东京的夜幕降临，霓虹灯次第亮起，将这座庞大的都市点缀得流光溢彩。表面上看，它与以往任何一个夜晚并无不同：车水马龙，人声鼎沸，繁华依旧。上班族拖着疲惫的步伐走向车站，情侣们依偎在街头漫步，居酒屋里传来喧嚣的谈笑声。
然而，在这片璀璨的灯火之下，一种无形的、冰冷的秩序已然确立。曾经的暗流汹涌、正邪博弈，似乎都已悄然平息，如同暴风雨过后异常平静的海面，只是这海面之下，不再是充满生机的海洋，而是被某种强大力量彻底掌控、波澜不惊的死水。
组织的阴影，不再仅仅是潜伏于黑暗中的威胁，它已经如同微尘般渗透进这座城市的每一个缝隙，成为了这座城市呼吸的一部分。警视厅内部某些悬而未决的档案被悄然封存，再也无人问津；几家曾敢于追踪敏感事件的媒体突然转变了风向，开始报道一些无关痛痒的娱乐新闻；政界几个原本对某些议题态度强硬的人物，要么突然变得沉默，要么其主张发生了微妙而顺应“大势”的转变。
一种心照不宣的沉默笼罩了许多领域。人们依旧生活，工作，娱乐，但某些话题成了无形的禁区，某些过去的“热点”被迅速遗忘。空气中弥漫着一种诡异的“正常”氛围，仿佛那些曾经的枪战、爆炸、离奇失踪案都只是都市传说而已。
在这片“尘埃落定”的景象中，组织的成员们则以各自的方式适应着新的“日常”。
对于伏特加而言，变化似乎不大。他依旧忠诚地跟在琴酒身后，处理着各种“脏活”。只是他发现，大哥去安全屋的次数多了，身上偶尔会沾上一丝极淡的、不属于烟草和火药的女人香气（他不敢问），而且最近清理的“余孽”档次似乎下降了不少，从难缠的FBI变成了碎嘴的记者或固执的老头，这让他觉得活计轻松了不少。
贝尔摩德离开了日本的核心漩涡圈。她给BOSS去了一个简短的信息，表示想去欧洲“散散心，寻找新的灵感”。她无法忍受亲眼看着她的Angel在那片泥沼中越陷越深，却又无力改变。离开，是她最后的选择。她走的那天，机场的航班信息屏上，她的化名悄然闪过，如同投入大海的一粒沙。
安室透——波本，则如同最深沉的暗影，继续着他的双重生活。他比以往更加沉默，更加谨慎。公安的联络点换了好几个，沟通方式变得更加隐秘和低频。他亲眼目睹了组织的最终胜利，感受着那无处不在的控制力像水泥一样层层加固。他没有绝望，但将所有的锋芒和恨意都深深埋藏起来，如同冬眠的毒蛇，等待着那不知何时才会到来的、或许极其微小的机会。他偶尔会路过毛利侦探事务所楼下，看着那扇熟悉的窗户，眼神复杂，最终总是默然离开。
京极真和铃木园子的关系进入了一种诡异的稳定期。园子不再过多地询问阿真“工作”的细节，阿真也尽力将那些黑暗隔绝在他们的生活之外。他们依旧约会，只是地点往往选在铃木家旗下的高级场所或者人迹罕至的地方。园子努力维持着大小姐的派头，但眼底偶尔会掠过一丝不易察觉的茫然。阿真则像一座沉默的山，守护着她，他的忠诚只对园子一人，组织对他而言，只是一个需要偶尔为之出力以换取“保护”和“平静”的陌生甲方。
宫野志保几乎完全沉浸在她的实验室里。APTX4869的后续研究取得了突破性进展，她享受着这种纯粹科研带来的满足感。姐姐明美安全地生活在组织的庇护下，虽然失去了部分自由，但至少活着。对于志保而言，这就足够了。外界的天翻地覆似乎与她无关，她的一方实验室就是她的全部世界。偶尔，铃兰会来看她，带些新茶和外面世界的趣闻（当然是过滤后的版本），两人之间的友谊在这种扭曲的环境下反而显得更加纯粹和牢固。
而处于这场风暴最中心的几个人，则呈现出一种近乎凝固的平静。
工藤新一过着按部就班、受到严密监控的生活。上学，回家，偶尔“协助”组织处理一些技术性问题。他变得比以前更加沉默寡言，脸上的表情常常是空的，仿佛灵魂的一部分已经随着那场失败而死去了。他和小兰见面，约会，在监视下表演着情侣的戏码，但两人之间总隔着一层无法穿透的玻璃墙，交流仅限于最表面的日常，触碰冰冷而克制。
毛利兰已经彻底适应了新的角色。她熟练地运用组织教导的技巧处理着一些外围事务，心态冷静得令人心惊。她看着新一时，眼神里有一种复杂的、混合着占有、痛苦和一丝扭曲爱意的情绪。她认为这是保护，是他们能“在一起”必须付出的代价。她不再哭泣，不再迷茫，将所有的情绪都压抑在那副美丽而空洞的躯壳之下。
而这一切“尘埃落定”的背后，最主要的推手——琴酒和铃兰，此刻正站在组织某处高级安全屋的落地窗前，俯瞰着这座已被他们纳入掌控的城市。
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