孙承宗一眼看穿其意图：好啊，你会写折子辞职施压？谁不会？随后孙承宗同样提交了一份辞呈，声明二人必须留一去一，这直接将一道单选题抛给了朝廷。
最终天启选择了信任孙承宗，安排阎鸣泰离职归隐。
接着担任辽东巡抚的是张凤翼。
未曾想到张凤翼性格偏于怯懦，面对无固定驻地办公的情况，当孙承宗提议前往宁远就职时，他却心生畏惧却又不敢明言自己胆怯，转而反对孙承宗的策略，并坚持主张全军退回山海关防线。
因为退回山海关曾由前任督师王在晋提出并有一定基础支持，故此张凤翼此番旧论再提后很快获得了不少人响应。
而在张凤翼阵营对面的，则仅有山海关总兵马世龙、副总兵茅元仪、宁远兵备袁崇焕、中军旗鼓官王则古、赞画鹿善继等少量人士鼎力相撑。
在此境地下，为避免更坏结果的发生，孙承宗无奈只能做出决定，指派袁崇焕驻守宁远以防万一，同时留任祖大寿、满桂以作辅助，其余部众则退回山海关。
这样，袁崇焕这才得以受命来到宁远任职。
其间徐敷奏作为幕僚随行，恰在此阶段因袁崇焕推荐而升任卫指挥佥事一职。
正当孙承宗殚精竭虑与辽东巡抚博弈时，他还尚未彻底摆平张凤翼间的纠葛，他又与辽东总督王象乾发生意见冲突。
早前孙承宗为对付建奴联合北方蒙古各部落，可蒙古谢虎部抵达后，竟至前屯实施抢掠行动。
当时参将赵率教丝毫不容这些行为，立即将参与掠夺之人捕获并斩杀四位。
然辽东总督王象乾对此不满，试图写信给兵部尚书董汉儒商议牺牲赵率教来换取蒙古部落谢虎部的安抚，此事被报知孙承宗，自是不会同意。
而且，让孙承宗更为恼火的是王象乾不事先征询他，独自先行赔付蒙古部落一千两银两。
孙承宗怒不可遏，即刻针对王象乾启动了弹劾流程要求上级部门主持公道，结果王象乾遭“病退”
撤职。
经历了几番人事波折之后，孙承宗清楚认识到，同一区域存在督师、总督和巡抚三个平行职位管理实属多余且严重妨碍工作协调。
因此，他向朝廷提议废止辽东总督之位。
不过该提议并没有得到朝廷的认同。
权衡之下，孙承宗另提一个较为妥协性的请求——暂时停止委派新总督填补职位空缺，鉴于掣肘情况的确太显着。
这一次，朝廷认可了他的说法而暂未派人接管总督一职。
如此腾出精力后的孙承宗回头处理辽东巡抚张凤翼事务时，未再直接对其过强压制，而是在朝廷层面建议改辽东巡抚驻地于宁远城内。
既然你不能按我说的来做，那总得遵照朝廷旨意吧。
朝廷认为此项要求合情合理，随即批准了孙承宗的请求，这令他十分满意。
带着圣旨，孙承宗命张凤翼前往宁远赴任。
然而，张凤翼心中颇为不满：你孙承宗愿拼命自然无人阻拦，但为何偏偏要让我赴死？
既然你执意让我陷入险境，那我亦不会轻易放过你。
张凤翼虽然不擅领兵打仗，但在官场内斗中却颇有手段。
直接对抗孙承宗并非易事，他决定另辟蹊径，先拿孙承宗手下开刀。
于是，张凤翼广结同盟，纠集一批官员大力弹劾山海关总兵马世龙。
孙承宗一方当然反击，随着矛盾日益尖锐，局势愈发复杂，最终整个朝廷都被卷入其中。
张凤翼指控马世龙贪污受贿、杀人冒功，而孙承宗一方则指责张凤翼怯懦畏战、消极怠工。
辽东本已初步稳定的局面再度停滞。
大家各怀心思，整日唇枪舌剑，互不相让。
最后，孙承宗实在难以忍受，愤怒之下撰写了洋洋洒洒的奏章表达立场。
在这篇长文中，孙承宗将张凤翼及其同伙批驳得体无完肤，并直指他们为临阵脱逃之徒。
他更是宣称，自己虽不敢谈论百年大计，但也敢展望五年的局势变化，若所言有误，可处决孙承宗以平天下人心。
这份奏疏成功把张凤翼钉在了贪生怕死的耻辱柱上公开展示，张凤翼最终被迫以居丧为由暂时归隐。
表面上，孙承宗赢得一回合胜利，实则招惹了东林党全体。
因站在张凤翼一边的大都是东林党人士，如此一来，东林党等同被定义为一群胆小鬼。
很快，报复接踵而至。
你孙承宗不是驱逐辽东总督王象乾吗？我们便再推选一个继任者。
东林党立即上书天启皇帝，提议派遣党人吴用出任辽东总督。
洞悉东林党图谋的孙承宗立刻递交辞呈作为回应。
此时辽东战场局势紧张，天启帝无奈只能温和安抚，并未采纳东林党的建议。
张凤翼离任后，喻安性担任辽东巡抚，短短数日辽东已是三易其巡抚之职。
好在喻安性并不怯懦，未选择滞留山海关求安逸，而是奔赴塔山堡实地履责。
至此，孙承宗方能真正站稳脚跟，着手推行收复辽东的战略部署。
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