姚宗文这个人原先任户科给事，因守丧离职回乡。回朝以后想入补做官，而吏部的几次申请递给明光宗以后都被放置几年，不予批准，姚宗文引以为忧。又假借招来西部人民的名义，托执政的大臣推荐自己，荐章上了几次，仍得不到任用。姚宗文没法可想，就写信给廷弼，让他为自己请求一官。熊廷弼没有随从他，姚宗文因此怨恨廷弼，后来他一路巴结，才复职于吏科，到辽东来检阅兵马，与熊廷弼议事，大多意见不一。
辽东人刘国缙原先做过御史，在三年一次的考绩中受到贬职处分，辽地战事起来后，朝廷决定用辽人，于是他才做了兵部主事，参与军务。刘国缙主张召募辽人为兵，按他的办法召募了一万七千多人，后来有一半以上逃跑了，熊廷弼把此事报给朝廷知道，刘国缙也对熊廷弼产生了怨恨。过去熊廷弼当御史的时候，与刘国缙、姚宗文一起负责进言，相互之间，意气相得，共同以排斥东林、攻击道学为职事。刘国缙等对熊廷弼寄以旧望，熊廷弼却不能和从前一样了，这样他们之间更两相失望了。姚宗文本出自刘国缙门下，他们两个从此更加勾结在一起，倾轧熊廷弼。
等到姚宗文回朝以后，上书陈说辽地疆土日见减少，诋毁熊廷弼废弃大家的计谋，夸张自己的错误，并且说：“那里的军马也不训练，将领未加部署，人心既不亲附，刑罚有时并无作用，只是军民的劳务没有停止的时候。”又鼓动他那一伙人起来攻击，想非使熊廷弼去职不可。御史顾慥首先起来，弹劾熊廷弼出关一年有余，诸事没有规划；蒲河失守，隐瞒消息不上报；带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟，尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。
明光宗驾崩，明熹宗即位，朝廷里事情正多，而对边疆大臣的议论也开始了，御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇帝的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。明熹宗把冯三元的奏章发给朝臣议论，熊廷弼恼火了，上书为自己竭力辩解，并且请求罢官回乡。御史张修德又弹劾他破坏辽阳。熊廷弼更加愤恨，又一次上书自白，说“辽地现已转危为安，为臣却要由生向死了”。于是缴回尚方宝剑，竭力请将自己免职罢官，给事中魏应嘉又弹劾了他，朝廷终于决定准许熊廷弼去职，用袁应泰接替了他。
熊廷弼于是上书请求派人来调查，冯三元、魏应嘉、张修德等又连章极论熊廷弼的过失，熊廷弼就请派他三个来核实，明熹宗听从了他的意见。御史吴应奇、给事中杨涟等坚决认为不可以，于是改派兵科给事中朱童蒙前去。等朱童蒙回来上奏，全面陈述了熊廷弼的功绩，最后说：“我进入辽地的时候，士民对他垂泪称道，说几十万生灵都因为廷弼一人才得以保存，他的罪怎么能轻易确定呢？只是廷弼最为陛下所信任，蒲河战役中敌人进攻沈阳，他驱马前往救援，胆量是何等壮大；等看到官兵懦弱，就突然告老还乡去了，这样把皇上对他的大恩置于何处了呢？廷弼功在存辽，些微的成绩虽有可称；但罪在辜负了皇上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功！”明熹宗因为熊廷弼力保危城，仍打算以后起用他。
不到一年的时间里，辽东重镇沈阳、辽东首府辽阳相继失陷，袁应泰自杀，辽河以东全部沦为后金所有。此时，朝廷里大臣们又想起了廷弼，给事中郭巩尽力诋毁他，并连及阁臣刘一燝。等到辽阳失守，河西军民全都奔逃而去，自塔山到闾阳方圆二百余里，荒无人烟，京城为之大为震惊，刘一燝说：“假使廷弼在辽，想来不会弄成这样。”御史江秉谦上书追叙熊廷弼以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。明熹宗于是对过去弹劾熊廷弼的人加以治罪，冯三元、张修德、魏应嘉、郭巩各贬三级，除掉了姚宗文的官籍，御史刘廷宣论救，也被罢免。于是，又下达诏书从家里起用熊廷弼，并且提拔王化贞为巡抚。
熊廷弼入朝，首先请停止刚才言官的贬谪，明熹宗不同意，又提出分三方布置的策略：“广宁用马步兵在河上设立壁垒，凭山川形势打击敌人，牵制敌人的全部兵力；天津、登、莱各港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚，像天津一样，由陶朗先充任；而山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心。”明熹宗都予以批准。熊廷弼启程时，明熹宗特地赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派文武大臣为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇，又派用五千名京营选锋护送他赴任。
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