详实的海图在手，强大的水师在训，但张俊深知，欲保海疆安宁、商路通畅，光是消极防御、坐等敌来是远远不够的。
辽阔的海面上，除了可能出现的蒙古袭扰船，更现实、更频繁的威胁，来自那些如附骨之疽、神出鬼没的海盗。
这些海盗成分复杂，有的是沿海破产渔民、逃亡罪犯纠结而成，有的是被剿灭的叛军残部，有的甚至与南洋某些小国贵族、部落首领有勾结，更有甚者，不排除其中混杂着蒙古或北方金国残余势力派出的奸细，以劫掠为掩护，行侦察、破坏、走私之实。
他们熟悉沿海水文，消息灵通，行动狡诈。
平时散处各个偏僻海岛、港湾，扮作渔民或商船。
一旦发现有机可乘——比如落单的商船、防守薄弱的沿岸村落、或押运粮饷的官船——便迅速聚集，驾着快船蜂拥而上，杀人越货，然后迅速分散，消失在海天之间。
其危害，不仅在于直接的财物损失和人员伤亡，更严重打击了海上贸易的信心，扰乱了沿海社会秩序，成为海防线上难以愈合的疮疤，也为其背后可能的更大势力提供了滋生的温床与情报来源。
不肃清海盗，则沿海不宁，商旅提心吊胆，水师亦难以集中精力应对未来可能的大敌。
因此，在全力备战、整饬水师的同时，一场针对海盗的严厉清剿行动，在张俊的统一部署下，于万里海疆同时展开。其方针可概括为：“水陆并进，剿抚兼施，除恶务尽，以儆效尤。”
首先，是情报先行，知己知彼。
张俊命令三大水师基地及各沿海州府，广泛发动渔民、船民、蜑户乃至商贾，悬赏征集海盗活动的情报。
对提供准确线索，协助官府抓获或歼灭海盗者，给予重赏，并严格保密。
同时，派出水师精锐，伪装成商船或渔船，在海盗经常出没的海域进行巡逻侦察，摸清其活动规律、藏身巢穴、接应据点。
水师内部的“水鬼队”也频繁出动，夜间潜近可疑岛屿，侦察地形和守备情况。
通过这些手段，逐渐编织起一张覆盖主要航线和近海区域的情报网，许多以往神出鬼没的海盗团伙，其行踪、规模、头目、老巢，开始被官府掌握。
其次，是重点清剿，水陆合围。
在掌握了较为确切的情报后，张俊不再犹豫，下令各水师，选择几股势力较大、为害最烈、或疑似有外部背景的海盗团伙，实施重点打击。
行动讲究突然、迅猛、彻底。
例如，针对盘踞在舟山群岛北部某荒岛，以“混海蛟”陈三为首，拥有大小船只二十余艘、匪众数百的一股大海盗，明州水师精心策划了一次联合行动。
先以数艘伪装成蕃商货船的大型战船为饵，在“混海蛟”团伙经常劫掠的航道上航行，故意露出破绽。贪婪的“混海蛟”果然中计，率主力船只前来围攻。
就在其接舷抢劫之际，埋伏在附近岛礁后的明州水师主力舰队突然杀出，十余艘快船切断其退路，数艘大型战船以旋风炮、弩箭覆盖攻击。
与此同时，另一支水师陆战队，乘坐小型船只，在“水鬼队”的引导下，于海盗老巢岛屿的另一侧隐蔽登陆，直扑其岸上营寨。
海盗船队遭受突然打击，阵脚大乱，企图逃回老巢，却发现老巢已被端，岸上火光冲天。
一场激战，“混海蛟”陈三被当场格杀，其船队大部被焚毁或俘获，匪众死伤惨重，余者皆降。
类似的战斗，在福建的湄洲湾外、在广东的上下川岛附近、在琼州海峡，接连上演。
水师不再满足于在海上驱逐或击溃海盗，而是力求直捣黄龙，彻底摧毁其陆上巢穴，缴获其囤积的物资，解救被掳掠的民众。对于俘虏的海盗，区分首恶与胁从。
罪大恶极的头目，公开处以极刑，首级传示各港口，以儆效尤。
普通胁从者，经甄别，确无大恶、且愿改过自新者，则编入“水师苦役营”，从事筑城、修船、开矿等重体力劳动，以观后效。
有特殊技能且诚心归顺者，甚至可经过严格考察后，吸收进水师戴罪效力。
再次，是断绝接济，釜底抽薪。
张俊深知，海盗难以根除，往往是因为他们在岸上有眼线、有销赃渠道、甚至有不法官吏、豪绅暗中庇护。
他严令沿海各州县，彻查与海盗有勾结的内应。
对为海盗提供粮食、淡水、兵器、情报，或为其销赃的商铺、窝主，一经查实，严惩不贷，家产抄没，主犯处斩。
鼓励百姓告发，对举报属实者给予重赏并保护。
同时，加强对沿海船只、人员的管理，实行更严格的“船引”制度，对出海渔船、商船进行登记，限制其前往敏感或无人海域，减少海盗获取补给和情报的渠道。
最后，是抚慰良善，以海民治海。
在武力清剿的同时，张俊也注重招抚。
发布告示，宣布对愿意悔过自新、主动前来自首的海盗，视情节可从轻发落，给予生路。
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