可是，当据守在桑名郡各地的一向一揆众放下了武器，摇摇晃晃的走出愿证寺、长岛城、大岛城、加路户城等地后，却发现河岸边大量上杉军严阵以待，手持铁炮的足轻们早已点燃了火绳。
随着北畠具亲、北畠政成等人的一声令下，手持铁炮的上杉军足轻瞄准着手无寸铁的一向一揆众一齐开火。就连铁炮足轻后方的弓足轻们也在随后进行抛射。
荒野上的一向一揆众猝不及防，在毫无防备的情况下大量被杀。
感到被欺骗的一向一揆众愤怒的向上杉军阵地冲去，在这场近乎绝望的反击战中，长尾种常、细野藤敦、三濑左京进、藤方朝成等尹势有力国人领主更是接连殒命。
北畠具亲、北畠政成等人随后又率军攻入了一向一揆众所控制的愿证寺、长岛城、大岛城、加路户城等地，对残存在据点中的老弱妇孺举起了屠刀。
最后，里见义弘在得知桑名郡的惨状后不禁在向八条景定、上杉氏虎的书信中写道：桑名郡内的骸骨数以万计，骸骨如同瓦片般铺开。一向宗的狂徒们入了念佛修行的道场，终遭恶业的结局。南无阿弥陀佛，南无阿弥陀佛，南无阿弥陀佛。
里见义弘的念佛三声，是追悼死者的亡灵。不过，他将这些视作狂徒的自作自受。毕竟这都是一向一揆众与上杉将军家为敌所导致的，本誓寺超贤早就被朝廷封为新任一向宗法主、大僧正等职，尹势一国的一向一揆众理应放下武器效忠新的法主才是。
再将目光转向北近江浅井郡。
浅井长政在拒绝了上杉氏虎的招降后，率一百余城兵从小谷城本丸冲出。
但上杉军对此早有防备，上杉将军家宿将斋藤朝信直接下令麾下铁炮足轻以及弓足轻上前，向着不断迫近的浅井军进行集火射击。
一阵硝烟过后，浅井长政所率的城兵中仅剩下十人幸存。就连浅井长政本人也因左腿中弹而坠于马下。
自知无法攻至上杉军本阵的浅井长政只好返回小谷城本丸后自刎而亡。
不久后，浅井久政所据守的京极丸也被小岛贞兴率军攻破，浅井久政在浅同族重臣井惟安的介错下切腹自尽。
浅井惟安、森本鹤松大夫（浅井家舞乐师）等人也在浅井久政切腹后先后自尽。
站在丁野丸箭橹上的上杉氏虎望着小谷城本丸、京极丸燃起的熊熊烈火，不禁为浅井一族而感到惋惜。
而浅井长政先前送出城外的儿子浅井万福丸于与吴湖一带被阿闭贞征所部武士擒杀，浅井一族嫡流绝嗣。
至此，成为割据北近江诸郡战国大名的浅井家仅仅历经三代而亡。南近江诸郡只剩下织田家次席家老柴田胜家还在苦苦支撑着。
在所向披靡的上杉军面前，柴田胜家还能苟活多久？
答桉可想而知。
而后，上杉氏虎就留斋藤朝信镇守小谷城，进行善后工作，并将浅井久政、浅井长政、浅井万福丸等浅井一族之人的首级送往京都告捷，自己则是以矶野员昌、阿闭贞征、新庄直赖、宫部继润、安养寺氏种等北近江诸将为先阵，向南近江诸郡发起侵攻。
不仅如此，上杉氏虎还要求镇守尹贺一国的直江景纲出兵北上，与自己夹击驻守在南近江诸郡的织田家诸将。
柴田胜家、森可成、中川重政、仁木义视等人在得知小谷城被上杉军攻落后自知无力抵挡上杉军的侵攻，便打算收缩防线，主动放弃甲贺郡、栗太郡、野洲郡等地，将仅剩的兵力全部用于固守观音寺城、长光寺城两地，准备坚守至织田信长的回援。
然而，就在织田家诸将收缩兵力准备固守观音寺城、长光寺城之际，美浓、尹势、尾张三国尽数被上杉军攻略的消息传到了南近江诸郡。
柴田胜家、森可成、中川重政、仁木义视等人好不容易聚集起来的两千余军势瞬间一哄而散，没人愿意继续为织田家卖命。
万般无奈之下，走投无路的柴田胜家、森可成、中川重政、仁木义视等人也不再负隅顽抗，就在聚集在长光寺城的本丸大广间里先后切腹自尽。
上杉氏虎在完成静谧近江一国后，也没有忘记烧讨比睿山延历寺的江北十寺。他一面派兵捣毁江北十寺，一面派兵搜捕还在逃亡中的福田寺觉世、下间赖且、下间与四郎、栗津右近、松尾左近等人。
尽管此刻的天下烽烟未熄，已经无人能阻挡上杉将军家一统天下的脚步。
元龟元年，九月末。
由于进入近江的通道尽数被上杉军阻断，平井定武、高野濑秀隆、高宫宗光、池田景雄、山中俊好、山冈景隆等南近江诸将只能选择率部向上杉军投降。
但南近江诸将在途中大肆滥妨狼藉，使得西美浓诸郡造成的损失极大，在西美浓四人众为首的西美浓诸将控诉下，八条政定就下令将平井定武、高野濑秀隆、高宫宗光、池田景雄、山中俊好、山冈景隆等人斩首示众，并将南近江势掠夺的钱粮尽数归还给西美浓诸将。
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