明军昼伏夜行二百余力，直达可可毋林，这次老天也心向明军，塞外刮起了大风，天际还不时传来隐隐雷声，扰乱了敌人的视听，使之无从觉察明军进军路线及战略意图。当帐外喊杀四起，即便发矢如雨，仓促应战的士蛮众人也未能挽回败势。是役，明军共获首功九百，其中还有二十四位酋长的首级。
沈有容虽然是火器教练，但依然参加了此次战役，并同众人一起冲锋在前，亲自斩敌四人，随他在一起作战的十几位家丁也斩敌十四。沈有容自觉战功颇多，不好专美于前，便把部分功绩分给了一时未能立功的同事。如此一来，沈有容的赏银便少了一些，银子是拿命换来的，真是来之不易，但沈有容首先想到的却是故友与穷交，将银子分给了他们，后来，何乔远曾经回忆说，他早年之所以能安意读书，实在全靠沈有容资助。
蒙古诸部入侵仍勤，辽东依旧不得安宁，沈有容在双方几次摩擦中屡立战功，但身上却也添了不少箭疮，功勋得来不易啊！一波未平，一波又起，蒙古诸部的问题还没解决好，女真的叶赫部又开始欺凌哈达部，并多次骚扰明边，让明军守将头痛不已。
辽东巡抚顾养谦与李成梁决心出兵叶赫，沈有容亦随军参战，可是因冰雪未消，直到三月十三日到达叶赫。布寨见明军势大，马上奔跑到纳布林禄的东城，与其合兵一处，两军互杀一阵，叶赫见不能取胜，便退入城中拒守。此城以石为郭，城郭内外又有木栅，且建于绝峻之山峰上，易守难攻。明军围困攻打两日，才只破城郭外面的木栅二重，而且城上木石，箭矢杂下，明军损失也是不小。
沈有容奉命攻打南门，所乘战马中箭而死，又换了两次马，皆被敌兵箭矢所伤。沈有容的右腿也中了一箭，伤势十分严重，已经无法行动，又没有战马，成了待宰的羔羊。可是叶赫的士兵因为见他盔铠鲜亮，没有杀他，用挠钩将他钩住，想要拖他入城，脱了铠甲再把他杀了。女真素缺铠甲，像努尔哈赤的父、祖也算一部之长，却也仅留下遗甲十三副，沈有容是世家子弟，铠甲当然是外观又好，防护性能又强，自然为女真人所垂涎。在这生死一发之时，时任宁远副将的祖成训杀到，救了沈有容一命，总算有惊无险。
李成梁见叶赫久攻不下，只好暂且收兵，商议对策，沈有容顾不得养伤，与士兵带大将军炮二架，对城施放，一枚炮弹炸碎了城角，另一枚炸坏了纳林布禄的居所，砸死了他的老婆。明军掩杀一阵，又欲用云梯架炮，直击叶赫诸酋长所在之地。布寨，纳林布禄见势不好，出城乞降，请求与哈达分敕入贡。李成梁同意，大胜而还，叶赫此后势力大减，终于不再反叛明朝。
沈有容因破城居首功，再加上先前的功勋，应该能当上宣州指挥同知，但沈有容当时不知为何用的是沈有色这个名字，兵部认为并非他原本军籍，仅赏了他四百两银子，沈有容无奈，只得加入广宁中卫的军籍，从普通军士积功做了正千户。
沈有容晋升源图钦总，守卫浮图谷。在辽东这么多年的军旅生涯中，沈有容发现在辽东兵制，训练，守备等处皆有不少缺陷，升为钦总之后，认为应当负起责任，上书反映此事。提建议本是一件好事，但在明朝做为一员武将去提建议，那便有些不同。上书还算幸运，好像只得了上司的一顿申饬，但他已觉得有些灰心了，上述托疾乞归，但他上司宋可泉置之不理，等待一年也没有结果。后来，沈有容拆了旧公房来盖公馆，被一个与他有隙的同事揭发，才得以解甲归田。不过，他的下一任官员还未到任，只能等待着交接，这时，狂风暴雨从东方吹来，沈有容又迎来了一次机遇。
张居正去世了，“倒张”风潮吹遍了整个大明朝，这种攻击也牵连了张居正生前重视的将领戚继光，“倒张”派们把戚继光视为张居正的同党，欲置之于死地而后快，甚至有人诬陷戚继光给张居正的信件说，“虽夜开中门递进，意欲何为？莫非反状乎？”在此等情况下，兵科给事中张鼎思认为戚继光于闽浙有功，请朝廷把他调往南方，调戚继光任广东总兵官。
这是蓟镇的塞外，由于戚继光的离去，在一定程度上，北边的蒙古诸部又活跃了起来。夷妇大嬖只趁古北口明军放马之机，以600多人抢马171匹，杀尖夜家丁11名，掳去军人17名。七月，小阿卜户入犯黑谷关，杀知名氏者30人，明军掩败为胜。为此总督周咏与巡抚翟秀裳夺俸半年，而刚上任的总兵杨四畏则降一级，在戚继光离开不久便发生了这种十几年未曾见过的百姓被杀被掳，牲畜被抢，连军人也被掳的惨象，真可谓自毁长城。
新任蓟辽总督张家胤为加强蓟镇守卫力量，调沈有容于蓟镇东路，任南兵后营千总，防守燕河，台头二路。仅过几个月，朵颜部首领长昂领兵三千余骑进犯刘家口，“戚老虎去，吾又何惧？”，果然发现蓟镇防御果然漏洞百出，都进入长城好几里地到了刘家口了，仍然未见明军组织什么像样的抵抗。但刘家口却恰恰是沈有容的驻扎之地，这下长昂遇到了克星，由于原来戚继光的防守方针是“谨烽火，远斥侯”，沈有容当夜二更时分闻得警报，仅带家丁及跟役共29人迎敌。沈有容当时应该就与家丁等人住在窝铺之中，身为千总，还亲自守城，真做到了与士卒同甘苦。闻警后，身边虽仅有这29人，但也得迎敌啊！“一出台而射死七十余”，可见，沈有容是使用火器的高手。
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