这二者有着本质的矛盾与冲突，所以古圣或者说泰伦，决定帮助维托，它们让主角前往了人造星球上，取得了三圣之心，同时，主角发现了罗格.多恩，泰伦意志将多恩交给了维托，原来在多年前的那场跳帮战中，多恩与他进攻的混沌巨舰都在亚空间的漂流中持续了数万年，最终再一次偶然中被抛出了亚空间，来到系外被虫巢意志发现了。
他们没有吞噬他，因为在未来的预言中，多恩有着关键的作用，维托唤醒了多恩，并坦然的告诉了他一切，帝皇的真相，预言以及自己要干什么，在漫长的沉默后，多恩答应支持维托。
在维托离开前，古圣给予他最后一件礼物，新世界的钥匙，那是古圣们的后备计划，如果帝皇最终将会成功，那么古圣将把泰伦虫群撤往新世界，在那里重新开始生命的循环，但现在，他们相信维托，将这要钥匙交给了维托。
古圣们将新世界成为，“中古世界”
主角返回了实体宇宙，但半途中艾达拉德却突然找来，他告诉维托，要击败帝皇要需要最重要的一件道具，他在追寻命途的路途中，偶遇了火龙之主，弗尔甘的灵魂，他告诉艾达拉德了一件名为“尹甸之果”的远古生命精华。
那东西，可以将帝皇的肉体复活，将他的灵魂重新强行拉回到血肉之躯中，这样便可以让维托有机会一击杀死帝皇，这一次，不会和荷鲁斯那次一样，只是打个半残而已。
维托与艾达拉德踏上了寻找尹甸之果的旅途，最终，他们在一颗处在恐惧之眼裂隙最边缘，在破碎的网道主体，与恐惧之眼交汇的地方，找到了尹甸之果的所在，那是一颗冰封的星球，曾经灵族众神的诞生之地，与昔日帝国的首都。
在这颗星球上，令人意想不到的黎曼鲁斯也在这儿，他与维托在一场对决巨大野兽的大战中偶遇，双方都颇为惊讶，而且更让人不可知性的，第十二军团的基因原体震国也在这里。
一番交谈后才发现，鲁斯当年便是在一场讨伐灵族的战争中，俘获了一条方舟后得知了尹甸之果的存在，所以才离开，前来寻找。
网道与恐惧之眼都脱离在时间之外，二者的效应相加，让鲁斯不知道虽然自己才来了这里一年多，其实外面已经过了一万年。
第十二军团是古中国画风，震国当年的家园星系，因为一场对于他的家族，震国的家族在当地是皇帝，类似于秦王朝之类的，在震国离开家园加入大远征后，他作为太子缺席导致了一系列的立储之争。
最后，导致了一场灾难，震国的叔父为了夺取皇位，并击败拥有震国与他的星际战士们支持的正统派，选择了借用奸奇的力量，在震国妹妹的婚礼上，陷害了震国的父亲，并屠杀了在场的所有忠诚派，史称“红色大婚”
但奸奇毕竟是奸奇，他欺骗了震国的叔父并被刺了他，叔父的确坐上了王位，奸奇不会骗人，但他可没说王位会变成什么，一瞬间王座变成了血角之门，将叔父与王座融合在一起，化为了释放奸奇污染的大门。
震国得知后大为惊讶，他率军杀了回来发现了亚空间与邪神的存在，但他依旧击败了他的叔父，但他的家园却已经被奸奇污染深深毒害，再无拯救余地，帝皇随后亲自到来，命令震国亲手摧毁了他的家园。
随后，震国陷入了深深的自我纠结，他从军就是为了保护自己的族人，但现在他却亲手害了他们，而且叔父的嫉妒，事实上也来自于自己这个突然从天而降，被收养又立为太子的侄子。
再后来，震国悄悄地离开了，他踏上了对自我的放逐不愿在因自己而导致任何苦难，但他不知道，他的提前离开反而救了他，因为在之后帝皇为了抹除亚空间存在的事实，命令禁军抹杀了整个十二军团。
他的离席，反而让他免于陷害，震国在从维托口中得知了自己军团的下场后悲愤无比，但最终，维托私下偷偷告诉了震国自己来这儿的真正目的，不是像告诉鲁斯的，治愈帝皇，而是杀了他，震国毫不犹豫的选择了支持维托。
最终，鲁斯，震国与维托联手，在一场惊天动地的大战后击败了守护尹甸之果巨树的守护巨蛇，没错这是北欧神话的梗，他们切开了巨蛇的肚子，从其中得到了尹甸之果。
获得道具后他们便离开了，返回帝国，一切都已准备妥当，维托以至高元帅的身份召开了一场大会，那是自米凯亚会议后从未有过的大会，所有的原体全部到来，在会议上，维托宣布了帝皇的计划真相，并坦然了自己为了保护全人类，决心要反对他的计划。
他让原体们选边站，最终，基里曼，天使，可汗，科兹与震国选择站在维托这边，而来恩与鲁斯选择了终于父亲。
维托悲伤的表示，那就这样吧，随即命令了早已埋伏在会场周围的，忠于自己的禁军刀斧手们杀入，原来此刻瓦尔多也已经秘密回归，而他支持了维托的计划，说服了相当一部分的禁军，主要是后生代在皇宫外围驻守，而非内围死忠的贴身近卫们加入起义方。
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