没过多久，奢崇明包围成都，情况危急，巡抚朱燮元命秦良玉前去讨伐。当时各地土司因接受奢崇明的贿赂，都故意逗留，没有进兵。唯独秦良玉击鼓西征，她身着战甲，英姿飒爽地站在战车上，大声激励士兵：“儿郎们，成都危在旦夕，百姓正遭受苦难，我们必须勇往直前，击退叛贼！”她率军收复新都后，长驱直入抵达成都，奢崇明的军队解除包围退走。
秦良玉带着秦民屏率军返回攻打二郎关，顺利攻克二郎关、佛图关，收复重庆。一开始秦良玉出兵时，就上疏奏报朝廷，朝廷下令封她为夫人。等她收复重庆时，朝廷将其封为都督佥事，担任总兵官，马祥麟被任命为宣慰使，秦民屏升副总兵，秦翼明、秦拱明也升为参将。秦良玉感恩朝廷，更加奋战，她先后攻克红崖墩、观音寺、青山墩等奢崇明军的主要据点，彻底平定四川的叛乱。算上此前秦良玉援助贵州立下的功劳，朝廷数次奖赏她金币。
天启三年（1623 年）六月，秦良玉上疏朝廷，表示自己带着两个侄子奋力拼杀，先后取得了像是红崖墩三战那样的大胜，而离间他们君臣的将领们，只会嘴上吹嘘，一见到敌兵，就望风而逃。他们失败了就生怕别人打胜战；他们害怕敌人就生怕别人内心强大。比如总兵李维新就是这样的人，渡河一战中，他失败回营，却将自己拒之门外。一个身高六尺的男人嫉妒自己这个巾帼妇人，假如他夜里深思应当羞愧而死。明熹宗下诏书安抚秦良玉，并下令文武大臣都要对她以礼相待，不许有猜忌。
同年，秦民屏跟随巡抚王三善在陆广作战，战争失败后他先行逃跑了。这年冬天，秦民屏又随征大方，屡次获胜。次年正月，秦民屏班师回朝，在途中遇到敌兵偷袭，战亡沙场，他的两个儿子秦佐明、秦祚明重伤逃脱。秦良玉向朝廷请求抚恤，秦民屏被追赠都督同知，并立祠祭奠，他的两个儿子也被封官。此时的秦翼明、拱明已经升至副总兵。
五、进京勤王，威震京城
崇祯三年（1630 年），后金军队占领永平四城，皇太极进围京都，明朝京城告急，朝廷紧急下令各地军队进京勤王。秦良玉接到勤王诏书后，立即率领白杆兵日夜兼程，奔赴京城。
在进京途中，秦良玉面临诸多困难，路途遥远，时间紧迫，士兵们日夜赶路，十分疲惫，且当时正值寒冬，天气寒冷，道路崎岖难行。寒风如刀割般刮在脸上，不少士兵的手脚都被冻伤，但秦良玉始终坚定进京勤王的信念，不断鼓励士兵们：“儿郎们，京城危在旦夕，那是我们的天子所在，是国家的根本！我们必须尽快赶到，保卫京城，保卫我们的国家！”她与士兵们同甘共苦，亲自照顾受伤和体弱的士兵，为他们送水送饭，让士兵们感受到她的关怀和温暖，士气大振。
到达京城后，秦良玉顾不上休息，立即投入保卫京城的战斗。面对亏空至极的国库，她毫不犹豫地拿出家中所有财产充作军饷，她对士兵们说：“国家有难，我们不能坐视不管。这些钱财，就当作我们保卫国家的力量，大家一定要奋勇杀敌！”浴血死战。
皇太极派出得力干将多尔衮，率领最精锐的铁骑兵迎战秦良玉。秦良玉深知金人铁骑的厉害，她仔细观察战场地形，制定严密计划，决定采用诱敌深入、分割包围的战术。她先派出小股部队前去挑战，佯装败退，引诱多尔衮的铁骑兵追击。多尔衮果然中计，率骑兵追来。秦良玉见时机成熟，一声令下，白杆兵们从两侧杀出，将铁骑兵分割成几段。白杆兵们手持白杆长枪，与敌人展开近身搏斗，他们利用长枪的优势，刺向敌人的马匹和士兵，一时间喊杀声震天。几个回合下来，铁骑兵就损失大半。
沙场老将多尔衮在与秦良玉真正交手后，自知不敌，赶紧鸣金收兵返回营地。秦良玉大获全胜，皇太极全军溃败。崇祯帝朱由检特地下诏赞美她，在平台召见秦良玉，赐她钱币和酒水等，并赋诗四首来表扬她的功劳，其中一首写道：“蜀锦征袍手剪成，桃花马上请长缨。世间多少奇男子，谁肯沙场万里行！” 后来明将孙承宗收复永平四城，皇太极退兵，崇祯帝下令让秦良玉返回家乡，留秦翼明驻扎在京城附近。第二年，孙承宗修筑大凌河城，秦翼明率领一万人守护，城池修建完毕后便率兵返回。
崇祯七年（1634 年），农民军攻下河南，秦翼明被封为总兵官，率兵前去讨伐，此后他屡战屡胜，切断了农民军通往郧西的道路，但因为手下战败没有如实上报，他被贬官二级，都督军衔也被革职。秦翼明后来又多次打败农民军，却被农民军诈降，侵入郧阳、襄阳一带作乱，秦翼明受到崇祯帝斥责，后因弹劾解除官职。而秦良玉自从京师返回家乡后，没有再出去援助攻打农民军，一直专门惩办四川的起义军。
六、逆战献忠，力挽狂澜
崇祯七年（1634 年）二月，农民军首领张献忠攻陷夔州（今重庆市奉节县），包围太平，见到秦良玉到来才撤退。秦良玉带兵追击，张献忠被打败，退到湖广地区，后来接受朝廷招安。
崇祯十三年（1640 年），张献忠联合另一农民军首领罗汝才再次反叛，罗汝才进军夔州，秦良玉率兵赶来，他不战而退。秦良玉追击至马家寨，斩杀六百敌兵。之后秦良玉又先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭屡屡打败罗汝才的军队，斩杀其首领东山虎，活捉另一首领副塌天，并夺走罗汝才的军旗，这支农民军的实力逐渐衰落。
与此同时，督师杨嗣昌把农民军全部驱赶到四川，当时四川巡抚邵捷春率领两万老弱残兵戍守重庆，所倚仗的只有秦良玉和张令的军队。但是邵捷春不懂兵法，调秦良玉驻守在离重庆只有三四十里的地方，让张令去守黄泥洼，失去战争地利。
恰逢绵州知州陆逊之罢官回乡，邵捷春派他视察营垒，秦良玉便置办酒席招待他，并向其抱怨邵捷春这种布防存在的问题。秦良玉感叹邵捷春不争山夺险，在这里消极防守…………
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