汉元年八月，刘邦率军悄悄离开南郑，采纳了张良、韩信所献的明修栈道，暗渡陈仓之计，挥师东进，留下萧何负责征收巴蜀之税，供给军粮。
汉军将士入蜀后，思念家乡，东归之心甚切，一旦东归，个个如猛虎下山，奋勇争先，直杀得雍王章邯的兵马丢盔卸甲，落荒而逃。
汉军一路势如破竹，不到一个月便占据了三秦之地，刘邦令萧何坐镇关中，安抚百姓，同时负责兵员和粮饷的筹措与补给，自己则率大队人马浩浩荡荡地向彭城进发。
由于几经战事，这时的关中已是满目疮痍，残破不堪，秦都咸阳被项羽放火烧了三个月，已成一片瓦砾。
萧何留守关中后，马上安抚百姓，恢复生产，全力收拾关中的残破局面，他一方面重新建立已经散乱的统治秩序，另一方面对百姓施以恩惠，以定民心。
他不仅颁布实施新法，重新建立汉的统治秩序和统治机构，修建宫廷、县城等等，另外又开放了原来秦朝的皇家苑囿园地，让百姓耕种，赐给百姓爵位，减免租税等等。
他还让百姓自行推举年龄在五十岁以上、有德行、能做表率的人，任命他们为三老，每乡一人，再选各乡里的三老为县三老，辅佐县令，教化民众，同时免去他们的徭役，并在每年的年末赐给他们酒肉。
这样，由于萧何办事精明，施政有方，颁布利民法令，农业生产迅速得到恢复，建立了稳固的后方，保障了前线的需要。
汉二年，刘邦乘项羽大军东征之机，乘虚而入，攻占了项羽的老巢彭城，汉军进驻彭城后，被胜利冲昏了头脑，麻痹大意，放松的警惕，
不久便被项羽率三万精兵绕道杀回，将刘邦团团围困于彭城灵壁，幸亏陈平献金蝉脱壳之计，才得以带着数十骑残兵败将逃回荥阳。
这时关中的壮丁多数已被征发，萧何便调拨老弱及不到服役年龄的少年到荥阳增援，韩信也收兵与刘邦会师，刘邦这才得以重振旗鼓，与项羽大军相持于荥阳、成皋一带。
当时，萧何坐镇关中，征发兵卒，运送粮草，供应汉军；侍奉太子，制定法令规章，建立宗庙秩序。
有关事项每次报呈刘邦，刘邦总是同意，允许照办。即使来不及报告，萧何也可以根据具体情况先行执行，等汉王回来再作报告。
刘邦几次战役，弃军逃跑，当时萧何若稍有二心，便可置刘邦于死地，可萧何每次都征发关中兵，补足汉军缺额，刘邦也因此得以重新振作，多次转危为安。
公元前二零三年，项羽也由于连年战争，陷入了兵尽粮绝的困境。而刘邦的部队，却由于萧何坐镇关中，不断地向前方输送粮食和兵力，形成了兵强粮多的好形势。
导致后来刘邦越战越强，终于逼得项羽兵败垓下自刎乌江。
待到消灭项羽、平定楚地后，诸侯联名上《劝进表》给刘邦，推举他为皇帝。
公元前二零二年二月初三，众诸侯及太尉长安侯卢绾等三百余人，恭听了刘邦即帝位的诏书，刘邦称帝后，在洛阳南宫大宴群臣，席间，觥筹交错，君臣共饮。
刘邦显得特别高兴，曰你们都说实话，我为什么能够夺取天下？项羽又为什么会失去天下？
群臣众说不一，刘邦后曰你们只知其一，不知其二。运筹于帷幄之中，决胜于千里之外，我不比子房；镇国家、抚百姓、供军需、给粮饷，我不比萧何；指挥百万大军，战必胜，攻必克，我不比韩信。
这三个人都是人中豪杰，他们为我所用，所以能取得天下，项羽只有一个范增还不去重用，因此败在我大汉朝的手中。
不难看出，刘邦认为张良、萧何、韩信是他最得力的功臣，这三人亦被称为汉初三杰，其后刘邦论功行赏，定萧何为首功，封他为酂侯，食邑最多。
诸侯分封完毕，接着是排位次，群臣曰平阳侯曹参跟随陛下南征北战，身受七十余处战伤，攻城略地，功劳最多，应排第一。
刘邦已经压过大家一次，重封了萧何，对排位次的事就不好再说什么，不过他心里仍然认为萧何应该排在第一位。
这时关内侯鄂君曰道在楚汉战争中，陛下有好几次都是全军溃败，只身逃脱，全靠萧何从关中派出军队来补充。
有时就是没有陛下的命令，萧何一次也派遣几万人，正好补充了陛下的急需。
不仅是士兵，就是军粮也全靠萧何转漕关中，才保证了供应。这些都是创立汉家天下流传后世的大功劳，怎么能把像曹参等人只是一时的战功列在万世之功的前面呢！
依臣之见，萧何应排第一，曹参第二，鄂君的这番议论，正中刘邦下怀，于是顺水推舟，把萧何排为第一，准许他穿鞋带剑上殿，并封了萧何的父子兄弟十人，并加封萧何二千户。
这样，萧何位列众卿之首，被称为开国第一侯，食邑万户。
行赏分封诸侯后，定都的问题又迫在眉睫。起初，打算定都洛阳，后来戍卒娄敬面见刘邦，建议依借关中的险要形势，定都咸阳。
刘邦征求张良的意见后，当即决定定都咸阳，并封娄敬为奉春君赐姓刘，于是刘邦暂居栎阳，命丞相萧何营建咸阳。
公元前一九九年，皇宫竣工，萧何奏请御驾往视，刘邦于是从栎阳到咸阳，萧何接驾，导入游观。最大的一座，叫做未央宫，周围的有二三十里。
东西两方，阙门最广，殿宇规模，亦皆高敞，尤以前殿最为豪华壮丽。
武库、太仓，分建殿旁，气象巍峨，刘邦巡视一番后，嫌宫室过于壮丽豪华，责备萧何道朕之起义，原为救民，现今天下初定，民穷财尽，怎将这座宫殿造得如此奢华？
萧何见汉帝责怪，不慌不忙地说正因为天下刚刚安定，才好借机会多征发些人和物来营建宫室，况且天子以四海为家，宫室壮丽才能显出威严，也免得子孙后代再来重建。
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