚重之。然登州总兵沈有容并不满于东江总兵毛文龙依仗阉党势力的跋扈，二人矛盾日深。
魏忠贤当权，一批清流高官相继遭罢，袁可立也于此时再次遭贬，袁可立去，沈大将军无所依，决然随去。不久，沈有容得重病，连起居都步履颠危，于是以年老乞骸骨，以67岁高龄还乡，三年后，卒于家中，明廷念其功勋，追赠都督同知，并赐祭葬。
沈有容有八个儿子，有详细记载的有三个：六子沈寿崇袭其职，在北京近郊被李自成部所杀；八子沈寿峣，响应金声号召，组织义军抗清，兵败被杀；四子沈寿岳因积极支持郑成功与张煌言抗清，被斩首。真是将门出忠烈呀，沈有容上司袁可立的儿子袁枢，也在清军攻陷南京后拒不降清忧愤绝食而死。
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