“粮仓案”的成功告破，让专案组声名大噪，受到了中央领导的高度肯定和公开表彰。祁同伟作为核心功臣之一，名字再次出现在内部嘉奖通报上，风头一时无两。
然而，荣誉的光芒尚未褪去，阴冷的暗箭便已射来。
关于祁同伟“办案程序违规”、“擅自通过非正常渠道跨境调证”、“其个人资产来源不明、与境外关系复杂”的匿名举报信，如同精准投放的病毒，迅速在纪委系统和检察系统内部小范围流传。
举报信内容翔实，列举了他在“粮仓案”中绕过正常国际合作程序、通过“私人关系”联系香港方面冻结账户的行为，并暗示其拥有巨额海外资产，生活奢侈（列举了他北京公寓的地段和租金），质疑其一个普通干部如何能负担得起，并影射其可能与某些“境外势力”有牵连。
这封信极其恶毒，抓住了几个关键点：一是办案程序问题，可大可小；二是境外关系，极其敏感；三是财产来源，是打击干部的惯用手段。而且时机选得恰到好处，在他立功受奖、最引人注目之时，最大化杀伤力。
祁同伟很快感受到了周围的异样。一些平时还算客气的同事，目光变得闪烁和疏离；一些会议，他不再是当然的参加者；甚至秦处长找他谈话时，语气也带着几分凝重和欲言又止。
“同伟，最近…有些关于你的反映。”秦处长说得比较委婉，“主要是办案程序和一些个人情况方面的。组织上可能会进行必要的核实。你要正确对待，相信组织会给你一个公正的结论。”
祁同伟心中冷笑，面上却平静如水：“处长，我接受组织任何审查。办案过程中的所有行为，我都留有记录和请示痕迹，可以接受最严格的检验。至于个人财产，我的每一分钱都来自合法投资所得，经得起调查。”
他早有预料，也早有准备。他立刻回到办公室，将自己办案过程中的所有工作笔记、请示报告副本、领导批示等整理成册。同时，他让香港的律师准备好他海外投资的法律文件、纳税证明以及资金来源的清晰说明（当然是经过合法化处理的版本）。
调查组很快进驻。谈话、查账、核实……流程一丝不苟，气氛严肃。祁同伟极度配合，问什么答什么，需要什么材料提供什么材料，态度不卑不亢。
调查的重点果然集中在“违规跨境调证”和“财产来源”上。
对于第一条，祁同伟出示了当时紧急情况下向秦处长口头请示并获得同意的记录（秦处长予以证实），以及事后补交的书面报告。他解释道，当时情况紧急，若走正常国际司法协助程序，资金极可能被转移，是国家利益的巨大损失，采取紧急措施情有可原，且最终结果证明措施有效。调查组对此未置可否，但记录在案。
对于第二条，祁同伟坦然承认自己确实在进行海外金融投资，并出示了相关法律文件，证明其启动资金来源于早年发表文章的稿费、奖学金以及在国内成功的商业投资（隐去了具体规模和操作细节），并强调所有投资行为均符合国家当时的外汇管理规定，依法纳税。他甚至提供了香港律师的联系方式供核实。
调查持续了将近一个月。这一个月里，祁同伟承受着巨大的心理压力。他虽然问心无愧且准备充分，但也深知人言可畏，很多事情并非黑白分明。他再次体会到了权力场中的险恶和无奈。
然而，令他意想不到的是，这次调查，也并非全是坏事。
他的坦诚和准备的充分，给调查组留下了“思路清晰、行事有据、财产状况相对透明”的印象。更重要的是，他在“粮仓案”中的巨大功劳是实打实的，高层惜才之心仍在。
调查后期，风向开始微妙变化。一位参与调查的纪委领导私下对秦处长说：“老秦，你这个小祁，是个人才，就是胆子太大，路子太野，得好好打磨打磨。不过，举报信里说的那些事，查无实据，至少目前看，大的原则问题没有。”
最终，调查结论出炉：祁同伟在办案中确存在简化程序的问题，但事出有因且结果良好，建议予以批评教育；其个人财产来源清晰，投资行为在当时政策法规允许范围内，未发现违法违纪问题。
一场风波，看似有惊无险地过去了。
但祁同伟知道，这绝不是结束。举报信能精准命中要害，并且在他风头最盛时发出，背后一定有一只熟悉他、能量巨大且对他充满恶意的手在操控。
“梁家…还是丰裕集团的残余势力？”祁同伟在心中冷笑，“看来，之前的教训还不够深刻。”
他没有选择报复，那太低级，也容易授人以柄。他选择了更彻底的方式——继续向上走，走到一个让他们难以企及、只能仰望的高度。
他更加努力地工作，同时，也开始更积极地参与厅里、甚至部里组织的一些宏观政策研讨活动，抓住机会展现自己的思想深度和综合能力。他发表在《经济研究》上的那篇旧文，也被有心人再次提及，成为他“理论联系实际”能力的佐证。
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