日舰射出的疯狂弹雨给“定远”、“镇远”两舰造成了不小的伤亡，飞扬的弹片波及到了飞桥上的人们，两名乾国水兵为了保护海军提督丁禹廷当场牺牲，血染飞桥，丁禹廷和“定远”舰管带左翼总兵邓正卿以及军官们不得不退入装甲司令塔中。
仍然站在观察窗前紧盯着战场的丁禹廷的眼神中透出一丝坚毅，这位任事勤勉的海军提督从丰岛海战事起，就成为朝中清流派交相攻击的对向，此时实际已经被革去职务，正在戴罪，“即行革职，仍责令戴罪自效”（朝廷谕旨）。对海军、对丁禹廷并无了解的清流士大夫们，仅凭着任意发挥的想像，对国家前敌的将领大肆进行中伤，意图去之而后快，以达到将洋务派势力驱逐出海军的目的。司令塔内的丁禹廷希望自己属下的将领们能够尽量发挥战术，歼除可恶的日本军舰，消弭朝中对于自己和海军的种种猜忌。
由于丁禹廷在舰上主要身份是督战者，因而退入司令塔并未能影响他执行自己的职能。乾国舰队的战术指挥则仍然由右翼总兵刘步蝉在继续执行，没有受到任何影响。大部分乾国军舰都在追随着旗舰“定远”进行运动，没有出现那种只存在于想像中的彻底失去指挥的混乱情况。
由于在短时间内给敌方造成大的损害，日本舰队目前还没有能够横越乾国舰队阵前并制造战果，受到重创的第一游击队4艘快速巡洋舰已经转向离开了战场（实际坪井航三并没有离开，而是打算灭火自救后再返回，而那时他们将同乾国军舰“宁远”、“济远”相遇并交战，形成另外一个战场），随着双方军舰的距离逐渐接近，虽然缺少了第一游击队，但日本联合舰队本队已经运动到了利于进行炮战的最佳距离，开始发挥他们火力凶猛的特点进行炮战。
正当本队6舰在乾国舰队左翼将“定远”、“镇远”打得火起的时候，以纵队队形未能通过乾国舰队阵前的联合舰队本队，虽然利用密集的舷侧火力在炮火对抗中给乾国铁甲舰造成了巨大的威胁，然而他们面临的毕竟是乾国舰队参战军舰中的全部精锐，侧面大量暴露在外的本队军舰接连遭到攻击的同时，陷入了被乾国海军两艘高速铁甲舰“经远”、“来远”拦截夹击的被动局面。
在“定远”、“镇远”小队奋力同日本舰队本队6舰对射之时，“经远”、“来远”小队已经冲到了本队的阵前，原本“经远”、“来远”打算追击受创甚重逃跑的第一游击队，但在发现旗舰“定远”受到聚攻后，便从“山城”舰首左侧接近，形成夹击态势，向本队各舰开始了猛烈轰击，以减轻“定远”和“镇远”的压力。
13时4分，联合舰队旗舰“山城”首次中弹，一颗140毫米炮弹穿透了主甲板，刚好落在“山城”舰左舷副炮炮位上，87毫米口径的克虏伯速射炮立刻被击毁，3名炮手和1名信号员当场毙命。
不久，本队的2号舰“扶桑”也被击中，首先是1枚140毫米加纳炮射出的开花炮弹命中了“扶桑”舰的左舷，引发爆炸，导致11名水兵被炸死。紧接着又有1枚140毫米加纳炮发射的穿甲爆破弹再次命中左舷，在“扶桑”舰后部水线附近炸响，海军上尉立井勇健等6人被炸死。
13时10分，日本本队的“严岛”舰被“经远”舰击中。炮弹命中“严岛”舰首的320毫米主炮塔，弹片四散，在炮塔内督战的分队长肥浜奇马海军大尉、炮术长白云上清之介海军大尉以及二等兵东野恒飞之助当场毙命，另有7名日本水兵被流火烧伤，不治身亡。
此时的战况，正如当时在本队外侧航行的“西京丸”舰时候战报所说的那样，“下午1时5分左右，敌我舰队互相炮击最为激烈，可谓旗鼓相当。”
但在“西京丸”上的日本海军军令部长井上良馨不会知道，他看到的这个“旗鼓相当”的局面，将很快发生意想不到的改变。
由于遭到乾国舰队两个铁甲舰小队的夹击，按照风帆时代战列线作战的传统，伊东佑亨下令本队开始转舵向左航行，准备进行大回转后改用左侧的炮火再与乾国舰队作战，以便让右侧炮位得以休整、补充。为便于机动，伊东佑亨同时下令本队军舰的编队航速从8节提高到了10节。激战之中，日本联合舰队的司令官似乎忘记了一点什么。以“山城”的动作为榜样，各舰依次执行，“扶桑”、“松岛”、“桥立”、“严岛”、“千代田”………“千代田”舰舰长内田正敏海军大佐突然得到报告，后续的“赤城”、“西京丸”没有跟上来，脱离了队列！
伊东佑亨这时才想到这两条一直尾随在本队后面躲避炮火并观战的军舰，想到他的命令可能将海军军令部长井上良馨的武备薄弱的座舰置于乾国鱼雷巡洋舰的攻击之下，伊东佑亨一时间冷汗涔涔而下。
此时他能做的，也只有为井上良馨祈祷了。
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