虽说清军炮击的精准度和破坏力都比较有限，但震慑作用却非常显着，两轮炮击之后，城头上便已经看不到守军的踪影了。清军步兵趁着守军撤下城头，便立刻在城下架梯攻城。虽说炮击一停，守军便开始回到城头防御，但仍然未能阻止清军登上城头。
一旦开始短兵相接，双方的战斗力差距便以更快的速度显现出来，朝鲜守军面对身着重甲的巴牙喇兵，就像是面对一只只刀枪不入的怪兽，根本难以招架。还没到午时，清军便已经占领了西门城头。如果不是守军已经提前用土石封堵了城门洞，清军大部队就要直接从西门攻入城内了。
安州城一共就只有四门火炮，全是去年从海汉手中购入。守军将其部署在城头，但先前炮战已经被清军炮火击毁两门，而清军攻上城头之后，眼见另外两门炮也快保不住了，又因为炮身沉重没法快速撤走，守军不得已之下，只能是在炮膛填充炸药将这两门炮一并破坏掉了。
清军用了三百余人的代价，在城头上占住了一块五六丈宽的地盘，然后城外的部队便借助攻城梯迅速登上城头，沿城墙向两侧扩张开去。而城内的守军在意识到城防已经被清军打开缺口之后，非但没有抓紧时间发动反击驱逐敌军，反倒是有一部分军队因此而失去了继续拼杀的斗志，开始且战且退，寻找从战场上脱身的机会。
在攻上城头一个时辰之后，清军便已经完成了对西城墙的肃清，并击退了守军自城内发起的几次反击攻势。在更多的清军翻越城墙进入到城内后，两军便开始在安州城里展开了更为残酷的巷战。
到当天入夜的时候，守军勉强守住了东部城区，但控制区已经被压缩到了城内不足三分之一的区域内。而此时清军入城的兵力也已经超过三千，虽然不及守军但也已经很难再被翻盘了。好在城中的平民前几天便已经被放出去到山区避难，因此城内的战火倒是没有伤及到太多无辜平民。
守军将领在夜间碰头商议之后，已经无法统一意见，一部分人认为留得青山在不愁没柴烧，当下大势已去，就应该避免硬碰硬继续送死，早点撤出城去保存实力。而另一部分人则认为自己接到的命令就是死守安州城，要尽可能拖延清军南下的时间，一退再退，那要退到何处才是尽头，宁肯在安州城内战死也不愿服输。
最终还是大部分守军选择了在夜间从东城门撤离安州城，只有一千余名朝鲜官兵仍要死守安州不撤。
天明之后，清军按部就班地开始清理城区，并在东门附近与坚守安州的最后一支朝鲜兵马遭遇。结果自是不必多说，留在城中的朝鲜部队最终只有一百余名朝鲜兵被俘，其余人马全部战死。被俘者也是人人带伤，仍是不愿投降。
这样的状况也是惊动了皇太极，他在入城检视了城东的血腥战场之后，认为自己先前或许低估了朝鲜人的战斗意志。但好在这种敢于慷慨赴死的朝鲜人只是极少数，而且消灭一拨就少一拨。
皇太极最终还是下令将这些不愿投降的俘虏全部在东门处决，不过出于对这些勇士的尊重，他吩咐让这些人保留全尸不必斩首，以示自己的“仁慈”。
安州城一役，朝鲜方面死伤近三千人，而清军也终于遭遇了入朝以来伤亡最惨重的一场攻城战，死伤人数过千，虽然战损比仍有较大的优势，但对于攻城前信誓旦旦要以最小代价拿下安州城的清军将领们来说，这样的战损已经足以让他们脸上无光了。
而清军在安州这里花费了三天两夜的时间，倒是与许裕拙向金尚宪作出的预测不谋而合。安州失陷的消息在两天之后才传到大同江基地，金尚宪计算了一下交战时间，也不得不佩服明军将领的眼光和计算能力。至于战死在安州城的朝鲜官兵，金尚宪虽然觉得惋惜，但因为有了前面一连串的失败做铺垫，他倒是已经没有太多的悲痛感受了。
从安州撤出的兵马，在山区会合了提前出逃的数千难民，然后一同穿越山区撤向南边的平壤城。
而与此同时，从辽东返回的联军舰队主力已经抵达大同江基地，并开始协同陆军部队在大同江流域布防。
按照朝鲜方面提供的水文资料，联军将需要监控的两百多里江面按照适宜渡江的程度分作了三个等级，然后划分出数个需要重点监控的江段，分别派驻战船若干。而朝鲜军队则是按照联军的要求以平壤南江岸为重点布防区域，向这一地区集结了平安道剩余兵马的七成以上。钱天敦对他们的要求很简单，那就是守好自己负责的防区，不要放清军一兵一卒轻易登上大同江南岸。
钱天敦的要求虽然简单，但对朝鲜军而言却是一个不小的考验。不管是在鸭绿江，还是后来的大宁江和清川江，朝鲜军队都没能够彻底守住江岸，将清军挡在对岸。如果这次朝鲜军还是守不住，那钱天敦可能就真的会考虑应不应该再继续与朝鲜人合作了。
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