然而，就在一切准备就绪时，葡萄牙人察觉到了海运联盟的计划。他们派出使者，来到泉州港，试图阻止林远开辟中日直航贸易线。“林掌柜，中日贸易我们葡萄牙人已经经营多年，你们大明商船贸然进入，只会破坏现有的贸易秩序。”葡萄牙使者傲慢地说道。林远毫不示弱，冷笑一声：“贸易之事，凭的是实力和信誉，你们葡萄牙人在海上横行霸道，垄断贸易，才是破坏秩序的罪魁祸首。如今我大明海运联盟开辟直航贸易线，是为了促进两国的正常贸易往来，造福百姓，岂容你们阻拦！”
使者见林远态度坚决，威胁道：“若是你们执意要开辟航线，我们葡萄牙舰队将在海上拦截，后果自负！”林远脸色一沉，站起身来：“那就放马过来！我大明船队也不是吃素的，若你们敢挑衅，定让你们有来无回！”使者碰了一鼻子灰，悻悻离去。
面对葡萄牙人的威胁，林远并没有退缩。他一方面加强了船队的戒备，制定了详细的应对策略；另一方面，加快了直航贸易线的筹备进度。终于，在一个风和日丽的清晨，首支中日直航贸易船队在泉州港缓缓起航。船队由五艘标准化货船和三艘护航战舰组成，满载着丝绸、瓷器、茶叶等大明特产，向着日本九州岛驶去。
首航前夕，泉州港举行了盛大的祭海仪式。林远当着地方官员、商户代表的面，宣读皇帝圣旨："今命海运联盟开辟中日商路，护航船队受朝廷节制，若有不法，严惩不贷！"祭海完毕，他登上旗舰"致远号"，望着甲板上整齐列队的水手——这些人皆持有官府发放的护商腰牌，腰牌背面刻着"奉旨护航"四字。
船队驶入东海后，了望手便开始严格执行朝廷规定的了望制度：白天每两刻钟更换了望员，夜间则点燃特制的防风灯笼。当葡萄牙武装商船在琉球海域出现时，林远立即命人升起黄龙旗，展示圣旨副本："我乃大明奉旨商船，尔等速速退去！"葡萄牙船长望着飘扬的圣旨，虽心有不甘，却也不敢贸然进犯。
抵达日本博多港时，松浦四郎望着武装整齐的船队，面露担忧："林兄，如此阵仗，恐引起幕府猜忌。"林远却胸有成竹地拿出一份文书——那是张居正授意礼部颁发的"通商护商敕书"，上面详细写明船队的合法身份与通商范围。松浦四郎细看后，竖起大拇指："大明果然思虑周全！"
随着贸易渐入正轨，林远定期向朝廷呈报贸易数据与军费开支。在给张居正的密信中，他写道："每艘货船所载货物价值约五千两，扣除成本与保险，净利润两千两。护航船队月耗银八百两，相较贸易收益，不过九牛一毛。"与此同时，他还提议在沿海设立"市舶巡检司"，专门监管武装商船的出入境，进一步规范海上贸易。
然而，平静的海面下暗流涌动。一日，苏婉娘神色匆匆送来密报："掌柜，朝中言官弹劾你'拥兵自重，私通倭国'。礼部侍郎更是上奏，要求立即召回护航船队！"林远捏着密报，望向窗外停泊的商船，船首的火炮在夕阳下泛着冷光。他深知，这场关于海上商路的博弈，从来都不只是商船与火炮的较量，更是朝堂之上看不见的战争。在武装护卫方面，林远从海运联盟的船队中挑选出精锐水手，组成了一支专门的护航舰队。这些水手经过严格的火器和近战训练，配备了最新式的佛郎机炮和鸟铳。同时，为了增强船只的防御能力，工匠们在标准化货船的基础上进行改装，加厚了船舷，增设了了望台和防御工事。
航行初期，一切顺利。船队沿着精心绘制的航线前进，水手们熟练地操作着船只，利用风向和洋流节省体力。然而，当船队进入东海海域时，遭遇了一场突如其来的暴风雨。狂风呼啸，海浪滔天，货船在波涛中剧烈摇晃，随时有倾覆的危险。“稳住船舵！调整帆角！”船长在指挥台上大声呼喊，水手们齐心协力，与风浪展开了殊死搏斗。林远站在船头，紧紧握住栏杆，目光坚定地望着前方：“大家稳住，我们一定能挺过去！”
经过一夜的奋战，船队终于成功地度过了暴风雨。但还没等众人松口气，了望手突然大喊：“前方发现不明船只！”林远举起望远镜，只见远处海面上出现了几艘悬挂着葡萄牙旗帜的武装商船，正朝着船队快速驶来。“果然来了！”林远冷哼一声，“进入战斗状态，准备迎敌！”
葡萄牙船只逐渐逼近，对方船长通过扩音竹筒喊话：“大明商船，立即停下，否则我们将开火！”林远毫不畏惧，回应道：“你们这些蛮夷，休想阻拦我们的去路！今日若敢动手，定让你们葬身海底！”说罢，他指挥船队迅速摆出防御阵型，护航战舰在前，货船在后，火器手们严阵以待，炮口对准了葡萄牙船只。
双方对峙片刻，葡萄牙船长见大明船队戒备森严，不敢贸然进攻。但他并不甘心就此罢休，下令船只围绕着大明船队盘旋，寻找破绽。林远见状，心中暗自思量：这样僵持下去不是办法，必须主动出击，打破僵局。他悄悄对身旁的船长耳语几句，船长点头会意，随即下令：“释放烟雾弹，扰乱敌人视线！”
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