曹操认识到——军事斗争离不开政治形势的配合，要有足够的武装力量，才能拯救社会。
不能像春秋时吴国夫差那样只凭武力，不注重政治；
也不可似周朝诸侯徐偃王那样，以仁义代替用兵。
他强调“兵以义动”，“示天下形势，以顺诛逆”。
为赢得战争中的政治主动权，他挟天子以令诸侯；
为争取人心，占领河北后免难民租赋，又发布抑豪强兼并令，以使“百姓亲附，甲兵强盛”。
谋士郭嘉颂扬他“奉顺以率天下，此义胜”。
曹操认为经济的好坏，关系着战争的成败。
军队无辎重、粮食、委积，“亡之道也”，因而吸取“秦人以急农兼天下，孝武以屯田定西域”的经验，大兴屯田，达到了足食强兵的目的。
在治军思想上，曹操抛弃儒家以礼治军的原则，认为“礼不可治兵”，强调“吾在军中持法是也”，注重以法治军。
他针对汉末为政失之于宽的状况，“纠之以猛”，以使“上下知制”“所是进之以礼，所不是正之以法”。
他“揽申、商之法术”，制定管理、训练等军事法规，如《军令》《步战令》《船战令》《论吏士行能令》《败军抵罪令》等，以维护军队的统一指挥，强化军队的战斗力。
为保证法规的实行，曹操主张严明赏罚，按法赏有功、治有罪。
明君不官无功之臣，不赏不战之士；
治平尚德行，有事赏功能；
告诫诸将“赏功而不罚罪，非国典也”。
强调“诸将出征，败军者抵罪，失利者免官爵”，并“亲巡将士，明劝赏罚”，在公开场合，自己也不置之法外。
为贯彻以法治军的思想，曹操特别注意军中司法官吏的选拔，认为“夫刑，百姓之命也。
而军中典狱者或非其人，而任以三军死生之事，吾甚惧之。
其选明达法理者，使持典刑。”
曹操选将用人，主张破格求实。
他拔于禁、乐进于行阵之间；
取张辽、徐晃于亡虏之内。
他们后皆战功卓着，成为名将。
还能够根据将领特点，用其所长。
如，许褚、典韦壮武有力，忠诚奉法，曹操就让他们战则为军锋，息则统亲兵。
臧霸有恩信于东土，曹操将青、徐二州托付于他，从而得以专心对付袁绍。
文聘本是刘表帐下大将，在江汉一带颇有威恩，曹操任其为江夏太守，委以边事，使御孙权。
对有过失的“贤”才，曹操往往任用如初。
他还注意集众人之智指导战争，在兖州、官渡、邺城、当阳、渭南、襄樊等重大战事中，均听取和采纳将士的意见。
为尽其才，他倡导广开言路之风，征柳城乌桓得胜回师，还重赏曾劝阻他出征的人。
在谋略思想上，曹操认为：“欲攻敌，必先谋。”
重视谋略是曹操军事思想的重要内容，也是他事业成功的重要保证，所以他能够“以弱为强者，非惟天时，抑亦人谋”。
曹操认为用兵“不可以祷祀而求，亦不可以事类而求”，显示出其军事思想中求实、尚变的两大特点。
他推崇《孙子》，但要求诸将按他结合当时社会实际和实战经验编撰的《孟德新书》指挥作战。
视善变为用兵核心，其行军用师，被誉为“因事设奇，谲敌制胜，变化如神”。
强调“兵无常形”“兵无常势”“兵之变化，固非一道”，只有灵活用兵，“以诡诈为道”，才能以变制胜。
还说“若以险固为资，则不能应机而变化也”。
他认为，诡诈的前提是知彼知己，只有在掌握了对方的兵力部署、战将强弱、地形险易、后勤保障等情况的前提下，进行全面综合的研究，才能制定出“因敌变化”“盈缩随敌”的策略。
他尤重视奇正、虚实变化，要求以“至实击至虚”，他的战争实践也体现出这一点。
如对孙、刘集团作战，或东攻西守，或东守西攻，皆依实际情况，将优势兵力集中于一方，形成“至实”态势。
同时，常以分散、分化敌军的策略，致其“至虚”，从而各个击破。
曹操的军事思想深受历代兵家和学者称道，其《孙子注》对后世兵学有深远影响。
但有时，他强调刑罚过度，并且也有袒护失察之处，这是其思想的局限性。
汉魏之间，社会生产遭受严重破坏，出现大饥荒。
这一时期，粮食供应成为各军事集团最大的问题，因军粮不足而无敌自破者不可胜数。
曹操在北方屯田，兴修水利，解决了军粮缺乏的问题，对农业生产恢复有一定作用。
建安元年（196年），曹操采纳枣祗等人的建议，利用攻破黄巾所缴获的物资，在许下募民屯田，当年即大见成效，得谷百万斛。
于是，曹操命令在各州郡设置田官，兴办屯田。
屯田以国家投资的方式保证再生产，工作效率高于普通的自耕农。
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