钱谦益跟吴伟业皆累于盛名，故不得不面对新朝时表态，即就是剃发，在清廷入主南京后，如八大山人名家，画憎如弘仁，想画个人物，就发现画不下去了，如髡残，为了规避，把人物全画成光头，但身体发肤受之父母，个人不得轻弃，同样是道统的一部分，故而非常之人，不能出此非常之举，顾炎武。黄宗羲、王夫之及魏禧能不剃发吗？
伯夷叔齐义不食周粟，采微而食，饿死西山，前人大儒无不赞其节义，后世有人说道，西山何尝不是周土，微蕨何尝不是周食。然则，剃发而不仕清，就像是采薇而不食周粟，伯夷叔齐虽然采薇，但还是饿死了，二人死前作歌叹道：“神农虞夏忽淹没兮，我安适归矣。”其实二人对此前所接受的价值观产生了疑问。随后，孔子对其不以为然，语带不屑地评论道：“求仁得仁，又何怨乎！”
1646年，黄宗羲就拿伯夷叔齐的故事开过玩笑，清廷要修《明史》总裁官欲请其子参与，黄宗羲作书戏曰：“昔闻首阳二老，托孤于尚父，故得三年食薇，颜色不坏。”自己不参已，而让儿子入史局，黄宗羲将之视为不食周粟却采周薇，对黄宗羲来说此事能解说的通，在故国沦亡之后，存一代之史，也是关乎道统的事，谈迁和张岱都曾忍辱偷生以修明史，谈迁传下《国榷》，张岱传下《石匮书》，钱谦益时任修《明史》副总裁，当然也在修书，可实在顶不住文人间的冷嘲热讽，到了六月，称疾乞归，返回南京，清廷令巡抚、巡按随时监视上报，就这样被清廷监视起来。
关于钱谦益的名节，在弘光朝时还有他为献媚阮大铖而令柳如是献唱，唱毕阮大铖赠柳如是风冠，钱谦益才得到南明小朝廷的礼部尚书，还有人说，钱谦益携柳如是入南京时，让柳如是装扮成昭君出塞状，甚至有人说，柳如是骑驴入南京的，这些传闻近乎恶搞了，当然不可信，这背后当然涉及胡汉关系，从黄宗羲跟钱谦益的交往看，应该不会后世描述的那样不堪，黄宗羲一生讲求气节，在明末誓仇阉党，曾经袖怀铁锥，欲杀阮大铖，清廷进南京后，誓不仕清，浙东学派抨击弘光朝时，往往不遗余力，黄宗羲对阮大铖的仇恨即是家仇，也关乎道义，如果钱谦益献媚阮大铖的话，很难相信黄宗羲会跟钱谦益交往。
像钱谦益这样的人物，就是生错了时代，出仕为官被卷入党争浪潮，身不由己，耽误了正常仕途，缺乏实干的能力，典型的清流而非能臣。
顺治四年（1647），钱谦益突然被逮锒铛北上，关入刑部大狱。柳如是得知后，在黎城呆不住了，要回南京筹钱去救夫。这事在王德发的规劝下，柳如是才安稳下来，可是到了顺治五年（1648）四月，钱谦益因黄毓祺案被株连，囚南京狱。 柳如是得知后更呆不住了，又是王德发来电道：“黎城跟清廷正在交接南京事宜，钱谦益不日将会移交到黎城手里，稍安勿躁，就这样再一次安抚住了柳如是。直到5月30日（永历二年，顺治五年），王德发入主南京，钱谦益被释放回老家安居，后在柳如是的建议下，吴一把钱谦益安排去了江南书院任职，做学问，也找到了一个不错的归宿。
钱谦益既渴望作官，渴望仕途通达，又渴望保持人品、人格和气节。然而，在阶级矛盾、民族矛盾以及各种社会矛盾，包括统治集团内部的矛盾，文人知识分子之间的矛盾互相交织的动荡社会中，二者难以得兼。于是他的内心充满矛盾痛苦，顾此失彼，左右为难。谋求复官时是如此，降清以后也是如此。最后，辞官不做，转而加入抗清的秘密斗争，他的心灵才得到平静。他也才算是又重新获得了人品和人格。
钱谦益是个思想和性格都比较复杂的人。他的身上，不乏晚明文人纵诞的习气，但又时时表现出维护传统道德的严肃面貌，他本以“清流”自居，却而为热衷于功名而屡次陷入政治漩涡，留下谄事阉党、降清失节的污名。却又在降清后从事反清活动，力图在传统道德观上重建自己的人生价值。这种进退维谷、反复无常的尴尬状态，给自己造成心理的苦涩，虽取得南明诸王及明遗民的谅解，但仍被后世所憎厌。在他身上，反映了明清之际一些文士人生态度的矛盾。但他在学界文坛的宗主地位，未因此而动摇。
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