1661年，郑成功进攻台湾，次年驱逐荷兰人，设承天府，辖天兴、万年二县。
1376年改行省为承宣布政使司，但习惯上仍称“省”。
1370年于各省设置一都卫，1375年改为都指挥使司。
1427年弃安南后，明朝在全国设置两京十三布政使司，包括北直隶、陕西、山西、山东、河南为北五省、南直隶、浙江、江西、湖广、四川为中五省、广东、福建、广西、贵州、云南为南五省。
共设置十六都司、五行都司、二留守司。
其中十三个是与布政使司同名的都司，其它三个是万全都司、大宁都司和辽东都司。
五行都司是陕西，治甘州卫，今张掖、四川，治建昌卫、湖广治郧阳卫、福建治建宁府、山西治大同府。
两留守司是洪武年间设置的中都留守司和嘉靖年间置于承天府的兴都留守司。
此外，在****的青藏地区设有乌思藏都司、朵甘都司；在东北女真部落设奴儿干都司，下辖131卫，至万历年间增至384卫。
另有置于嘉峪关以西地区的西北八卫，以上均属羁縻卫所，与内地的都司、行都司性质不同。
现在有一个蒙古的大部族完整的来投靠，这在大明王朝来说，已经是很多年没有发生的事情了。
除了天启皇帝朱由校和魏忠贤，其实不管是阉党集团，还是东林党集团，对韦宝都是很佩服的，能让一个十多万人的部族来投靠，这能极大的提升大明的威信。
甚至可以说韦宝将卫所制的威信都提高了。
否则，朝臣们，以及大明上下，已经开始怀疑大明制度是不是不行了。
卫所制是大明朝廷在全国各地军事要地设立卫所驻军，卫有军队五千六百人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所。
军队来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需。
其目标在养兵而不耗国家财力，但宣宗以后渐无法维持，军人生活水平及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军备因此逐渐废驰。
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