郑贵妃见铁证如山，终于崩溃，哭喊着嘶吼：“都是你们逼我的！若不是泰昌帝抢了常洵的皇位，我何至于如此？我只是想让我的儿子坐上本该属于他的位置！”
福王朱常洵被推至台前，面对僭越的龙袍与玉玺，只会重复着 “臣罪该万死”，再也说不出任何辩解之词。
午门城楼上，朱由检身着龙袍，凭栏而立，静静监审。待所有逆贼全部认罪后，他缓缓开口，声音透过扩音的铜钟传遍广场：“三法司依律定刑！朕要让天下皆知 —— 无论宗室、勋贵、外戚，凡犯谋逆者，虽亲必诛，国法无情！”
百姓们齐声高呼 “陛下圣明”，声音震彻云霄，彰显着民心向背。
施凤来奉旨，当庭宣读最终判决：
“郑贵妃：主谋两朝弑君，策划宫变，罪大恶极！然念其为先帝妃嫔、宗室长辈，免凌迟之刑，赐白绫自缢于仁寿宫！死后不入皇陵，削去‘太贵妃’封号，贬为庶人，以示惩戒！”
“福王朱常洵：僭越称帝，私蓄甲兵，参与谋逆，罪无可赦！剥夺所有爵位，赐死，保留全尸！洛阳福王府家产全部抄没，充盈国库！其子女贬为庶人，圈禁于凤阳皇陵，永世不得回京！”
“朱纯臣、赵之龙、朱国弼：谋逆首恶，勾结阉党、藩王，妄图弑君夺权！判凌迟处死，家产抄没！成年子嗣斩立决，未成年子嗣贬为奴籍，发配辽东为军奴！丹书铁券收回，废除其家族世袭特权！”
“钱谦益及东林附逆核心：通同谋逆，危害社稷！判斩立决，家产抄没！家人流放三千里，终身不得回京！参与弑君东林党之后人及门生故吏永不录用！”
“锦衣卫指挥同知田尔耕、许显纯，身受国恩，执掌亲军要务，却于宫闱生变之际，畏勋贵之势而退缩，怀投机之心而观望，知情不报，纵容逆党，殊失臣节，渎职枉法，罪不可赦！着即革去一切官职，抄没家产，流放辽东三万卫军前效力，终身遇赦不赦！其家眷尽数逐出京城，遣返原籍，永不许踏入京师半步！”
“锦衣卫千户赵山、百户李达等一十四人，勾结逆党，传递情报，阻挠驰援，形同谋逆！着即按谋逆罪论处，斩立决，于午门之外枭首示众！其家产尽数充公，家眷贬为奴籍，发配至南京孝陵卫为役，永世不得脱籍！”
判决宣读完毕，逆贼们反应各异：郑贵妃闭目垂泪，似有不甘；福王瘫软在地，大小便失禁；朱纯臣怒目圆睁，却无力回天；钱谦益面如死灰，静待处置。百姓们无不拍手称快，称赞朝廷判决公正，国法严明。
对郑贵妃与福王的 “赐死” 处置，既彰显了 “宗室犯法不株连无辜” 的原则，又以 “贬为庶人、不入皇陵” 的惩罚昭示其罪行不可饶恕；而对朱纯臣等勋贵、钱谦益等附逆核心的严厉刑罚，则以最决绝的态度震慑潜在逆党，让天下人知晓，挑战皇权、危害社稷者，必将付出惨痛代价。
审判结束后，东厂与锦衣卫立刻展开余孽肃清行动。
前往洛阳的东厂番子，迅速包围福王府，肃清残余私兵与党羽，将府中财物尽数查封抄没；在江南，锦衣卫逮捕了钱谦益的门生故吏等东林余党，彻底斩断其势力根基；京城之内，清查锦衣卫内部与逆党勾结的千户、百户，按 “从犯” 论处，重者杖毙，轻者流放辽东，确保 “斩草除根”。
同时，朝廷发布 “逆党名录”，将郑贵妃、朱纯臣等核心逆贼及其党羽的姓名、罪行刻入 “奸臣碑”，立于午门左侧，旁附罪证摘要，警示后世官员百姓 “不忠不义者，必遭千古唾骂”。
肃逆之余，朝廷对忠良的褒奖也同步进行。朱由检下旨：
追封杨涟、左光斗等 “移宫案” 忠良 —— 杨涟追赠太子太保、兵部尚书，谥 “忠烈”；左光斗追赠右都御史，谥 “忠毅”；其余蒙冤忠良皆平反昭雪，赠官加谥，荫其子孙入国子监读书，由朝廷出资修缮陵墓，朱由检亲题墓碑，以慰忠魂。
奖赏护驾功臣 —— 张之极、刘文炳全部调去京营独领一军，刘文炳再赏黄金百两，翊卫营全休官升一级，全部编入京营，翊卫营自此取消；高时明赏黄金百两，净军全体每人五个银元，每人发一个全体二等功勋章；周遇吉、吴三桂等京营将领各升一级，赐 “忠勇” 匾额，其家眷录入 “忠良册”，终身受朝廷优待；方正化的弟子、曹化淳的暗卫幸存者，皆破格提拔，赏银赐爵。锦衣卫吴孟明，高文彩升指挥同知；李若琏升指挥佥事；
忠良后裔与护驾功臣身着赏赐的官服，在午门广场接受表彰，百姓们纷纷投去敬佩的目光，掌声与喝彩声不绝于耳。
由皇帝授意，《大明周报》 将连续推出特刊，以“两朝疑案真相大白，圣主孝悌肃奸安邦”为主题，详尽（经适当修饰）披露郑贵妃、福王集团勾结勋贵、东林党，阴谋弑君篡位的罪行，重点突出皇帝陛下“为父报仇、为兄雪恨”的孝悌之心，以及“洞察奸宄、力挽狂澜、肃清内患、稳固社稷”的莫大功绩。将这场血腥的清算，包装成顺应天理人伦、维护朝纲国本的正义之举，最大限度争取天下百姓和朝野正直官员的理解与支持。
午门审逆结束三日后，朱由检在文华殿召开御前会议，百官齐聚，会上，朱由检宣布“此外，自朕登基以来，先后处置秦王（纵子抗旨高价卖粮，勾结土匪）、唐王（囚禁世子），如今又有福王谋逆大案。宗室藩王，本为屏藩帝室，然近年来屡屡生事，或贪渎枉法，或行为不端，甚或觊觎大位，已成国家隐忧。此非仅福王一人之过，亦显藩王管理制度陈旧，约束不力。”
他目光扫过宗人府的朱盛漋和朱孔昭，以及众位大臣：“朕意已决，借此之机，整饬宗藩。着宗人府会同礼部、兵部、户部，拟旨传谕天下：所有在藩亲王、郡王，除年老病重、确有实情无法成行者外，限期三月，务必亲自或遣世子入京朝觐。朕将亲自主持，与诸王共商，制定一部新的《宗藩行为准则》，明确权责，规范用度，严申法纪！ 望诸王体察朕保全宗室、共固国本之苦心，准时赴京！”
此言一出，殿内众人心中再次掀起波澜。皇帝这是要借着清算福王的雷霆之势，对天下藩王进行一次彻底的规范和约束！这是一项比处置郑贵妃案影响更为深远、可能阻力也更大的举措！
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