内阁与皇权矛盾重重，又始终屈服在皇权的重压下。
阁臣与皇帝矛盾，除了反映为封还诏旨一类以外，很多反映为阁臣在中叶以后不断提出辞职。
皇权与内阁矛盾，亦反映为明代阁臣善终者少，有政绩的不多。
明代内阁权力不稳定，虽然有严嵩，张居正之显赫，但他们也不过是一时之间乘皇帝静摄而代行皇权。
一般阁臣来说，由于基本上都是文学侍从之臣出身，入阁后权力之大小，只决定于票拟被采用的情况，所以呈现为不稳定，没有保障，没有连续性。
与汉、唐、宋相比，明代辅相的业绩并不显着，这一方面固然与入阁前之资历有关。
汉、唐、宋之宰相都要经历郡邑，而明之阁臣却基本上出于翰林院。他们没有从政经验，不知民间疾苦，对政事自然难以提出切实可行的措施。
但另一方面，则由于他们权力不稳定，被司礼监挤着，被皇权压着，即使有抱负也难于施展。
显然，这样的内阁只能助长皇权，而不可监督、约束皇权。
有明一代，内阁始终未能成为对皇权的威胁，从这个角度来说，朱元璋废丞相的目的是达到了。
内阁受制于司礼监，矛盾深刻，但又不得不走司礼监的路子。
在中枢系统中，内阁有票拟权，司礼监有批朱权，是内外相维的双轨制。但双方地位的特殊性使内阁难以与司礼监抗衡，双方权力的大小，又是以皇帝的向背为转移而互相成比，因此，他们之间不可能有真正的相维相济，而只能有对权力的激烈争夺。
皇帝宠信司礼时，司礼尽夺内阁权力，如刘瑾、魏忠贤时；否则就是权相出现，如严嵩、张居正时。
严嵩、张居正之显赫，还得讨好司礼监，就是明证。
综观有明一代，内阁对宦官之干政，虽亦起过一点制衡作用，如成化年间，由于阁臣一再坚持，汪直主持的西厂一度被撤。
但总的来说，内阁是越来越受制于司礼。内阁为司礼监扼制，以致明代成了宦官为祸最烈的朝代。
内阁不光与司礼监有矛盾关系，与六部的关系也不咋滴，经常互争雄长，矛盾重重。
历代及明初，六部均隶属于丞相，凡事必须秉承宰相的意志，自撤中书省、提高六部品秩后，六部变成直接对皇帝负责，职权完整，而且在内阁之上。
但随着内阁品位的提高，又有票拟权，内阁比六部更接近皇帝，部权便在不同时候、不同程度上为内阁所侵。
但是，内阁毕竟不同于中书省。从制度上说，六部不必听命于内阁，而内阁则“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。
于是内阁借位尊势崇而力图控制六部，六部则钻内阁没有法定地位和权力的空子，力图摆脱控制。
因而阁部经常争权，尤其是争夺人事权。
内阁与六部这种职权界限不清，工作上彼此失调，大大影响了明政府的行政效率。
在客观上，则有利于司礼监的擅权乱政。
内阁中矛盾激烈。尤其嘉靖以后，阁臣间的倾轧突出由于阁臣的任用、权力大小、去留，均没有明确规定，又由于首辅与次辅间权力悬殊，在天启以前一直无明确的职责分工。
所以阁臣间争夺权势的斗争激烈，尤其是“嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之”，如严嵩拉拢科道弹劾翟銮，使翟被“削籍为氓”。
严嵩与夏言互相排挤，致夏言被弃市。
在阁内的纷争中，阁臣不但各自培植自己的势力，致使明中叶以后的政治日益腐败。
从明代内阁制度的种种特点，可见内阁制度在当时并未能成为与君主专制政体完全适应的辅政制度。
内阁地位的特殊又使它成了矛盾辐辏之所，各种矛盾的发展，无一不是加剧了政治的腐败。
明朝内阁制强化了君主专制制度。
内阁制度随着皇权的高度强化而建立，权利的来源，由君主所授予，对君权的制约作用有限。
事无大小，内阁都要秉承君主的旨意行事，遂成为君主加强专制的工具，因此明代的君主专制比前代尤甚，助长了君主专制。
同时也形成了明代宦官的专权。
明代内阁因缺乏法定的地位和权力，只是政务的辅助机构，通过票拟、修旨来辅政，但大学士的票拟最终要通过皇帝的朱批，而明代的司礼监秉笔太监掌章奏文书，宣宗时大臣章奏除皇帝亲批数本外，皆由司礼监秉笔太监参照内阁的票拟批红。
宣宗以后，人主怠荒，深居内宫，不亲政事，不见大臣，又把太监当作心腹委以重任，朱批便由秉笔太监处理。
司礼监便凌驾于内阁之上，内阁权力仅止于票拟。
无论皇帝亲自掌权或者是假手于司礼监代批，大学士只能承旨办事，由是司礼监便趁机窃柄专权。
明之阁臣即使有理想，有主张者，也必须先勾结宦官不可，否则一切政事都受到宦官阻梗，不能上达皇帝，如张居正为有明一代能臣，其任首辅时亦要密结司礼太监冯保，才能策动当时的政事。
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