文武百官三次献上奏章，请求李嗣源监国，李嗣源这才答应。甲午日，李嗣源进入兴圣宫居住，开始接受文武百官的朝见。他所下达的命令称为“教”，文武百官都称呼他为“殿下”。
庄宗的后宫之中，还剩下一千多名宫女，宣徽使挑选了几百名年轻貌美的宫女，进献给李嗣源，李嗣源说：“要这些人有什么用呢！”宣徽使回答说：“宫中的各项事务需要人手掌管，不能缺少她们。”李嗣源说：“掌管宫中事务的人，应该熟悉旧有的规章制度，这些年轻女子怎么会懂得这些！”于是全部选用年长的旧人来补充宫中的职位，那些年轻的宫女都被送出宫去，让她们回到自己的亲戚身边，没有亲戚的，任凭她们选择去处。从蜀地送来的宫女，也按照这个标准处理。
乙未日，李嗣源任命中门使安重诲为枢密使，镇州别驾张延朗为枢密副使。张延朗是开封人，在后梁担任过租庸吏，生性乖巧圆滑，善于侍奉权贵，他把自己的女儿嫁给了安重诲的儿子，所以安重诲引荐他担任要职。
李嗣源命令各地官府寻访查找各位亲王的下落。通王李存确、雅王李存纪藏匿在民间，有人秘密禀报给安重诲，安重诲和李绍真商议说：“如今殿下已经监国，主持先帝的丧事，各位亲王应当尽早处理，以此来统一人心。殿下生性仁慈，这件事不能让他知道。”于是秘密派人前往乡间的房舍，杀死了李存确和李存纪。过了一个多月，李嗣源才得知这件事，严厉斥责了安重诲，心中惋惜了很久。
刘皇后和申王李存渥逃往晋阳，在路上和李存渥私通。李存渥抵达晋阳之后，李彦超没有接纳他，李存渥只好继续向西逃跑，来到凤谷的时候，被他的部下杀死。第二天，永王李存霸也抵达晋阳，跟随他的士兵已经全部逃散，李存霸剃光头发，穿上僧人的衣服，拜见李彦超，说：“我愿意做一名山野僧人，希望您能庇护我。”士兵们争相想要杀死他，李彦超说：“六相公前来投奔，应当奏请殿下，听从他的指示。”士兵们没有听从，在军府门口的石碑下杀死了李存霸。刘皇后在晋阳削发为尼，李嗣源派人前往晋阳，杀死了她。薛王李存礼以及庄宗年幼的儿子李继嵩、李继潼、李继蟾、李继峣，在战乱中都下落不明。只有邕王李存美因为中风导致半身不遂，得以幸免，居住在晋阳。
徐温、高季兴听说庄宗被杀之后，更加敬重严可求和梁震。梁震将前蜀陵州判官贵平人孙光宪推荐给高季兴，让他担任掌书记。高季兴大规模建造战船，想要攻打楚国，孙光宪劝谏说：“荆南地区经历战乱之后，全靠您让士兵和百姓休养生息，才刚刚恢复生机。如果又和楚国结仇，其他国家就会趁着我们疲惫的时候前来进攻，实在是值得忧虑啊。”高季兴于是打消了攻打楚国的念头。
戊戌日，李绍荣被押送到洛阳，李嗣源斥责他说：“我有什么地方对不起你，你竟然杀死我的儿子！”李绍荣怒目圆睁，直视着李嗣源说：“先帝又有什么地方对不起你！”李嗣源于是下令将他斩首，恢复他原来的姓名元行钦。
李嗣源担心征讨蜀国的军队返回之后会发生兵变，于是任命石敬瑭为陕州留后；己亥日，任命李从珂为河中留后。
枢密使张居翰请求辞官回乡，李嗣源答应了他的请求。李绍真多次举荐孔循的才能，庚子日，李嗣源任命孔循为枢密副使。李绍宏请求恢复自己原来的姓氏马。
李嗣源下达教令，历数租庸使孔谦奸佞谄媚、搜刮民财、使军队和百姓穷困潦倒的罪行，将他斩首。凡是孔谦所设立的苛捐杂税，全部废除，同时撤销租庸使以及内勾司，恢复原来的盐铁、户部、度支三司，委托宰相一人专门掌管。又撤销各路藩镇的监军使；因为庄宗是因为宠信宦官而亡国的，所以李嗣源命令各路藩镇把宦官全部处死。
魏王李继岌从兴平撤退到武功，宦官李从袭说：“如今祸福难料，撤退不如前进，请大王尽快率领军队向东进军，前往京城解救内难。”李继岌听从了他的建议。军队向东行进，抵达渭水的时候，权西都留守张篯已经下令截断了浮桥；李继岌只好沿着渭水，乘船向东漂流，这一天抵达渭南，他的心腹吕知柔等人都已经逃走藏匿起来。李从袭对李继岌说：“如今大势已去，大王应当为自己考虑了。”李继岌徘徊不决，流下眼泪，于是躺倒在床上，命令仆人李环用绳子把自己勒死。任圜接替李继岌，率领大军向东进发。李嗣源命令石敬瑭前去安抚慰问这支军队，士兵们都没有提出异议。
在此之前，李嗣源命令他的亲信李中担任华州都监，接应从西边返回的大军。李中擅自逼迫华州节度使史彦镕入朝；同州节度使李存敬路过华州的时候，李中杀死了他，并且屠杀了他的全家；李中又杀死了西川行营都监李从袭。史彦镕哭着向安重诲诉说自己的遭遇，安重诲派遣史彦镕返回华州镇守，同时征召李中返回朝廷。
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