以明其仕清忠心不二。同年闰六月十二日，冯铨回奏多尔衮论明末党争时说：“诸位大臣的所作所为都瞒不过王爷您啊！”
多尔衮对此深表满意。这一年，授冯铨内翰林弘文院大学士。
七月，他遭到御史吴达弹劾，引发一场政斗风波。
顺治六年，加少傅兼太子太傅。
顺治七年十二月，多尔衮死后，清初统治阶级内部的政治气候突变。顺治帝亲政后，满洲贵族的反多尔衮势力执掌朝政。
顺治八年二月，清朝开始审定中央各部汉官，有的被严加惩处，有的则继续供职。这次“甄别”中，第一个被顺治帝点到者就是冯铨。顺治帝列举其被吴达等疏参之罪及其七年内之所为，严斥他“殊失大臣之体”，“着令致仕”。
顺治十年三月二十一日，顺治帝以“冯铨原无显过，且博洽故典，谙练政事，朕方求贤图治，特命起用，以观自新“为由，下谕命吏部通知冯铨迅速赴京。三月二十七日，顺治帝亲临内院召见冯铨，对他很表关切之意。当天傍晚，冯铨等大学士奉召入宫，谈到翰林官贤否时，顺治帝认为只要他亲加考核，文之优劣毕见，即可定其高下。当时陈名夏也在场，而冯铨却别有心计奏曰：“皇上简拔任用贤才之人，不应该仅仅去看他的文章。南人汉官大多文章写的好但是做事不行，满人文章写的不行但是做事效率高。如今科举考试也不能只看文章好就录用了，文章行事都好，才可以任用。”
贬抑南人汉官，正是冯铨真意。而此前被劾之陈名夏、陈之遴均隶籍江浙。顺治帝当即表示赞成冯铨的意见。翌日，冯铨官复原职，任弘文院大学士。这说明冯铨于罢职期间清楚朝廷内部情况。此后，南人汉官屡遭打击，多与冯铨有关。
顺治十二年，加少师兼太子太师。冯铨与大学士洪承畴曾疏请恢复明朝票拟旧制，又与大学士谢升等议定郊社、宗庙乐章。他屡次受诸言官弹劾，期间曾罢官，后复出。
顺治十三年，冯铨以年老加太保致仕，但仍留在清廷以备顾问，其后经奏请皇帝批准回到原籍。
顺治十六年，改内三院为内阁，清廷命其以原衔兼中和殿大学士。
康熙十一年十一月初二日，冯铨卒于家中，享年七十八岁。
康熙十二年正月，赐谥文敏。乾隆朝将其列入《贰臣传》乙编，并追夺其谥。
冯铨少年得志，入仕翰林，而且容貌俊美，与缪昌期为首的很多词臣发生了男和男的关系。
然而等到他父亲冯盛明被弹劾时，冯铨向缪昌期等人苦苦求救，并更加亲昵，可是缪昌期不但不救，反而当众羞辱冯铨。冯铨由此与缪昌期及其所属的东林党结下梁子，后来投靠魏忠贤，竭力报复。
其“姣媚”连魏忠贤都怜惜，而他在魏忠贤专权期间则与锦衣卫田尔耕最为亲昵，田尔耕在冯铨之母面前也表现得如同“娇婿”一般。
冯铨热衷于打扮，每次入朝值班时，衣箱内都会带着两三双靴子、数件鲜艳衣服，走在路上时频频刷靴下尘土，还会多次自顾其影，镜子也不离身，官帽补服极其奢丽。他还极爱收集古玩，他的寓所中充斥着古董、玩好、奇书、珍玉，还有许多嬖妾**、清客狎友。他所置田园都是膏腴之地，而花木之奇远超紫禁城，藏了很多宝贝，堪称“畿甸第一家”。
天启朝的御史张慎言也称冯盛明、冯铨父子“运材紫荆，伐石房山，田园甲第，富甲南畿，怨毒之于人甚矣”。
入清后，冯铨的豪奢丝毫未改，明遗民谈迁曾在北京目睹了位于天坛北面的冯铨府邸“凿池蓄朱鱼，亭台鼎立”。
等了两炷香功夫，皇帝才在魏忠贤的陪同下到了平台。
“吾皇万岁万岁万万岁。”韦宝与几名大臣一起跪下行礼。
“免了，都起来吧。”天启皇帝朱由校依然是一副病恹恹的样貌，由魏忠贤搀扶着，在龙椅上坐下。
韦宝和几名大臣一起站起身，恭恭敬敬的垂手而立。
“韦宝，朕听说你今天出尽了风头啊，都察院和大理寺的差役居然将锦衣卫的人都给打了？而且打了几百锦衣卫，还是堵在北镇抚司衙门口打的？”朱由校问道。
韦宝一惊，暗忖皇帝消息得到的这么快？这应该是魏忠贤直接汇报给了皇帝知道吧？
这回可是将魏忠贤也得罪惨了，不知道魏忠贤会不会因此而对付自己？韦宝知道，回到辽西，他自保无虞，但是在辽西辽南之外，魏忠贤想整死他，并不困难。
“陛下，微臣赔罪了，实在是当时情势所逼，是次辅朱延禧大人下令让我的人动的手，并非微臣本意。而且，也是锦衣卫的人先动的手。他们的确没有权力随意拘拿杨涟左光斗等官员的亲眷，这样会造成京师诸多官员更加人心惶惶。”韦宝推脱道。不是韦宝敢做不敢当，事实的确如此，他没有必要出这个风头。
韦宝这话，既是说给皇帝听的，也是说给魏忠贤听的。
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