不久，苏辙被任命为试秘书省校书郎、商州军事推官，正式步入官场。
要知道的是，之后的苏辙可就遇不到这么好脾气的皇帝了。
这件事情现在想来，陆垚只觉得，一个皇帝能够拥有如此秉公直言的臣子，是他的幸运。而反过来说，一个臣子能够遇到这样大气度宽容的皇帝，也是他的福分。
等到仁宗驾崩之后，苏辙的运气似乎也就用尽了。
熙宁二年（1069年），苏辙上书论政事，被神宗召见于延和殿。
当时，宰执王安石与陈升之共管三司条例司，命苏辙入三司条例司。吕惠卿依附王安石，苏辙和他讨论时多有抵触。王安石拿《青苗书》让苏辙仔细议论，说：“有不便之处，就告诉我不必疑虑。”苏辙说：“把钱借给百姓，使出利息二分，本意是在救济百姓，不是求利。但出入之间，吏员趁机营私作奸，即使有法也不能禁止，钱到百姓手里，即使良民也不免乱花；到交还时，即使富民也不免超过期限。这样，就怕一定要鞭打催促，州县官的事不胜其烦了。唐代刘晏掌管国家财政，从没有借钱给百姓。有责怪他的人，刘晏说：‘让百姓侥幸得钱，不是国家之福；叫吏员靠法催督还债，对百姓不利。我虽然从不发放借贷，但四方的丰收和灾荒谷价的贵贱，从来能及时知道。有谷贱处就收购，有谷贵处就发售，所以四方没有太贵、太贱的弊病，岂用发贷款？’刘晏所说的，就是常平仓法。现在此法仍在而患在不整顿，你真能有意于百姓生计，就整顿实行，那刘晏的功绩可以立刻见效。”王安石说：“你的话有理，我当慢慢思考。”从此后一月之间都不谈青苗法。
河北转运判官王广廉奏请发给度僧牒几千份作为本钱，在陕西转运司私自实行青苗法，春天发放秋天收还，和王安石意见相合，青苗法便开始实行。王安石派人去寻求尚未收取的财利。朝廷内外知道这些人一定会迎合王安石心意添加事情，都不敢说。苏辙去见陈升之说：“从前嘉佑末年，派官去抚恤各路百姓，但他们各人都务求滋生事端，回来所奏的大多不可实行，被天下人耻笑。现在和此事有何不同？”他又写信给王安石，竭力陈说此事之不可行。王安石发怒，将加罪，陈升之劝阻，于熙宁二年（1069年）八月被贬出外，任河南府留守推官。
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在王安石变法的时代，可以说苏辙因为强力反对变法，特别是青苗法，而遭到贬黜，这也是因为他直言不讳的性格造成的。
元丰八年（1085年），神宗驾崩，宋哲宗即位。五月，苏辙卧病，至秋痊愈。八月，因旧党当政，以秘书省校书郎被召回。元佑元年（1086年），苏辙至京师，任右司谏。当时太皇太后高氏（高滔滔）垂帘听政，起用司马光、吕公着为相，想废除新法，而支持新法的宰相蔡确、韩缜及枢密使章惇都被苏辙弹劾去职。大臣吕惠卿以攀附王安石而受重用，后又竭力排挤、陷害王安石，受世人憎恨。到新党被清算时，他自知难逃责罚，请求外授宫观官以逃避贬官流放之罪。苏辙连上三疏把他的奸恶加以揭露，最终使吕惠卿以散官安置建州。司马光因王安石免役法之害，想恢复差役法，却不知差役法之害相当于免役法。苏辙说：“自从废除差役法几乎二十年，官吏百姓都未习惯。何况役法关系众多事务，盘根错节十分复杂，实行得慢些，方能审慎详尽。如果不深究事情的始终，轻易地立即推行，恐怕实行之后，又产生各种弊端。现在州县的免役钱，照例有累积剩余，大约够用几年，暂且依旧雇役，到今年为止。催促监督有关官员审议差役法，趁今冬成为法令，来年再行差役法。要使既实行之后，不再有人议论，那就进退都有利了。”司马光又因王安石设《诗经》、《尚书新义》来考取天下士人，想改变科举，另立新的条例。苏辙说：“进士来年秋天考试，没有多少日子了，而议论不及时决定。诗赋虽然是小技，但要讲究声律，用的功夫不浅。至于治经书，诵读和讲解，尤其不是轻易的事。总之，来年都还不能实行。请求来年的考试，一切还照旧，惟有经书的释义兼取注疏及各家议论，或提出应举者自己的见解，不专用王安石的学说。并罢去对律令释义的考试，使应举的人知道有定论，一心一意做学问，以待选拔考试，然后慢慢地议论元佑五年以后科举的条例，也不算晚。”但司马光都不听。
起初，神宗实行开边之策，派兵进攻西夏，在熙河路增设兰州，在延安增设安疆、米脂等数寨。旧党执政后，司马光主张尽数退回熙丰时所占的城、寨、州、军，苏辙表示支持，但无法得到旧党内部的一致认同。朝廷最终同意割还西夏米脂、浮图、葭芦、安疆四寨。在宋廷交割四寨、弃守未决之际，西夏展开大规模的军事侵扰，苏辙等人却以为夏人进攻实乃宋退让不够，割地不够从容所致。这种妥协退让的策略在后来逐渐破产。
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