林琛的奏章与应对之策，如同投入平静湖面的石子，在江南与京城同时激起了不同性质的涟漪。
杭州这边，戚继光的“东南卫所武备讲习所”在刻意保持低调的情况下，悄然运转。第一批被“请”来的卫所军官们，从最初的抵触、好奇，到被燧发枪的齐射轰鸣、简易测绘带来的战场视野提升所震撼，心态发生了微妙的变化。当戚继光并非空谈战法，而是结合三江口、赭山战例，用炭笔在木板上画出敌我态势、火力覆盖范围，分析为何选择某处登陆、为何能迅速突破时，这些习惯于凭经验、勇力和模糊指令打仗的老行伍，第一次直观地感受到了“谋定后动”、“数据支撑”的力量。
更重要的是，林琛授意格物院派去的年轻士子，在操练间隙，并非高高在上地宣讲道理，而是拿着改良后的鲁班尺、水平仪，现场演示如何快速测量壕沟深度、城墙坡度、火炮仰角，甚至用简易的沙盘推演攻防。这些实实在在能用、能减少伤亡、能提高效率的“小技巧”，比任何大道理都更能打动这些中下层军官。尽管他们未必理解背后的数理原理，但“好用”、“有用”四字，已足以让他们收起部分轻视，甚至开始私下打听，能否让自己的子弟也去格物院“沾点墨水”。
胡宗宪在亲眼看过一次讲习所的火器操演和战术讲解后，沉默良久，对陪同的张经叹道：“元质（张经字），以往我等总笑书生纸上谈兵。如今观之，林部堂这不是纸上谈兵，这是……这是把兵书刻在了火铳上，画在了地图里啊。此子所图，恐怕不止于平倭。”他敏锐地察觉到，林琛在做的，是在重塑东南的军事思维，乃至……权力结构。
张经默然点头，他虽仍有武人的傲气，却不得不承认，这套东西确有其独到之处。至少，若他麾下卫所兵能有这般训练和器械，何至于被倭寇打得如此狼狈？对于林琛通过戚继光暗示的，希望他“推荐”更多军官轮训，并逐步在关键卫所试点更换部分老旧火器、推广新式操典的建议，他保持了默许，甚至开始暗自盘算哪些心腹可先送进去。
高捷的“查账”进行得并不顺利。胡宗宪得了林琛嘱咐，将各项开支账目做得滴水不漏，尤其是战时的临时征调、赏功抚恤，皆有名目、有签押、有存根，符合朝廷旧例。至于新军日常额外耗费、格物院研发，则完全从巡抚衙门公账中剥离，账目由王启年的人单独掌管，高捷根本无从插手。他试图从市舶司、盐课等税收中寻找“挪用”痕迹，也被早有准备的相关官员用“战后重建急需”、“历年积欠”等理由挡回。几番下来，非但没抓到把柄，反而因过于纠缠细务，惹得一些原本中立的官员心生厌烦，觉得这位御史大人有些小题大做，不识大体。
倒是刘炳然案，在高捷的“关切”下，按察司不得不加快了审理进度。一批与刘炳然直接勾结、证据确凿的中下层官吏、商贾被迅速定罪量刑，该杀的杀，该流放的流放，杭州官场为之一肃。百姓拍手称快，林琛“林青天”之名更加响亮。但高捷很快发现，案卷中所有可能指向更高层、更复杂网络的线索，都语焉不详或干脆缺失，仿佛刘炳然只是一个孤立的贪官污吏。他心知肚明是林琛做了手脚，却苦无证据，反而因为催促进度，被林琛顺势将“彻查通敌案、肃清奸佞”的功劳，又分走了一块。
京城方面，林琛那份详细报捷并附有《训操纲要》的奏章，以及胡宗宪、张经、俞大猷、卢镗乃至戚继光等人的联名请功疏，几乎是同时送达通政司，旋即被送入西苑精舍。
据说嘉靖皇帝在丹房静修时览毕，难得地离开了蒲团，走到悬挂的东南海疆图前，凝视良久，对侍奉在侧的司礼监掌印太监黄锦道：“林琛这小子，倒真把事儿办成了。斩首一千七，自损不过半百，水陆并进，焚巢捣穴……便是当年威继光（注：此处为皇帝口误或泛指名将）平倭，也不过如此吧？”
黄锦何等机敏，连忙躬身笑答：“皇爷圣明，慧眼识人。林琛此捷，确是我朝多年来少有之大胜，足显皇爷天威浩荡，用人得宜。只是……”他略微迟疑。
“只是什么？”嘉靖目光依旧在地图上。
“只是外廷有些议论，说林琛所用之法过于奇诡，耗费亦是不菲，更有人忧心其借平倭之名，擅权东南……”黄锦小心翼翼地说着，观察着皇帝的脸色。
嘉靖不置可否地“嗯”了一声，手指无意识地敲击着地图上杭州的位置：“耗费几何，户部、兵部不是正在核查么？至于擅权……他一个工部尚书，奉旨平倭，仗打完了，是该回来了。浙直总督的人选，内阁议得如何了？”
黄锦心中了然，皇帝对林琛的功劳是认可的，但对其久驻东南、手握精兵也并非全无顾虑。平衡与制衡，永远是帝王心术的核心。“回皇爷，内阁这几日为此争论不休。严阁老举荐了南京兵部尚书王学夔，说其老成持重，熟悉南直隶事务；徐阁老则以为，东南新定，百废待兴，需得力干员镇抚，或可在当地巡抚、布政使中择贤擢升，如浙江巡抚胡宗宪，此番协理军务，亦颇有功……”
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