光海君大怒，欲追究儒生责任，导致成均馆500多名儒生“卷堂”（罢课）示威。在左议政李恒福的劝阻下，所谓“晦退辨斥”的风波最终不了了之。
但大北派经过这次投石问路，开始发起全面攻势。万历四十年（1612）春，大北派诬陷原任官员金直哉及其子金白缄、女婿皇甫信密谋造反，拥立顺和君养子晋陵君李泰庆，并牵连包括柳永庆儿子在内的一大批小北派官员。
光海君下令将金直哉等人凌迟处死，并赐死晋陵君，株连430余人，从此小北派一蹶不振，只剩朴承宗、朴自兴父子和柳希奋、柳忠立等因为外戚的缘故还屹立朝中。
自从大狱频繁发生后，光海君就深居简出、沉湎女色，除了亲审大逆罪人外，极少上朝视事，除了受群臣朝贺的大礼外几乎不出后宫，在位十五年间，召见群臣不过八九次，开经筵不过五六次。
光海君虽然初步巩固政权，但他最大的心腹之患——永昌大君李?还存在。
宣祖亦担心永昌大君会有不测，临终前嘱咐光海君一定要爱护兄弟，又下秘密教旨，将永昌大君托付柳永庆、韩应寅、韩浚谦、申钦、朴东亮、许筬、徐渻七名重臣，要求他们好好保护。
大北派看透了光海君将永昌大君视为骨鲠在喉的心理，便于万历四十一年（1613）又制造了“七庶之狱”（又称癸丑狱事）。这年三月，从东莱倭馆运送数千两银子到汉城的商人在闻庆鸟岭的路上被劫杀，后来查出这是朴应犀、徐羊甲等七人所为。
他们都是两班官僚（出身西人和南人）的庶子，由于庶孽禁锢法而无法出仕，整天饮酒作诗，发泄对社会的不满，号称“江边七友”，又爱读中国小说《水浒传》，受其影响干起抢劫官银的勾当。
李尔瞻等趁机唆使他们将矛头指向永昌大君，称他们受金悌男（仁穆大妃之父）的指示，劫持官银作谋反本钱，拥立永昌大君，并让大妃垂帘听政。
光海君遂下令逮捕金悌男，将他赐死，还有一个牵连者郑浃则招供遗教之事。要动永昌大君还得越过宣祖遗教的坎，所以李尔瞻等宣称宣祖命七臣保护永昌大君的遗教是宦官闵希謇伪造的。
遗教诸臣（柳永庆已死）纷纷上疏划清界限，但皆被罢官。李尔瞻还不断请求处死永昌大君，光海君不予批准，最后决定废永昌大君为庶人，流放江华岛围篱安置，次年被江华府使郑沆杀害。
与此同时，大北派掀起“废母”之议，“母”就是光海君的继嫡母仁穆大妃，她不仅受七庶之狱的连累，还被指控在宣祖临终前让宫女对懿仁王后之像施展巫蛊，来给宣祖续命。
所以李尔瞻指使儒生李伟卿上疏，称：“母后内作巫蛊，外应逆谋，母道已自绝。”
随后掀起废母之议。反对者认为无论如何也要对仁穆大妃尽孝道，支持者则强调忠比孝更重要。最后，反对废母的西人和南人官员被指为“不忠”或“护逆”，几乎被尽数逐出朝廷，于是光海君初年的联合政府彻底瓦解，以李尔瞻、郑仁弘为首的大北派独占政权。
万历四十三年（1615），光海君自庆运宫（西宫）移住昌德宫，而将仁穆大妃幽禁于庆运宫，但没有废黜她。
万历四十五年（1617）八月，恭圣王后获得明朝承认，随后废母之议再起并达到高潮，李尔瞻等不仅指使百官宗室780余人“庭请”废黜仁穆大妃，还组织汉城民众参与“讨逆”，制造舆论。
光海君只是下令贬黜仁穆大妃的尊号，称之为西宫，并未废为庶人。
随着后金的威胁日益严重，波及整个朝鲜的废母闹剧遂告收场。
在此期间，大北派又于万历四十三年（1615）制造申景禧之狱，使定远君的儿子绫昌君李佺（朝鲜仁祖之弟）成为又一个牺牲品。
至此，光海君王位的威胁者基本被清除。
进入万历四十六年（1618）后，朝鲜政治生活的主要内容由“废母”问题转移到外交问题。
当时，出身建州女真的努尔哈赤初步统一女真各部，于万历四十四年（1616）称汗，建立后金政权。
万历四十六年（1618）四月，努尔哈赤以“七大恨”告天，袭击明朝抚顺，揭开明金战争的序幕。
在此前后，明金双方都在拉拢朝鲜，后金自万历四十五年（1617）冬到萨尔浒之战前至少四次致书朝鲜，开示反明之意，离间明鲜关系。
万历四十六年（1618）闰四月，朝鲜方面正准备将“胡书”报告明朝，明朝辽东巡抚李维藩、镇江游击将军丘坦、蓟辽总督汪可受要求朝鲜出兵助明的咨文、票文和檄文就接连送来了。
面对明朝的征兵要求，光海君与众臣意见对立，他认为：“我国三边防备自守不暇，举单弱不教之卒，入援天朝，有何所益？”并判断：“老酋桀骜，虽以中朝兵力，未能必其一举剿灭”，要求备边司搪塞明朝，并劝告明朝也慎重对待，自己始终不愿出兵。
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