被贬的这一年沈括五十一岁，一个封疆大吏就此成了行动自由受到监管和限制的政治犯，而且他在随州一待就是三年，终神宗一朝他都没有得到赦免，也就是说神宗至死都没有原谅他。后来哲宗继位宣布大赦天下，沈括改任秀州（今浙江嘉兴）团练副使，但仍然受到监管并不得签书本州公事，唯一的好转是这里地处江南胜地且与沈括的故乡杭州钱塘相距不远。
也就是在秀州这个地方沈括彻底断绝了自己对仕途的幻想，因为此时以司马光为首的保守派完全掌控了朝局并将新法一应罢除，而沈括作为旧党眼中的铁杆变法派自然不会有出头的机会，旧党分子没再给他添加罪名就已经足以让他暗自庆幸头上有菩萨保佑了。
在秀州的这三年沈括专心于治学并全力投身于他之前所领受的一项皇命之中，这便是由神宗在熙宁年间授命沈括编绘的《天下郡县图》。前后历时近四年，沈括于公元1088年正式编绘完成了这部地理巨着，而这也让他得到了进京向哲宗面呈此书的机会，沈括由此被哲宗下令赏赐绢百匹并解除了对他的监管允许其在秀州自由行动。
次年的公元1089年，五十八岁的沈括彻底获得了自由，他被允许可在全国各州自由流动并居住，沈括于是举家搬迁到了润州（今江苏镇江）。这里有他早前购置的一处田产，还有一座新建的庄园，也就是大名鼎鼎的梦溪园（因为沈括曾经在梦里见过一条小溪故为此命名），就是在这里沈括用时数年完成了他的另一部旷世不朽之作——《梦溪笔谈》。
公元1095年，沈括病逝，享年六十四岁。
在生命的最后十三年里，沈括完全与政治和官场隔绝，重新做回一个学者的他最终完成了历史赋予他的终极使命。很有可能的是，如果不是因为徐禧以及永乐城之战的战败，那么沈括还将会继续在宦海里沉浮，历经千年而不朽的《梦溪笔谈》很有可能只会永恒地存在于沈括的那个聪慧绝世的脑子里。从这一点上来说，徐禧倒也“死得其所”。
随着沈括的被贬以及种谔和曲珍的受责，整个鄜延路的军政上层可谓被集体打倒，再加上永乐一战让本就因为元丰西征的失败而军心士气低落的西北各军更加愁云惨淡，神宗由此便觉得应该派一个得力的大臣去重整陕西各路的军政民情。
请注意，这个差事可不止是只主理鄜延一路，而是在这个基础上兼领整个西北的军政大事。如此一来，这个人定然得有相当的威望、资历和能力才行，参照以往的例子，这个人必须得在宰辅重臣里面选一个，至少也得是曾经的宰辅重臣。
一顿好生的思量和权衡之后，神宗最终选定的这个人绝对出乎我们的意料——前参知政事吕惠卿。
自从因为构陷王安石而外贬出京之后，吕惠卿基本上就消失在了我们的视线里，但这其实是有原因的，因为三年前他的母亲去世导致他不得不回家服丧。神宗之所以选择让吕惠卿去主持鄜延路的军政事宜也是有原因的，因为沈括之所以来到鄜延路就是来接替回家奔丧的吕惠卿，如此说来吕惠卿不过是在回归原职而已。不过，之前他只是照管鄜延一路，而如今神宗决定将整个西北的军政大事都交由他照管，这不得不说神宗还是非常看重和欣赏吕惠卿的个人能力。我们同样也得承认吕惠卿是个难得一遇的干才，在这方面徐禧这种人连吕惠卿的尾灯都看不见。
事实上，吕惠卿在服丧结束之后其实是以资政殿大学士、通议大夫的身份被派到了河东府的太原担任知府，可就在他准备前去向神宗谢恩并辞行的时候发生了永乐之战，于是神宗这才临时起意要他去接替沈括留下的空缺并掌管整个西北。这一任命的改动让吕惠卿猝不及防，他当时没说什么，可回到家里仔细思量一番之后，吕惠卿的贪婪本性再度爆发。
吕惠卿随即给神宗上了一道手疏，这道手疏看似没有什么问题，可神宗看完之后却勃然大怒。
吕惠卿在里面说道：“陕西各路的军队已经彻底不堪大用，这前后两战足以说明他们不但进攻不行，而且连防守也不行。朝廷现在必须改变现行的守边策略，但这也不是我一个人能说清和决定的，所以这个事情还请陛下让三省和枢密院的同志一起开会研究一下，我列席一下即可。要不然就请陛下派一个宰辅大臣去宣抚陕西，我的官太小不足以镇抚陕西各路，我就在旁边当个副使协助工作即可。”
明眼人都能看出吕惠卿这是在明目张胆地要官要权，而且他还犯了禁，他这时只是一个主政地方的藩臣，而在宋朝藩臣是没有权利和资格与宰辅大臣商议军国大事的。当年的吕夷简何等的不可一世，可人家在担任外臣时从不在这方面逾制，即使皇帝让他列席御前会议他也是坚决不从，但吕惠卿却是在主动索要特权。
这还没完，吕惠卿还犯了一个大忌——谋图蓄养私兵。他申请给自己整一个三千人的仪仗大队（杆仗手），而且这些人还必须都是他福建老家的人，因为他说陕西的边军实在是让他没什么底气，所以他要让自己的这三千老乡在西北边疆扬名立万。放眼整个宋朝的所有风云人物，别说是文官，就连武将都没人敢这么明目张胆地组建“乡团私兵”，难不成你吕惠卿是曾国藩提前降世？
凡此种种，试问哪个皇帝能忍得了吕惠卿的如此不知进退？
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