他主动请求退出并坐，得到皇太极允准。
天聪六年（明崇祯五年）正月初一日的元旦朝贺中，皇太极接受礼部参政李伯龙之建议，废除“与三大贝勒俱南面坐”、共理朝政的旧制，改为自己“南面独坐”，突出汗位独尊地位。
到了天聪九年九月，皇太极召开诸贝勒大臣会议，指责代善对己不恭，众议代善与皇上相左，列了四条罪状，拟革去大贝勒名号，削除和硕贝勒职，剥夺十牛录所属人口，罚雕鞍马十匹，甲胄十副，银万两。
但是皇太极心中有数，这不过是借题发挥，提高汗权而已，所以只罚银马甲胄。
从此，威胁汗权的三大贝勒势力已除，皇太极实力大增，其余贝勒无力和他抗衡，使汗权得以加强和巩固。
皇太极为了团结和拉拢汉族与蒙古族，加强统治基础，同时为了增强军事力量，以适应对明战争的需要，也为了平衡满族八旗旗主和诸贝勒的军事势力，将八旗组织扩大到汉族和蒙古族中。
天聪七年（明崇祯六年）六月初二日，皇太极在一次讲话中谕令将士对新附之众，一切勿得侵扰。
在皇太极影响下，明将孔有德、耿仲明、尚可喜等纷纷归降了后金。皇太极率诸贝勒出迎至浑河，行抱见礼，以示优隆。
孔、耿不仅带了一万二千多精壮官兵及红夷大炮等，而且加速明朝的辽东海防的瓦解。
之后不到四个月，明镇守广鹿岛的副将尚可喜就步了孔、耿后尘，皇太极称赞他识时势之向背，残破海防，实为我功。
到天聪七年（明崇祯六年）马光远统领汉兵时，实际形成了一个汉军旗，满语叫乌真超哈。孔、耿、尚所领兵也是汉军。
在此之前，蒙古旗兵也已形成。
天聪八年（明崇祯七年）三月十三日皇太极在沈阳城郊阅兵，参加的有满洲八旗、蒙古二旗、旧汉兵一旗，共十一旗。皇太极积极准备，大举进攻明朝。
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