两枪击毙两人，顿时给城内守卫稳住了阵脚。而明教教众看对方火器厉害，也放弃了爬墙头的打算，转而四处骚扰，并试图放火。
到了接近傍晚时分，胜负天平终于明显倾斜：
归化城各处调来的火枪兵、长矛兵已经超过了1000人，而明教教众根本无法突破二门，开始四处逃窜和藏匿，有不死心的教众爬上城墙，挥舞着写着“大明天顺”、“顺天保民”等旗子呼喊，希望想象中从河套草原杀到的援军能够攻进来接应——他们随后被守卫全部射杀。
到了九月十六日，攻入归化城的大部分明教教众都非死即俘。
十七日，所有藏匿于归化城各个角落的教众都被生擒，同时，根据被捕教众吐出的口供，在指挥和期待接应河套援军的武二郎被捕。
经清点，归化城方面在这次袭击中死亡四十余人，受伤六十余人。
十九日，刘洋返回归化城，并在二十三日亲审被俘的明教教众。
不久之后，武二郎，西门吹雪等共七十三人，全部被凌迟处死，另有六人被判绞刑和斩刑，死者中有五十五人被戮尸；参与攻打归化城的教众亲属被发遣察哈尔部落为奴者四十九人，被押送到漠北为奴者八十八人。
虽然可以说是“有惊无险”，但这场“明教之变”，带给刘洋的震动是巨大的。
白莲教必须进行改革，包容所有信教的牧民和军屯平民。
于是一个月后，刘洋在种花屯召来白莲教各地负责人，开会，重新调整白莲教的发展方向。
刘洋对白莲教是有规划的，以后要成为种花家的精神支柱和指导思想。这次的明教暴动，充分说明现在的体制是不可以的。
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