何凤山接到了中国驻柏林大使陈介的电话，他命令何凤山立即停止给犹太人发放签证的行动。最初，何凤山以外交部的训令并非如此为由一直坚持向犹太人大批发放签证，在顶头上司陈杰大怒后，他才口头答应陈介，唯诺称是。但是在私下，何凤山仍不停地在申请表上签下自己的名字。
当时陈介就认为何凤山在这个地步还给犹太人发放签证，肯定是因为收了犹太人的钱。于是他偷偷派了一名部下丁文渊前去维也纳打探。在那里丁文渊二话不说就首先查了所有卷宗和账本，但并没有发现一丝可疑之处。查不出蛛丝马迹，陈介虽极不满意但也无可奈何最后只能以何凤山冒犯上司，记过处分列入个人档案。
突然有一天，一群盖世太保冲进中国领事馆，以领事馆租用的楼房是犹太人财产为由，将其没收。企图阻止何凤山继续向犹太人发放签证。于是何凤山便向国民政府申请了迁移经费。当然，那时他得到的答复是‘抗战期间，财政困难，无法解决。’
他知道自己已经孤立无援了，但是他又绝不忍心就这样低头。因为，一张签证就是一条无辜的性命。于是他默默将领事馆撤出了租金昂贵的贝多芬广场，自掏腰包在广场旁的巷子租下了一间小房子，继续完成着自己的使命。
何凤山从1938年5月任职，到1940年5月离职，这两年内他一共发出多少张‘生命签证’，已经很难查出，因为他没有像辛德勒一样的名单。但是通过获得签证的犹太幸存者的签证番号可略知一二。一名叫汉斯·劳克斯的犹太人他的签证日期是1938年10月27日，签证号码已是1906号。
他上任才5个月就发放了1900多份‘生命签证’。后面在任的一年多时间里他再签了多少次名，我们不得而知。但即使是以1900这个数字作为基础，保守估计他就已经被欧洲学者认为是救助犹太人最多的人。
然而在后半辈中，他的义举一直不为人知。一方面是那时中国已被日本占领，犹太人入境也无需签证，更没有人去研究签证来源。然而更多的是何凤山觉得这并不是什么感天动地的大事。他的回忆录中写道：‘帮助别人是自然的事，从人性的角度看，这只是应该做的。’在他长达290页的自传《外交生涯四十年》中，对维也纳拯救犹太人的那段岁月只用了区区10页不到的笔墨。
1997年，96岁高龄的何凤山在美国旧金山逝世。女儿何曼礼在讣告中提到父亲在驻维也纳领事馆期间，曾向犹太人发过签证。这则发布在《波士顿环球报》的讣告，引起了犹太裔历史学家艾利克·索尔的注意之后，随着这位历史学家的查据和调查，何凤山的义举才得以大白天下。
艾利克找到了一些何凤山救助过的犹太人后裔，其中就有美国大名鼎鼎的亿万富翁、现任世界犹太人大会秘书长辛格辛格激动地对艾利克说：‘我的父母是何博士救的，他是一位真正的英雄。我一定要把他介绍给全世界。’
从此，何凤山成为了犹太人心中的圣徒。每当犹太人举办纳粹大屠杀展览时，都会把何凤山的事迹摆在最显眼的位置。2001年，何凤山被以色列政府追为‘国际正义人士’，镌其名于‘国际义人园’，受无数人的敬仰。”——改摘自《鲜为人知的“中国辛德勒”，二战时拯救过最多犹太人》。
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