所以此战之后，朱元璋表现出了一种“认怂”的模样。他放低姿态，跟元幼主取得沟通，希望能保持和平。并且从此将军事重心转移到了防御和招抚上。对外，他利用蒙古各部离心离德、号令不一的形势，对蒙古各部王公贵族、将校士卒乃至普通百姓展开大规模的招降。对内，则以战略防御为核心，推出了一系列军事改革举措。
首先，设险固守。第二次北伐一结束，朱元璋就命徐达为征虏大将军，李文忠、冯胜、邓愈、汤和副之，备边山西、北平，在边防地带建立了大量卫所等军事据点（一个“卫”下辖左、右、中、前、后5个“所”，每个“所”辖军人1120名），使得北部边防形成了“数千里声势联络”的犄角相依的之势，卫所和堡寨构成了一道坚固的防线。
其次，实施“移民屯田”。朱元璋经历过长时间的战争才建立起大明王朝，他深知一套完整的后勤保障系统对于边防建设的重要性，在他看来，想要戍好边，吃饱饭才是首要。
于是他采取了移民屯田的方式。当时，一个标准的卫，辖军人5600名，其中约三分之一为守军，负责守备城池、听候朝廷调遣，三分之二为屯军，负责耕种，提供军粮军需。用他的话说就是：“无事则耕，有事则战，兵得所养，而民力不劳”。这也是为什么朱元璋总说他不花一分钱就养了百万兵。
再者，实行诸王守边。朱元璋在总结宋元两朝灭亡教训时，认为他们灭亡的原因之一是由于边防地区缺少宗室的拱卫，在敌军来犯之时，孤立无援，所以最终走向灭亡。
在朱元璋看来，“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民”，所以他沿着长城内外，选择其中险要之地封给了自己的几个儿子，授予他们亲王的头衔和相应的藩地。
现在是洪武十三年，朱榔认为时机已经到了，而朱榔亲自指挥这第三次的北伐，就是为了以后不用再北伐，因为每一次的北伐都是劳民伤财，朱榔需要一个安定的大明，那么北元就必须消灭。
洪武十三年东的时候，朱榔被朱元璋任命为天下兵马大元帅，徐达辅之，傅友德，蓝玉为前锋，第三次征伐北元，朱榔是一个有着穿越历史的人，虽然这里是平行空间，但是大部分的历史都是和以前一样的，所以朱榔复制了当年蓝玉的那套打法。
首先，朱榔选择的第一个目标就是庆州，二月的辽东雪花飞扬，并不是作战的最佳时间。朱榔深深知道这一点，但他更想克服极端天气给敌人致命一击。
所以朱榔派遣蓝玉和傅友德，一起领着将士昼夜奔袭，饿了啃干粮、渴了喝雪水，来到庆州发现城门大开。结果：
率轻骑突袭，大败元军。
朱榔在三天收到了蓝玉和傅友德的捷报，同时此时的朱榔也已经出松亭关，屯兵大宁，打算和蓝玉合围纳哈出部。接着，不可思议的事情再次发生...纳哈出同意率队投降明朝。
这让朱榔大喜，亲自把纳哈出领到军营，并设宴款待。
要知道曾经的历史，是蓝玉登场，款待了这位纳哈，并且酒过三旬，蓝玉看到这个蒙军首领衣衫破旧，于是脱下身上的战袍示意他穿上
由于习俗不同，蓝玉的举动让纳哈出觉得这是莫大的羞辱。于是双方僵持，你推我搡，火药味极浓。
这时，副将常茂（常遇春之子）突然抽刀朝纳哈出砍去，纳哈出下意识地闪躲，但肩上还是开了个大口子一一常茂差点让这场不战而屈人之兵的胜利流产。
最后，冯胜出面协调才平息下来。
但是这次有了朱榔，这样的事情没有发生，一切都十分的和谐，一下20万蒙古军投降，缴获的辎重绵延上百里，降服纳哈之后，朱榔再次乘胜追击，可是这个时候，突然朱榔得到一个消息，那就是北元朝廷不见了。
这本来是决战的，可是现在敌人不见了，所有的将军都有些慌神了，不过，朱榔却微微一笑，因为朱榔知道，这是北元朝廷躲起来了。
根据历史，应该是北元皇帝脱古思帖木尔早就得到消息，再次打包过起了游牧生活。
随后，朱榔下令：令军士穴地而爨，毋见烟火一一凿洞睡觉，不准生火造饭，不留下一丝痕迹。
茫茫荒漠和戈壁，15万人在前行，其中遇到一个又一个致命的难题：高温、缺水、饥饿和疾病，还有那种在荒漠上一眼望不到边的恐惧。
来到百眼井，还是没发现一个敌人，连牛马粪也被北元军收拾得干干净净。
蓝玉，傅友德...就连徐达都有些踌躇了、彷徨了、胆怯了...因为十几万人在荒漠一个不小心就是全军覆没，那要死多少人呀，只是朱榔却胸有成竹，首先朱榔先是提起士气说：吾辈提十万众，深入漠北无所得，遽班师，何以复命一一我们率着十多万人，深入漠北却一无所获，拿什么回去给皇上复命呢？
这一语算是坚定了所有人之心，随后朱榔就开始规划对北元朝廷的最后一击，因为朱榔早就知道，北元朝廷的所在，就是在捕鱼儿海。
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