陈砚的采样瓶第三次沉入溪底时，青溪谷的晨雾刚好漫过溪边的千年古榕，将瓶中清澈的溪水染成朦胧的碧。指尖触及水面，一阵轻微的刺痛传来——这是他作为生态摄影师，扎根青溪谷的第三年，也是他见证这片“城市绿肺”从生机盎然到满目疮痍的第三年。
青溪谷曾是远近闻名的生态秘境，溪水清澈见底，盛产罕见的虹鳟鱼，两岸古木参天，鸟兽成群。可自从“鼎盛化工”在谷口建厂，一切都变了。工厂的废水偷偷排入溪流，废气弥漫在山谷上空，不到半年，溪水变黑发臭，虹鳟鱼绝迹，鸟类迁徙，只剩下光秃秃的树干和遍地的垃圾。陈砚无数次拍摄污染证据，向环保部门举报，却都石沉大海——鼎盛化工的老板赵虎，早已打通了所有关系。
更让陈砚揪心的是，谷深处的“龙眼泉”，曾是溪水的源头，传说泉眼是“龙目”，守护着青溪谷的灵脉。如今，泉眼被工厂的废渣填埋，只留下一滩浑浊的死水，周围的植被全部枯萎，连野草都难以生长。当地老人都说，填埋龙眼泉，是触怒了溪谷的龙神，迟早会遭报应。陈砚以前只当是迷信，可最近，怪事接二连三地发生。
那天傍晚，陈砚在谷中拍摄污染现状，突然遭遇暴雨，山洪暴发。他被困在一块巨石上，眼看洪水就要将他吞噬，突然看到一道巨大的黑影从浑浊的溪水中跃出，黑影长着龙的轮廓，却双眼空洞，像是失去了眼睛，在洪水中痛苦地翻滚。就在陈砚以为自己必死无疑时，黑影突然用身体护住他，将他送到了安全地带，然后沉入溪底，消失不见。
陈砚浑身湿透，惊魂未定。他想起老人的话，心里一阵发寒——那黑影，难道就是传说中的龙神？因为失去“眼睛”，才无法控制山洪？
接下来的几天，怪事越来越多。工厂的废水处理设备频频故障，排出的废水莫名回流，淹没了厂区的仓库；赵虎的办公室里，每天都会出现一滩滩泥水，像是从溪谷带来的；更诡异的是，赵虎的儿子突然失明，医生检查不出任何病因，只能看到他的眼球浑浊，像是被污水浸泡过。
赵虎又惊又怒，以为是有人故意搞鬼，派了很多人在谷中巡逻，却什么都没发现。陈砚却明白，这是龙神的警告。他看着青溪谷的惨状，看着龙神痛苦的身影，心里满是愧疚。他决定，要帮龙神找回“眼睛”，恢复青溪谷的生态。
他查阅了大量的地方志和古籍，终于在一本泛黄的《青溪谷志》中找到记载：龙眼泉下藏着一枚“龙目珠”，是龙神的灵核，也是溪水的源头。当年修建工厂时，龙目珠被施工队挖出，当作废石丢弃，龙眼泉才会干涸。要让龙神重见光明，必须找到龙目珠，重新安放回泉眼。
陈砚立刻开始寻找龙目珠。他沿着溪流，走遍了青溪谷的每一个角落，询问了所有的老居民，终于从一位百岁老人那里得知，当年龙目珠被丢弃在谷口的垃圾场。陈砚不顾危险，在堆满废渣和有毒废料的垃圾场里翻找了三天三夜，终于找到了一枚拳头大小、通体碧绿的珠子，珠子上泛着淡淡的光泽，像是有生命一般。
他拿着龙目珠，来到龙眼泉旧址。此时，泉眼被废渣填埋，根本无法安放。陈砚只能求助于环保组织和媒体，将青溪谷的污染现状和龙目珠的传说公之于众。舆论哗然，越来越多的人关注到青溪谷的生态危机，上级环保部门终于介入调查，责令鼎盛化工停工整改，清理废渣，恢复龙眼泉。
在环保组织和志愿者的帮助下，龙眼泉的废渣被清理干净，陈砚小心翼翼地将龙目珠放入泉眼。奇迹发生了！龙目珠放入的瞬间，泉眼涌出清澈的泉水，泉水顺着溪流流淌，所到之处，枯萎的植被重新发芽，发黑的溪水变得清澈，空气中的异味也渐渐消散。
当天晚上，陈砚再次看到了龙神的身影。这一次，龙神的双眼不再空洞，而是闪烁着碧绿的光芒，它在溪水中盘旋一圈，发出一声悠长的龙吟，像是在道谢。然后，龙神的身影渐渐消散，融入溪水之中。
青溪谷的生态慢慢恢复，虹鳟鱼重新出现，鸟类回归，古木抽出新芽。鼎盛化工因为污染严重，被依法吊销执照，赵虎也受到了应有的惩罚，他儿子的失明虽然没有痊愈，但视力奇迹般地恢复了一些。陈砚的照片也获得了国际大奖，他成为了知名的生态保护者，很多人都慕名而来，想看看青溪谷的神奇变化。
可 fame 和利益的诱惑，很快让陈砚迷失了方向。一家旅游公司找到他，愿意出重金与他合作，将青溪谷打造成“生态旅游景区”，修建栈道、酒店，吸引游客。陈砚起初拒绝，可旅游公司的老板告诉他，只要合作，他就能获得巨额财富，还能扩大生态保护的影响力。看着银行卡里微薄的积蓄，想到自己多年来的辛苦，陈砚最终动摇了。
合作项目很快启动，青溪谷被围起来，开始修建基础设施。可施工队的到来，再次破坏了谷中的生态。他们砍伐古树，铺设水泥，将清澈的溪流改造成人工湖，龙目珠所在的龙眼泉，也被围起来，变成了收费景点。
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