司马懿转任军司马，建议屯田解决粮食问题，得到曹操的采纳。
他指出荆州刺史胡修粗暴，南乡太守傅方骄奢，都不应驻守边防，曹操未予重视。
同年，关羽围曹仁于樊城。当地霖雨水灾困住于禁七军（正史中，关羽并未决堤），关羽趁机进攻。
胡、傅二人果然乘机降蜀。因汉献帝在许昌，距樊城很近，曹操感到威胁，为避关羽锋芒，一度准备迁都黄河以北。
司马懿和曹椽蒋济及时劝阻说：“于禁被大水所淹，不是战守上的失误，对于国家的大局并没有大损失，为此而迁都，即是向敌人示弱，又会使淮河、汉水一带人心不稳。
刘备、孙权外亲内疏，如今关羽坐大，孙权必定不安，把这件事告知孙权，使他牵制关羽，则樊城之围自解。”曹操从其计，孙权果然派吕蒙袭取公安，关羽被其俘杀。
之后曹操认为荆州遗民及在颍川屯田的军民逼近南方的敌对势力，想把他们迁走。
司马懿认为：“荆楚之民大多轻脱，轻易移动怕是难以安定。如今关羽刚刚被击破，藏窜逃亡者也在观望时局。
如今将那里的人迁徙，既伤当地人的心意，也令想要回来的人不敢复还。”曹操听了他的建议，没有移民。之前藏窜逃亡者果然都复出归化。
延康元年（220年），曹操去世，朝野危惧，司马懿管理丧葬诸事，内外肃然，并奉曹操梓宫回到邺城。
同年，曹丕即魏王位，司马懿受封河津亭侯，转丞相长史。
当时孙权正率军向西。朝臣们认为樊城、襄阳缺乏粮，不能抵御吴军，请召守将曹仁回驻宛城（今河南南阳宛城区）。
司马懿则表示：“孙权刚刚打败关羽，正是他想和魏国结好的时候，一定不敢为患。
襄阳是水陆交通要地，不能放弃。”曹丕没听其建议，命曹仁放火烧毁二城。后来孙权果然没来入侵。曹丕悔之不及。
大病初愈的司马懿回想起那些年为大魏曹操所做的这一切，多是迫于无奈，但也是展现了一定的才华、为曹操出了一份力，
亦是有些藏拙，不像杨修那般锋芒太甚，最后招来杀身之祸，如今从大魏洛阳逃亡到蜀地，又因水土不服染了疟疾，
但他并不后悔，如果自己在大魏不动手，先发制人的话，那他司马家将一直不能主宰自己的命运，处处受制于人。
现如今的他虽已是古稀之年，但他还是不能现在走，兑现与杨修的诺言，告诉他现在走与那时走的不同，毕竟他的夙愿还未了……………………………
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